После этой бойни в Каире Александрия и другие города Нижнего Египта изгнали мамлюкские гарнизоны и направили к Селиму I депутатов для выражения своей покорности. Туманбой скрывался в Северном Египте. Еще надеясь на прибывавшие с Верхнего Египта племена бедуинов и мамлюков, он продолжал оказывать сопротивление. Но силы явно были неравны, да и бедуины разбегались при первых же залпах артиллерии. К тому же бедуины стали конфликтовать с мамлюками. Бедуинские шейхи считали дальнейшую борьбу бесполезной и стремились к заключению мира, а мамлюки настаивали на продолжении борьбы. Так, в марте 1517 г., во время сражения в районе пирамид между бедуинами и мамлюками возникла ссора, и бедуины решили перейти на сторону противника, но были уничтожены огнем османских пушек.
Туманбай, оставшись без бедуинов, стал прорываться на север и 2 апреля 1517 г. близ местечка Уардан, в 50 км к северу от Каира, дал последний бой. Потерпев полное поражение, он скрылся в деревне Бута у своего близкого друга Хасана ибн Мури — шейха одного из подразделений хаввара. Но ибн Мури нарушил данную на Коране клятву и выдал туркам друга. А через несколько дней шейхи бану бакр, властвовавшие в Шаркине, выдали туркам Шали-бека — последнего мамлюкского эмира, который отказывался признать победу турок.
Таким образом война завершилась. Мамлюкская империя, некогда могущественная, прекратила свое существование. 9 апреля 1517 г. в Каире вступила в обращение монета с именем Селима I — нового сюзерена Египта. А 13 апреля в Каире под аркой ворот Баб Зуэйла как простой разбойник был повешен последний мамлюкский султан Туманбай.
Дмитрий Кантемир писал: «Это зрелище объяло ужасом египтян, но для них это было предметом тайной радости; было видно, как этот народ, который длительное время скрывал ненависть к тираническому господству черкесов, толпами бежал к Селиму и обещал ему, как и всему роду Османов, вечную верность».
В мае 1517 г. Селим I созвал в Каире всенародное вече. Наряду с османскими военачальниками там присутствовали и египетские кадии, представители купцов, ремесленников и других слоев населения, в том числе христиане и евреи. Селим I изложил принципы новой политики и назначил сановников на основные государственные должности. Структура управления страной не подверглась существенным изменениям. Так, в Верхнем Египте власть оставалась в руках бедуинских шейхов, а в Нижнем и Среднем — мамлюкских кашифов (чиновников), которые признали власть османов.
Главные же изменения коснулись социальной жизни. Как и в Сирии, Селим I произвел коренные изменения в системе распределения земель. Были уничтожены все формы мамлюкского феодального землевладения.
Новые власти сделали главным объектом своего внимания крестьян. Осуждались любые проявления варварства и тирании, «губившие» феллахов. В августе 1517 г. перед своим отъездом из Каира Селим I объявил, что отныне никому не дозволяется притеснять феллаха или любого простого человека из народа. Кадии и наместники обязывались уделять их нуждам первостепенное внимание. На заседании каждого египетского дивана первым должен был рассматриваться вопрос о положении крестьян. Любое покушение на имущество феллаха или попытка поживиться за счет крестьян считались тяжким преступлением и карались в большинстве случаев смертной казнью. Кадии обязывались внимательно относиться к жалобам крестьян, особенно связанным с их материальным положением. Пренебрежительное отношение к жалобам или несправедливое решение в пользу власть имущих грозило кадиям тюремным заключением.
Селим I отменил многие налоги и поборы с населения, снизил денежные штрафы с крестьян, отменил так называемые «подарки» должностным лицам, проезжавшим через деревню. А в июле 1519 г., к большой радости бедноты, были установлены фиксированные цены на товары. В декабре 1521 г. было введено новое соотношение между серебряной и золотой монетами, в результате чего налоги и долговые обязательства снизились вдвое. Прежнее соотношение было восстановлено лишь в сентябре 1523 г.
Для мамлюков настали тяжелые времена, они совершенно обнищали и бедствовали. Как писал арабский историк Ибн Ийас, у них не осталось ни коней, ни приличной одежды, ни оружия, ни даже угла, где бы они могли преклонить голову, у них не было ни слуг, ни рабов. Турки разъезжали на конях, а мамлюки пешком бродили по рынкам.
Но вскоре Селим I решил простить мамлюков. Из них стали формировать специальные части османской армии — «корпус черкесов» («Джамаат аль-джеракис»). Им раздали оружие и стали платить небольшое жалованье. Но им не вернули прежнюю мамлюкскую рыцарскую форму, а одели в турецкие кафтаны, шапку и сапоги. Им разрешалось оставить только бороды, чем они и отличались от тщательно выбритых османских спахиев.
Надо ли говорить, что «автономии» Египта и Сирии в составе Оттоманской империи были явлением временным. Такая ситуация не устраивала ни местную феодальную верхушку, ни Константинополь.