Так, можно разделить идеи о «познании Бога» и «познании самих себя»; но они не могут существовать в изоляции. Точно так, как воплощение представляет собой случай такого соединения противоположностей, можно выделить ту же парадигму и в других аспектах взаимоотношений Бога и человечества. Для Кальвина богословие фокусировалось на «познании Бога и познании самих себя». Отсюда следовало, что формула, «разделять, но не отделять» преобладала в его мыслях об отношении Бога к Своему миру, включая природу символов таинств.
Этот принцип можно увидеть в действии на протяжении всей книги «Наставлений»: во взаимоотношениях между Словом Божиим и словами людей при проповеди; во взаимоотношениях между верующим и Христом в оправдании, где существует реальная общность личностей, но не слияние личностей; и во взаимоотношениях между светской и духовной властью. В вопросе таинствах, знак и то, что он обозначает, можно разделить, но нельзя отделить один от другого. Они различны, но в то же время неотделимы.
Кальвиновское понимание крещения можно рассматривать как соединение цвинглианских и лютеранских элементов. Следуя за Цвингли, Кальвин утверждает, что крещение является публичной демонстрацией приверженности к Богу: «Крещение является знаком посвящения, посредством которого мы принимаемся в сообщество Церкви». Так же, как Цвингли утверждал, что таинства являются, в первую очередь, церковными мероприятиями, целью которых является демонстрация верности верующих Церкви и гражданскому сообществу, Кальвин подчеркивал декларативную роль таинства крещения. Однако его высказывания носили лютеранский оттенок. Он говорил о крещении как о знаке оставления грехов и новой жизни верующих в Иисусе Христе: «Крещение несет в себе еще одно преимущество, ибо оно показывает нам смерть нашего существа в Христе и нашу новую жизнь в Нем… Таким образом, безвозмездное прощение грехов и оправдание сначала обещаются, а затем благодать Святого Духа изменяет нас для новой жизни».
Вслед за всеми другими магистерскими реформаторами, Кальвин утверждал законность крещения младенцев. Эта практика, утверждал он, является подлинной традицией ранней Церкви, а не средневековым нововведением. Цвингли оправдывал эту практику обращением к иудейскому обряду обрезания. Этим обрядом, утверждал он, показывалась принадлежность новорожденных мальчиков к общине завета. Аналогичным образом, крещение является знаком того, что младенец принадлежит к Церкви — общине нового завета. Растущее влияние анабаптистов, которое Кальвин ощутил, в первую очередь, во время своего страсбургского периода, показало всю важность оправдания практики крещения младенцев, которую анабаптисты яростно отвергали. Поэтому Кальвин расширил цвинглианское оправдание крещения младенцев: если христианский младенец не крещен, то он находится в худшем положении по сравнению с новорожденным иудеем, принадлежность которого завету зафиксирована публично обрезанием: «Иначе, если свидетельство, которым иудеи заверены в возрождении их процветания, забрать у нас, то пришествие Христа сделало бы для нас Божественную милость более туманной и менее ощутимой, чем для иудеев до нас». Таким образом, Кальвин утверждал, что младенцев необходимо крестить, чтобы не лишать их тех преимуществ, которые несет с собой крещение.
При рассмотрении вопроса о Евхаристии Кальвин выделяет три аспекта духовной истины, которые представлены (monatretur) и предлагаются посредством видимых элементов — хлеба и вина. Ее значением являются Божественные обещания, которые включены или заключены в самом знаке; верующие заверяются, особенно словами установления заповеди, что Тело и Кровь Христа были ломимы и пролиты за них. Таинство «подтверждает обещание, в котором Иисус Христос объявляет, что Его Тело действительно является пищей, а Его Кровь — питьем и что они насыщают нас вечной жизнью. Сущностью Евхаристии является наше получение Тела Христова: Бог дает нам то, что Он нам обещал. Получая знак Тела Христова (иными словами, хлеб), мы одновременно получаем само Тело Христово. И, наконец, польза или результат Евхаристии заключается в beneficia Christi — благах, которые Христос Своей покорностью приобрел для нас. Верующий участвует верой во всех благах Христа, таких, как искупление, праведность и вечная жизнь.
Наконец, таинства учат христиан ценить творение. Материальные элементы могут обозначать благодать, щедрость и благость Бога. Для Кальвина создание во всем отражает Создателя. Образ за образом проходят перед нашими глазами, когда Кальвин пытается передать многообразие способов, которыми создание свидетельствует о своем Создателе: это похоже на видимое одеяние, в которое одевается невидимый Бог, чтобы Его узнали; это похоже на книгу, в которой Имя Создателя является именем автора; это похоже на театр, в котором публично показывается слава Божия; это похоже на зеркало, в котором отражаются дела и мудрость Божий.