Католическая церковь вместе с феодальными светскими властями жестоко обрушилась на «еретиков». В 1542 г. была реорганизована инквизиция — полицейско-судебное учреждение католицизма, действовавшее с XIII в. и ставившее своей целью преследование и осуждение инакомыслящих. В этом году папа Павел III учредил в Риме верховный инквизиционный трибунал, возглавляемый самим папой и имеющий многочисленные отделения «на местах», т. е. во всех католических странах. Инквизиция навечно покрыла себя позорной славой преследованием не только еретиков, но и ученых, писателей и всех представителей европейской культуры, чем-либо не угодивших римской курии. Начало XVII в. было зловеще озарено костром, на котором сожгли Джордано Бруно. В 1619 г. в Тулузе погиб на костре философ-пантеист и вольнодумец Джулио Ваники. Всемирно известен позорный процесс над Галилео Галилеем, на который Паскаль откликается в «Письмах к провинциалу» (письмо восемнадцатое), бросая вызов инквизиции и показывая ее бессилие перед прогрессом научного знания: «Напрасно вы добились в Риме декрета об осуждении мнения Галилея относительно движения Земли. Не этим будет доказано, что она стоит на месте, если бы имелись постоянные наблюдения, которые бы доказали, что именно она-то и вращается, то все люди в мире не помешали бы ей вращаться, как и себе — вращаться вместе с нею» (14, 467). Инквизиция, как в свое время и крестовые походы, дискредитировала христианство в глазах прогрессивно мыслящих людей и вызвала в их кругах активную оппозицию, в результате которой это беспрецедентное карательное учреждение церкви было уничтожено: в ряде стран Европы уже в XVIII в., позже в Португалии (1820), Испании (1834) и, наконец, в Папской области (1859). Некоторые контрольно-полицейские ее функции были переданы Конгрегации священной канцелярии (преобразованной в 1965 г. в Конгрегацию вероучения).
Паскаль принадлежал к тем верующим внутри римско-католической церкви, которые с не меньшей ненавистью, чем вольнодумцы и атеисты, клеймили инквизицию и осуждали религиозный фанатизм, доходящий до человеконенавистничества и жестокости по отношению к иноверцам и инакомыслящим. В своих «Письмах к провинциалу» Паскаль выступает против нелепой и варварской практики осуждения «еретических» книг, которые церковь с 1559 г. вносила в так называемый Индекс запрещенных книг. Под страхом отлучения от церкви инквизиция запрещала верующим читать эти книги, в число которых попали произведения Коперника, Дж. Бруно, Гоббса, Декарта, Паскаля, Вольтера, Дидро и многих других выдающихся представителей европейской культуры. Осужденные книги подвергались анафеме и подлежали публичному сожжению с соблюдением варварского ритуала. Этот дикий церковный обычай просуществовал во Франции вплоть до Великой французской революции.
Католическая реакция на Тридентском соборе (1545–1563) предала проклятию как еретическое учение протестантов и закрепила средневековые догматы веры, похоронив надежды либеральных католиков на обновление вероучения в соответствии с запросами нового времени. Его основные положения были противоположны протестантским и включали среди прочих «декреты» о непререкаемом посредничестве церкви со всей ее сложной иерархией в «деле спасения» верующих, преимущественном авторитете папы перед церковными соборами, признании наряду со Священным писанием и Священного предания, а также признании свободы воли, налагающей нравственную ответственность на мирян за их грехи и нравственное зло вообще в этом мире, и в целом сохранении внешней религиозности (культ богоматери, святых, мучеников, икон, реликвий, соблюдение постов и др.).
Особая миссия по спасению чистоты вероучения ортодоксального католицизма была возложена на Общество Иисуса (Societas Jesu), или орден иезуитов, монашескую организацию, основанную в Париже (1534) испанским дворянином Игнатием Лойолой и санкционированную папой Павлом III в 1540 г. Орден был создан специально для борьбы с протестантской ересью, имел широкие полномочия (генерал ордена, называемый «черным папой», подчинялся только самому папе и имел резиденцию в Риме) и привилегии (члены ордена были свободны от налогов, имели право носить светскую одежду, скрывать свою принадлежность к ордену, не выполнять ряд религиозных предписаний и др.). Все это должно было сохранять в тайне шпионскую деятельность ордена, быстро пустившего свои «щупальца» во все слои французской нации, начиная с простых мирян и кончая высшей знатью и королевским двором. Иезуиты распространили свое влияние на многие страны не только Европы (Испанию, Португалию, отчасти Россию и др.), но и на государства Азии, Африки, Южной Америки. Во Франции они были официально признанными представителями римско-католической церкви и мощной опорой королевского абсолютизма. Иезуит отец Анна был с 1654 г. духовником Людовика XIV, под влиянием которого король Солнце с юных лет ненавидел янсенистов, врагов иезуитов.