После смерти В. П. Воробьева Б. И. Збарский остался без лидера и без несомненно крупного авторитетного ученого, который в то непростое время мог быть неплохим гарантом безопасности Збарского и его прочного положения в обществе.
Нельзя, видимо, понять дальнейшее поведение Б. И. Збарского и всех его помощников без учета особенностей того трагического периода истории СССР.
Вторая половина 30-х годов стала периодом массовых арестов интеллигенции. Сажали в тюрьмы и ссылали в Сибирь за неправильно сказанное слово, критику порядков, случайную служебную ошибку и т. п. А здесь на попечении Б. И. Збарского оставалось тело В. И. Ленина!
Любое замечание по состоянию тела, сказанное или написанное гласно или, как это в то время широко практиковалось, негласно, путем тайных доносов, могло кончиться для Збарского трагически. Вот почему Збарский был так осторожен в выборе помощников, всячески старался не расширять круг сотрудников, не писал и не публиковал работы о бальзамировании (первая его книга "Мавзолей В. И. Ленина" вышла только в 1946 году). Он тщательно обдумывал состав официальных комиссий по оценке состояния тела Ленина, словом, внимательно следил за своими поступками, хорошо понимая, что каждый его шаг и каждое слово открыто и тайно контролируется.
В 1938 году в ноябрьские праздники (7 ноября), как обычно, Мавзолей посетили Сталин, Молотов и другие члены Политбюро. После осмотра тела Молотов будто бы бросил фразу: "Здорово изменился", которая не могла остаться не замеченной. И тогда Збарский приходит к двум единственно верным решениям: надо переделать саркофаг, который имел существенные дефекты (на его боковых гранях отражалось, как в зеркалах, тело Ленина), и изменить систему освещения: лампы накаливания, помещенные под верхней острой гранью призмы, не только нагревают тело, но и создают искаженный образ с резкими тенями. Высветить лицо и руки надо так, как на картинах
Рембрандта, где теплый золотистый свет равномерным потоком льется на лица изображенных персонажей, а не так, как у Эль Греко с его черно-белой, заостренной палитрой.
Созванная 19 января 1939 года комиссия (Абрикосов, Бурденко, Гращен- ков, Дешин, Карузин, Сперанский) полностью одобрила этот план и в своем решении записала пункт о срочном сооружении нового саркофага.
В том же году было начато его изготовление по проекту А. В. Щусева с участием скульптора Б. И. Яковлева и инженера-светотехника Н. В. Горбачева, а окончательно оформлен он после войны, в сентябре 1945 года.
Саркофаг в законченном виде безупречен с художественной точки зрения, а инженерная конструкция позволяет добиться идеального освещения лица и кистей рук, а также постоянно контролировать температуру и влажность воздуха внутри саркофага. Тело, помещенное в новый саркофаг, сразу приобрело другой вид — розовый оттенок фильтров "оживил" кожные покровы, устранение теней сделало лицо и кисти рук объемными.
Комиссия 1939 года решила также создать научную лабораторию, в состав которой вскоре ввели С. Р. Мардашева (биохимик), М. А. Барона (гистолог), Б. И. Лаврентьева (гистолог), Д. Н. Выропаева (анатом) и А. Н. Шабанова (хирург, зам. наркома здравоохранения СССР).
Любопытно, что эта комиссия все-таки не прошла мимо замечания Молотова, вела себя придирчиво и отметила ряд изменений: чуть-чуть приоткрытые веки, дефекты в области пястно-фаланговых сочленений и др. Збарский заверил комиссию, что эти дефекты легко устранимы, известны с самого начала бальзамирования, хотя на самом деле все было гораздо сложнее.
Итог работы комиссии превосходен: "Задачу сохранения тела В. И. Ленина надо считать блестяще разрешенной".
Опыт работы с тремя комиссиями (1924, 1934, 1939 годов) привел Збарского к двум важным заключениям: 1) состав комиссии (список экспертов)
надо формировать самому директору лаборатории, а не ждать, пока кто-то другой ее назначит в неизвестно каком составе, и 2) включать в комиссию следует самых крупных ученых, независимо от их узкой специальности, ориентируясь прежде всего на государственный и научный авторитет и, что очень важно, порядочность. Жизнь потом подтвердит житейскую мудрость этих неписаных правил. Збарский отлично понимал, с каким опасным материалом имеет дело.
По разным поводам, включая и особое мнение и своеобразные предложения по улучшению бальзамирования и просто в связи с доносами (закрытыми и открытыми), в лабораторию в предвоенные годы многократно направлялись придирчивые высокие комиссии, которые доставили много тревожных, тягостных и неприятных переживаний руководителям и сотрудникам лаборатории.
Тюмень
Одним из сложных периодов в истории лаборатории была эвакуация тела Ленина в тогда еще маленький сибирский город Тюмень во время войны 1941–1945 годов.
Это второе "путешествие" Ленина, длившееся 1360 дней с июля 1941 года по март 1945 года, впервые кратко упомянуто Б. И. Збарским в его книге "Мавзолей В. И. Ленина" (1946).
Любопытно, что об этой эпопее до выхода книги Б. И. Збарского, в сущности, никто не знал: так четко была налажена конспиративная служба.