Тем не менее эти восемь лет жизни были для Паскаля не менее, а в плане философском и более плодотворными, чем весь его предшествующий период творчества. Конечно, это связано не с религиозным переворотом в его сознании, который не мог не тормозить его чисто философской деятельности, но несомненно с его духовной и теоретической зрелостью, накопленным жизненным опытом, требовавшим и размышлений, и обобщений, так что нельзя согласиться с мнением, что Пор-Рояль убил в нем ученого и мыслителя. В этом монастыре были свои ученые и философы, последователи рационализма Декарта: Антуан Арно, прозванный «великим Арно», теолог, логик и философ, профессор Сорбонны, автор 50 томов сочинений; моралист П. Николь, написавший «Моральные опыты и теологические поучения» в 4-х томах; Клод Лансело, автор ряда книг по методике преподавания языков; ученые богословы А. Сенглен и И. Леметр де Саси (назначенный духовником Паскаля) и др. А. Арно и Николь были создателями популярных учебников: «Логика, или Искусство мыслить» и «Всеобщая и систематическая грамматика» Пор-Рояля. Примкнувший к ним Паскаль принял участие в разработке этих трудов. Он предложил свой метод обучения языкам, который изложен в «Грамматике», а в «Логике…» были использованы все основные идеи Паскаля из его двух небольших логико-методологических сочинений: «О геометрическом уме» и «Об искусстве убеждать» (1655–1657).
В январе 1655 г. состоялась философская беседа Паскаля с де Саси об Эпиктете и Монтене, важный источник, из которого мы узнаем об отношении мыслителя к стоицизму и скептицизму. Де Саси был поражен глубиной и оригинальностью философских размышлений Паскаля. Пор-Рояль гордился не только Паскалем-«святым», но и Паскалем — выдающимся ученым и философом.
С января 1656 г. Паскаль активно включается в борьбу янсенистов Пор-Рояля с иезуитами, в связи с чем им (якобы от имени Louis de Montalte — Людовика де Монтальта) были написаны знаменитые «Письма к провинциалу» — «бессмертный образец для памфлетистов» (О. Бальзак), — составившие целую эпоху в истории французской литературы и породившие общественное движение против ордена иезуитов. В самый ответственный момент этой борьбы, когда Пор-Роялю грозили репрессии со стороны иезуитов и двора, в монастыре происходит так называемое «чудо святого терния», временно спасшее Пор-Рояль от гибели. Дочь Жильберты Маргарита, учившаяся с января 1654 г. в школе при монастыре, в течение трех с половиной лет страдала от гнойной фистулы в углу левого глаза. Были испробованы различные способы лечения, которые не принесли успеха, а опухоль все разрасталась. Возникли подозрения в том, что опухоль злокачественна. Родные были в отчаянии, боясь потерять девочку. И вдруг… 24 марта 1656 г. из Пор-Рояля разнеслась весть о «чудесном» исцелении ребенка в результате прикосновения к многолетней ране металлической колючкой (якобы с тернового венца Иисуса Христа), хранившейся в монастыре как бесценная реликвия. Жаклина написала стихи «О чуде святого терния», в которых говорила, что колючку прикладывали к ране шесть дней, пока больной не стало заметно лучше. «Чудо» было засвидетельствовано многими людьми, а Паскаль 8 июня 1656 г. давал о нем показания перед специальной следственной комиссией. Документ об этом, подписанный Паскалем, был найден Ж. Менаром в библиотеке Мазарини в 1952 г. (см. 14, 672–673). Существует версия, что в глаз ребенка попал кончик иглы, а «священная» колючка была магнитом, который и вытянул ее из раны (см. 42, 141). Но тогда никому и в голову не пришло дать естественнонаучное объяснение этому факту. Напротив, даже враги Пор-Рояля — иезуиты — были вынуждены признать, что «сам бог» покровительствует мятежному монастырю и автору «Писем к провинциалу»: репрессии отменили, правда, до поры до времени. «Чудо святого терния» произвело неизгладимое впечатление на Паскаля, который и на этот раз увидел в нем «перст божий», «божью благодать», сошедшую на его племянницу и на него самого. Можно себе представить, насколько оно усилило его религиозное рвение. После «Писем к провинциалу» Паскаль создает ряд богословских произведений: четыре «Сочинения о благодати», «Краткое описание жизни Иисуса Христа» и др.