Это были взлетевшие с «Энтерпрайза» «Торпедо-6» под началом капитан-лейтенанта Юджина Э. Линдси, который из-за облачности потерял сопровождавшие его истребители. Теоретически он должен был подождать и нанести удар одновременно с пикирующими бомбардировщиками, но топливо было на исходе. Поэтому он атаковал, и повторилась трагедия «Торпедо-8». От истребителей и зенитного огня погибли все его самолеты, кроме четырех, так и не причинив вреда японцам. Едва успела закончиться атака, как прибыли «Торпедо-3» с «Иорктауна»; они шли под прикрытием истребителей, но их было слишком мало по сравнению с целым роем японских самолетов. Всего пять торпедоносцев пустили свои торпеды, три из них были сбиты; и снова ни одна торпеда не попала в японские корабли.
Чуть позже десяти часов торпедная атака американцев, не достигшая никаких результатов, была полностью подавлена, и лишь четыре самолета вернулись на плавучую базу. На японских авианосцах царило ликование; вернувшихся пилотов встречали громкими криками и хлопали их по плечу. Радикальный поворот, который должен был помешать торпедной атаке, не дал самолетам вовремя взлететь, но атака закончилась; в 10.20 адмирал Нагумо отдал приказ подниматься в воздух, четыре авианосца развернулись по ветру, и на их палубах заревели двигатели самолетов, готовых к вылету.
Однако у американцев еще оставались тридцать семь бомбардировщиков на «Энтерпрайзе» под командованием капитан-лейтенанта Кларенса Маккласки и семнадцать — на «Йорктауне» под началом капитан-лейтенанта Максвелла Лесли. Последний получил инструкцию искать японцев на обратном пути, если их не окажется в ожидаемом месте. Маккласки, летевший дольше, отправился выполнять задание по курсу вест-норд-вест, но заметил внизу японский эсминец и мысленно построил траекторию его движения. В результате в 10.24 оба отряда одновременно прибыли к японским авианосцам, в то время их истребители находились на малой высоте, на которой расправлялись с торпедоносцами. Лейтенант Гей на своем резиновом плотике стал очевидцем зрелища, какого никому не доводилось видеть и вряд ли доведется когда-нибудь еще.
Радисты американских авианосцев услышали отчаянную ругань Маккласки, когда три первые бомбы промазали мимо цели. Затем бомбы упали перед надстройкой авианосца «Кага», убив всех стоявших на мостике, трижды попали в среднюю часть судна, от чего загорелись стоявшие на палубе самолеты, а одна бомба пробила крышу ангара и взорвала бензиновые баки. Корабль качался на волнах, словно громадный костер. «Акаги» достались две бомбы, одна, весом 1000 фунтов, пробила ангар и взорвалась среди самолетов с подвешенными торпедами и бомбами; другая упала на корму с левого борта среди подготовленных для взлета самолетов, выбросивших столбы дыма и пламени. Все вокруг горело, сгорели даже огнеупорные двери, расплавилась пожарная магистраль. «Сорю» получил три прямых попадания от самолетов «Йорктауна», одно вмяло передний лифт в мостик, два попали в середину палубы; в несколько секунд всю палубу объяли языки пламени. Пожар распространялся так быстро, подпитываясь огнем из ангара, что через двадцать минут поступил приказ покинуть корабль.
Через пять минут атаки изменился весь ход сражения, и японцы потеряли свое превосходство.
Оставался еще «Хирю», на котором был поднят флаг контр-адмирала Тамона Ямагути, одного из самых уважаемых офицеров императорского военно-морского флота. В ромбовидном построении корабль находился севернее других и был скрыт густой облачностью, поэтому не попал на глаза противнику во время его опустошительного нападения. Еще дальше на север, почти на расстоянии дневного пути, находились два легких авианосца, которые осуществили нападение на Датч-Харбор. Они уже шли на юг; Ямамото приказал им ускорить ход и утром 5 июня соединиться с «Хирю», чтобы возобновить битву, которая окончилась не слишком удачно для японцев. Тем временем к нему подошли линкоры и крейсеры, прикрывавшие силы вторжения, чтобы отправиться на восток для ночной наземной операции. Контр-адмирал отдал приказ о нападении на американский авианосец, который по-прежнему считался единственным в том районе.
Случайно это оказался «Йорктаун». После начала своей атаки американские авианосцы повернули на юго-восток против ветра, чтобы принять вернувшиеся самолеты, но флагман Флетчера все еще находился немного позади остальных. С того момента, как загорелись три японских авианосца, за ним неотступно следовал поисковый самолет. В 11.00 Ямагути поднял в воздух восемнадцать пикирующих бомбардировщиков под прикрытием шести истребителей; через два часа (на подготовку уходит немало времени) взлетели десять самолетов-торпедоносцев и еще шесть истребителей. Первая волна достигла «Йорктауна» сразу после полудня, когда он готовился к приему своих бомбардировщиков. Им было приказано совершить посадку на «Энтерпрайзе»; истребители и прикрытие приняли вызов нападающих и сбили все, кроме пяти самолетов, но на корабль упали три 500-фунтовые бомбы.