Происхождение альтернативной теории можно проследить, переносясь в Базель 1530 г., где Иоанн Еколампадиус спорил с городским советом о том, что имеются коренные различия между гражданскими и церковными властями. Необходимо было учредить церковный суд, который должен был рассматривать вопросы греха, в то время как гражданские власти рассматривали уголовные преступления. В компетенцию первого должно было войти отлучение от Церкви, чтобы убедить нарушителей исправиться и не нарушать единство и жизнь Церкви. Однако Базельский городской совет не согласился на этот шаг, и вопрос был отложен.
Тем не менее, идея о сугубо церковном суде вновь обрела поддержку в 1530-е годы. Хотя 19 октября 1530 г. Мартин Букер писал Цвингли о своем неприятии идеи такого суда, похоже, он вскоре изменил свое мнение. Не исключено, что это отражает его отчуждение от Цвингли, который в письме от 12 февраля 1531 г. обвинил Букера в предательстве евангелической истины в интересах политической целесообразности. В 1531 г. Букер уже поддерживал идею об учреждении в городе Ульм церковного суда, состоящего из мирян и пасторов, для рассмотрения вопросов церковной был фактически учрежден в Женеве во время изгнания Кальвина в Страсбург. Существенным является то, что одной из первых сфер деятельности консистории были супружеские проблемы, разрешение которых считались не только юридической, но и пасторской обязанностью. Это может отражать роль уже существовавших матримониальных судов (которые по характеру были, в основном, мирскими).
Вопросы церковной дисциплины, как правило, разрешались властями реформационных швейцарских городов. Если можно говорить о некоей общей модели, образовавшейся к 1530-м годам, то предметом разговора станет цвинглианская модель подчинения церковной дисциплины светским магистратам. При преемнике Цвингли Генрихе Буллингере город Цюрих рассматривал отлучение как гражданское дело, находящееся в компетенции магистрата, а не духовенства. В Базеле также имелись серьезные ограничения в полномочиях чисто церковных трибуналов на отлучение граждан от Церкви. Если Берн и является, в некотором смысле, исключением из этого правила, то только потому, что в нем члены Церкви не отлучались от нее.
Происхождение альтернативной теории можно проследить, переносясь в Базель 1530 г., где Иоанн Еколампадиус спорил с городским советом о том, что имеются коренные различия между гражданскими и церковными властями. Необходимо было учредить церковный суд, который должен был рассматривать вопросы греха, в то время как гражданские власти рассматривали уголовные преступления. В компетенцию первого должно было войти отлучение от Церкви, чтобы убедить нарушителей исправиться и не нарушать единство и жизнь Церкви. Однако Базельский городской совет не согласился на этот шаг, и вопрос был отложен.
Тем не менее, идея о сугубо церковном суде вновь обрела поддержку в 1530-е годы. Хотя 19 октября 1530 г. Мартин Букер писал Цвингли о своем неприятии идеи такого суда, похоже, он вскоре изменил свое мнение. Не исключено, что это отражает его отчуждение от Цвингли, который в письме от 12 февраля 1531 г. обвинил Букера в предательстве евангелической истины в интересах политической целесообразности. В 1531 г. Букер уже поддерживал идею об учреждении в городе Ульм церковного суда, состоящего из мирян и пасторов, для рассмотрения вопросов церковной дисциплины. Захват Мюнстера радикалами в феврале 1534 г. поставил городской совет Страсбурга перед необходимостью укрепления церковной дисциплины и ортодоксальности, если Страсбург, который в то время уже слыл пристанищем для радикалов, хотел избежать участи Мюнстера. Однако городской совет отверг предложение Букера о сугубо церковном суде; контроль над церковной дисциплиной продолжал твердо оставаться в руках гражданских властей. Именно идеи Букера, а не страсбургский опыт, оказали влияние на Кальвина во время его пребывания в этом городе. Статьи об организации женевской церкви, составленные Фарелем и Кальвином в январе 1541 г., практически дословно предваряют «Ordonnances ecclesiatiques», написанные в 1541, за бросающимся в глаза исключением вопроса о консистории. Это наводит на мысль о том, что эта идея зародилась у Кальвина во время его пребывания в Страсбурге.