В. Цыпин: «Интронизация Патриарха состоялась 4 февраля 1945 г. в Богоявленском кафедральном соборе Москвы. Это был день большого торжества для православных жителей и гостей столицы. В храме и вокруг находилось тогда более 5000 богомольцев. Митрополит Киевский Иоанн, вручая Патриарху куколь, сказал, что «быть кормчим Русской Церкви в переживаемое нами время… это подвиг исключительного значения. Дай Бог, чтобы дух Святейшего Сергия, витающий в этом святом храме, почил на тебе обильно и помогал бы тебе быть истинным хранителем апостольских преданий и вести неуклонно корабль нашей Церкви по избранному почившем пути во славу Божию и во благо нашей дорогой Родины».
Вручая Патриарху жезл, митрополит Крутицкий Николай напомнил о преемственности первосвятительского служения. На Божественной литургии во время запричастного стиха было оглашено первое послание Патриарха к чадам Русской Церкви:
«Патриарх есть живой и одушевлённый образ Христа, делом и словом в себе самом наглядно выражающий Истину. Задачею его является сохранение в благочестии и святости тех, кого он принял от Бога. Цель его — спасать вверенные ему души. Подвиг его — жить во Христе и для мира быть распятым. Долг Патриарха — хранить неизменность и неприкосновенность церковного учения, священных канонов и преданий церковных; охранять вверенную ему Поместную Церковь от разделений и расколов; насаждать доброе житие в своей пастве; иных «страхом спасать», иных, по апостолу, «обличать», «запрещать», «да всяко некии спасутся»…
К слову сказать, в конце зимы 1945 года Г. Г. Карпов был награждён высшей государственной наградой — орденом Ленина именно за успешное проведение этого Поместного Собора.
И ещё один момент. По сообщению историка И. Андреева, «после интронизации Патриарха Алексия в феврале 1945 г. духовенство, находившееся в лагерях, прошло специальную «перерегистрацию», во время которой спрашивали: признают ли заключённые нового Патриарха. Непризнававшие получали новые сроки наказания, а иногда и расстреливались. Признавшие нередко досрочно освобождались и назначались на приходы».
10 апреля 1945 года Сталин принял нового патриарха Алексия I. Вместе с ним присутствовали митрополит Николай и протопресвитер Николай Колчицкий. Вместо Г. Г. Карпова с иерархами на приём прибыл его заместитель — Белышев Сергей Константинович (1900–1962), полковник ГБ, с 1920 г — сотрудник Вологодской губернской ЧК, с мая 1943 г. — сотрудник НКВД-МГБ. Известно, что Карпов в это время тяжело болел. Это и объясняет его отсутствие.
Все вместе прибывшие прошли к вождю в 20.00. Целых пять минут там уже находился В. М. Молотов. Сама беседа продолжалась 55 минут, после окончания которой, ещё через пять, от Сталина вышел Молотов.
В отличие от встречи, состоявшейся в 1943 году, об этой сохранилась очень и очень скупая информация. В официальных источниках лишь говорилось: «…состоялась беседа по делам Русской Православной Церкви…» Абсолютно никаких подробностей не сообщают и церковные источники. Однако помимо внутрицерковных проблем, на этой встрече речь шла прежде всего о задачах РПЦ в области международных отношений.
Приближалось окончание войны, и на горизонте чётко вырисовывались перспективы мирного устройства дел в послевоенной Европе. По замыслу Сталина, Церковь должна была сыграть значительную роль в налаживании международных контактов Советского Союза, используя свои каналы.
Косвенно это подтверждают письма патриарха Алексия Карпову, а также положение, занимаемое двумя присутствующими иерархами. Митрополит Николай вскоре стал председателем Отдела внешних церковных сношений, а протопресвитер Николай Колчицкий был управляющим делами Московской патриархии. Немаловажно и то, что Председатель Совета Народных Комиссаров В. М. Молотов, кроме всего прочего, был одновременно наркомом иностранных дел СССР.
Как сообщает В. Н. Якунин, «в разработке планов создания великой мировой державы Церкви отводилась немаловажная роль. 5 июня 1943 г. И. В. Сталин подписал секретное постановление ГКО «Об утверждении мероприятий по улучшению зарубежной работы разведывательных органов СССР», в котором религиозные организации были отнесены к сфере интересов советской внешней разведки. (…)
К празднику Пасхи 1943 года митрополит Сергий издал обращение ко всем христианам в Югославии, Чехословакии и прочих странах, к православным народам, пребывающим в плену фашистских застенков, убеждая их «всеми силами и средствами уклоняться от немецкой работы или поставить её так, чтобы немцу было больше вреда, чем пользы».