Воскресным утром 6 апреля 1862 года Джонстон перешел в наступление, застигнув северян врасплох, и практически уничтожил армию Гранта. Тысячи его солдат бежали, укрывшись под защитой речных обрывов; но остальные, кому придало сил личное предводительство Гранта и безжалостного рыжебородого бригадного генерала Уильяма Т. Шеридана, завязавшего ожесточенную схватку вокруг Шилох-Черч, приняли самую яростную битву, когда-либо происходившую на американском континенте. Правый фланг северян был отброшен далеко назад. Но вскоре после полудня Альберт Сидни Джонстон был убит, и в командовании южан началась неразбериха. Решительная атака на другой фланг, которая должна была отрезать Гранта от места его высадки на реке, состоялась лишь поздним вечером. К тому времени северяне образовали плотное кольцо вокруг места высадки и вывели на позиции артиллерию. Канонерские лодки на реке всю ночь обстреливали линии повстанцев, а уверенные батальоны Буэлла выстраивались в боевой порядок. Утром силы Соединенных Штатов контратаковали, оттеснили конфедератов, и победа досталась Гранту.
Естественно, что первые этапы любой войны дают богатую пищу для размышлений по мере того, как становятся ясные отличительные признаки данного военного конфликта. Шилох показал обеим сторонам, что видимая легкость, с которой Юг одержал победу при Булл-Ран, а Север при форте Донелсон, иллюзорна. Обе стороны ожидала тяжелая и затяжная борьба. После Шилоха Грант прославился на Севере как всесокрушающий, несгибаемый боец, не тративший много времени на раздумья. Он до самого конца пользовался этой репутацией, хотя она совсем не соответствовала истине, но подкреплялась его неразговорчивостью, отсутствием мимики и неторопливостью движений.
Командованию удалось сделать выводы, имевшие более важное значение для хода войны. Одна из причин, почему Грант оказался застигнут врасплох, заключалась в том, что он не успел укрепить позиции. Холлек, принявший командование над объединенными армиями Гранта и Буэлла для похода на Коринф, был намерен не допустить повторение подобной оплошности и окапывался на протяжении всего пути, по которому продвигался прямо-таки с молниеносной скоростью – миля в день. Действительно, Коринф он взял (не раньше 30 мая 1862 года) и понял, что не знает, как быть со взятым городом. Армия Холлека насчитывала более 100 тысяч человек; ниже Коламбуса конфедераты взорвали железную дорогу, проходившую с севера на юг, поэтому все припасы приходилось доставлять по Теннеси, но уровень воды в реке понизился настолько, что снабжение такой многочисленной армии стало почти невозможно. Кроме того, конфедераты, освободившись от непосредственной угрозы, начали действовать в районе Чаттануги, и было необходимо не дать тамошним силам южан нанести удар по Северу. Перед тем как отбыть на восток, чтобы принять управление армиями Соединенных Штатов, Холлек разделил силы, отправив Буэлла в район Чаттануги и оставив Гранта в Коринфе.
Но самый важный урок Шилохской битвы извлек речной флот, который поддерживал надежные коммуникации армии и предоставлял ей неоценимую помощь, прикрывая артиллерией попавший в опасное положение левый фланг северян. Роль флота особенно проявилась в событии, случившемся западнее Коринфа примерно в то же время. Речь идет о падении главной водной преграды конфедератов на Острове № 10. Генерал Джон Поуп во главе 20-тысячной армии подошел к нему по берегу со стороны Миссури, но полевые орудия, расставленные вдоль узкой полосы сухой земли со стороны Теннеси, не дали ему совершить переправу. Ночью 4 апреля капитан бронированного «Каронделета» Генри Уок повел свое судно вниз по течению реки прямо на батареи сквозь гром и молнии. После дневного отдыха канонерка подбила пушки на восточном берегу, переправила войска Поупа через реку, и остров, отрезанный от коммуникаций, был вынужден сдаться с 7 тысячами защитников.
В системе объединенных войсковых операций прибавился новый элемент. Оказалось, что корабли способны пройти мимо сильных артиллерийских батарей и затем оказать поддержку наступающим вслед за ними войскам.
Спустя некоторое время этот факт нашел подтверждение на другом конце Миссисипи, куда старый коммодор Дэвид Глазго Фаррагут стянул мощный флот океанских судов и батарею мортир, чтобы проверить это решение на двух сильных фортах, защищающих Новый Орлеан. Три дня артиллерийской бомбардировки ничего не смогли поделать с фортами; потеряв терпение, Фаррагут прошел мимо них на океанских кораблях, разгромил в яростной битве конфедератский флот в низовьях реки и 25 апреля стал на якорь у Нового Орлеана. Через два дня форты сдались, и Конфедерация потеряла свой самый крупный город.