«Своими методами пыталось оказывать влияние на религиозную деятельность в оккупированных республиках и областях советское командование — через партизан, разведку, внедрение своих агентов и т. п. Вначале с церковной политикой германских властей пытались бороться и с использованием физических методов. Так, в ряде населённых пунктов священники, невзирая на степень их вины, были расстреляны партизанами. Но уже с 1942 г. тактика начала меняться. Постепенно она всё больше координировалась с Московской Патриархией. Это отмечалось, в частности, в «Проекте итогового доклада о деятельности военной администрации в области операций на Востоке» от мая — июня 1943 г.: «Впрочем, советское руководство в 1942 году также отказалось от своей враждебной Церкви политики. Например, при взятии Харькова большевики велели — как рассказывало население после вторичного завоевания города немцами — широко открыть двери церквей и устраивать благодарственные молебны…»
С 1943 г. и советское командование, и Патриархия согласованно переходят к наступательным действиям. Резко активизируются попытки расширить влияние на религиозную жизнь оккупированной территории. И они отчасти удаются…»
В 1944 году командир 5-й Ленинградской партизанской бригады, Герой Советского Союза К. Д. Карицкий вручил медаль «Партизану Отечественной войны» II степени священнику псковского села Хохловы Горки Порховского района Ф. А. Пузанову.
Георгиевский кавалер и скромный сельский плотник, он, пользуясь относительной свободой передвижения, разрешённой ему оккупантами как священнику сельского прихода, помимо разведывательной работы снабжал партизан хлебом и одеждой, сообщал данные о передвижениях немцев. Кроме этого он вёл беседы с верующими и, передвигаясь от села к селу, знакомил жителей с положением в стране и на фронтах.
Всего такой боевой медалью были награждены несколько десятков представителей духовенства. Более 50 советских священнослужителей были удостоены медали «За доблестный труд в Великой Отечественной войне». 40 священнослужителей были награждены медалями «За оборону Ленинграда» и «За оборону Москвы».
Например, «с первых дней оккупации западных районов Ленинградской области значительная часть православного духовенства стала активно участвовать в патриотической деятельности, так или иначе оказывая сопротивление нацистскому «новому порядку». Формы этого сопротивления были очень разнообразны. Целый ряд священнослужителей активно помогали партизанам. Используя свой сан и определённое доверие со стороны оккупантов, они собирали разведывательную информацию, участвовали в подготовке диверсий и т. п. Значительно большее количество предоставляли партизанам пищу, одежду, ночлег. Некоторые священники вели активную антифашистскую пропаганду и агитацию: произносили патриотические проповеди, распространяли в храмах послания митрополита Ленинградского Алексия и Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия, советские газеты и листовки. Другие отказывались служить молебны в честь германской армии, призывая население сопротивляться насильственной эвакуации немцами…» Но были и другие факты. М. Шкаровский подчёркивает: «Помимо пропагандистских ведомств, органы германской контрразведки также активно пытались использовать священнослужителей в своих целях. Зная, что те подвергались перед войной жестоким гонениям, СД и Абвер рассчитывали, что они окажут им посильную помощь. На практике лишь относительно небольшая часть духовенства пошла на такое сотрудничество. После того как в Ленинградской области ряд священнослужителей отказался давать какую-либо информацию о своей общине Абверу, контрразведка там, по данным историка Н. А. Ломагина, «вскоре сочла более целесообразным вербовать агентуру в духовной среде из числа церковных старост, которые могли одновременно наблюдать как за священниками, так и за верующими. Певчие, дьяки также использовались в качестве агентов Абвера». Таким образом оккупанты пытались контролировать религиозную жизнь того или иного района».
Ярким примером тому служит деятельность Псковской Православной духовной Миссии (1941–1944 гг), которую сегодня некоторые историки оценивают как «успешную и очень эффективную». Однако без подробного изучения документов советских спецслужб такая оценка выглядит скорее надуманной, нежели близкой к истине. И вот почему.
Сама по себе организация «Православной Миссии в освобождённых областях России», в обиходе названной «Псковской Миссией» (по месту расположения своих руководящих органов), была создана с целью привлечения населения к сотрудничеству с немецкими оккупантами. Немудрено, что фашисты именно «через Церковь рассчитывали развернуть активную пропаганду против советской власти и привлечь на свою сторону симпатии верующих, пострадавших от антицерковных гонений в СССР».