Несколько исламских астрономов XIII и XIV веков критиковали Птолемея по тем же причинам, что и Коперник. Например, Насир ад-Дин ат-Туси и Ибн аш-Шатир смогли скорректировать нарушения круговых движений у Птолемея, не заставляя Землю вращаться или покидать свое центральное место. Коперник прибегал к схожим математическим приемам, пересматривая Птолемея, но пришел к своим особым выводам о центральном положении Солнца, подвижности Земли и грандиозном расширении космоса, которых требовала эта картина мира.
Если бы Земля облетала вокруг Солнца, как он утверждал, тогда две соседние звезды должны были бы в течение года наблюдаться то чуть ближе, то дальше друг от друга. Однако звездам не было свойственно такое смещение, или параллакс. Коперник решил проблему отсутствия параллакса, предположив, что он не обнаруживается, поскольку звезды слишком далеки. Он увеличил расстояние до них более чем в сто раз — настолько, что дистанция между Солнцем и Землей в сравнении с ним теряла всякое значение. «По сравнению с огромной высотой сферы неподвижных звезд, — заявлял он, — расстояние между Солнцем и Землей несущественно». Бескрайняя бездна, вдруг разверзшаяся между Сатурном и звездами, не беспокоила Коперника, и он с готовностью объяснял ее всемогуществом Творца: «Столь грандиозно, без всякого сомнения, божественное творение Всевышнего». За пределами звезд в невидимых небесах Эмпирея обитал Бог и Его ангелы.
Закончив «Малый комментарий» около 1510 года, Коперник приступил к последовательной работе по разработке своей теории. Тридцать четыре круга планетарного балета требовали точных характеристик, таких как радиус, скорость вращения и пространственное расположение по отношению к другим 33 кругам. Он мог высчитать многие из ста с лишним параметров при помощи проверенных временем методов и таблиц, а затем приступить к проверке данных посредством собственных наблюдений.
Однако капитул имел на него другие виды.
В ноябре 1510 года Коперник и еще один каноник (Фабиан Лузяньский, учившийся с ним в Болонье) отправились с важной миссией в южные земли капитула. Там они приняли крупную сумму денег (238 марок, годовой сбор с крестьян, трудившихся на церковных землях), чтобы доставить ее обратно во Фрауэнбург. Учитывая то, что тевтонские рыцари регулярно и беспощадно грабили жителей Вармии, стомильный путь курьеров по лесным дорогам был сопряжен с постоянной опасностью: их могли подкараулить и отобрать ценный груз монет (бумажные деньги тогда еще не имели хождения в Европе). Добравшись до Фрауэнбурга без происшествий, они, по обыкновению, разделили средства между канониками.
В ноябре 1511 года капитул назначил Коперника своим канцлером, поручив ему следить за финансовой отчетностью и вести всю официальную переписку. Объем и частота этой переписки увеличились с внезапной смертью его дяди-епископа 29 марта 1512 года. Через неделю после кончины Лукаша Ватценроде (5 апреля) каноники встретились, чтобы избрать преемника. Они единогласно проголосовали за Фабиана Лузяньского (все, за исключением самого Фабиана, который написал на бюллетене имя другого кандидата). На следующий день каноники собрались снова и избрали Тидемана Гизе для проведения необходимой процедуры согласования с Ватиканом. К 1 июня капитулу потребовались еще два представителя, чтобы ответить на возражения короля против назначенного епископа. Король Сигизмунд не имел никаких конкретных претензий к Лузяньскому, просто он предпочитал ставить на такие должности собственных кандидатов. Борьба Рима, Кракова и Вармии из-за сана епископа продолжалась все лето и осень. 7 декабря Сигизмунд по новому соглашению наконец-то утвердил кандидатуру Лузяньского в обмен на право окончательного одобрения всех будущих кандидатов в епископы. Вдобавок он настоял, чтобы весь капитул присягнул на верность короне, что священники и сделали 28 декабря, уверенные в том, что король, со своей стороны, не забудет о своем обещании монаршего покровительства.
Лишь один каноник не подписал новое соглашение и отказался присягать на верность польскому королю. Это был брат Коперника — Андреас. Капитул освободил его от всех обязанностей во Фрауэнбурге, когда у него развилась проказа; опасаясь заражения, его заставили покинуть регион до формального введения в должность епископа Фабиана. Его не могли лишить канониката, дававшегося пожизненно, однако смерть должна была вскоре позаботиться об этом. Даже доктор Николай не мог ничего поделать с библейским проклятьем этой мучительной и обезображивающей болезни. Сразу же объявились желающие стать «коадьютором» Андреаса, то есть лицом, имеющим законные полномочия выполнять его прижизненные обязанности и получающим право на причитающееся ему жалованье после его смерти. Все без исключения каноники могли назвать какого-нибудь родственника, заслуживающего этого поста. Естественно, что свои кандидаты были и у короля Сигизмунда.