С января по май 1999 г. три российских корабля воспользовались услугами ПМТО. На май 1999 г. ПМТО Тартус структурно состоял из четырех основных подразделений: автомобильной команды (12 единиц автомобильной техники), электростанции, хозяйственного отделения и объединенного склада.
К настоящему времени в Тартусе прорыто несколько глубоких скважин, от которых к пирсу проложен трубопровод длиной 1,5 км. Производительность его составляет до 100 т воды в сутки.
В оперативном подчинении ПМТО постоянно находится одна из плавмастерских ЧФ. Полная штатная численность ПМТО — 14 российских военнослужащих.
В декабре 2004 г., после многолетнего перерыва, в ПМТО побывала специальная инспекция Черноморского флота, которая оценила его состояние и подготовила ряд предложений по дальнейшему использованию ПМТО. База была в плачевном состоянии. По оценке начальника МИС ЧФ полковника Сергея Тавадяна, состояние казарменно-жилищного фонда и военного городка находится в удовлетворительном состоянии. Состояние административно-жилого здания, построенного 16 лет назад, неудовлетворительное, поскольку за все это время его ни разу толком не ремонтировали.
Кроме того, необходимо благоустроить прилегающую к этому объекту территорию, прежде всего в районе автопарка. Для нормального обеспечения базирования кораблей и судов предстоит выполнить ремонтные работы на единственном действующем плавпричале № 2. Куда более серьезные усилия требуются для восстановления притопленной секции плавпричала № 1, который не функционирует. Для его восстановления нужны две дополнительные секции и рейдовое оборудование: бетонные якоря, смычки, бридели.
Намеченные работы растянулись на несколько лет. В марте 2005 г. БДК «Азов» ЧФ доставил в порт Тартус и произвел очередную плановую замену тылового имущества на пункте материально-технического обеспечения Черноморского флота. Моряки доставили оборудование, необходимое для ремонта плавпричала и систем жизнеобеспечения военного городка.
По сообщениям ряда СМИ, летом 2006 г. Россия приступила к дноуглубительным работам в сирийском порту Тартус. Приступить к реальным работам на Тартусском фарватере удалось с началом выполнения российско-сирийского соглашения о погашении сирийского долга в размере 3,6 млрд долларов (общая сумма долга составляет 14,4 млрд долларов). Однако представители ВМФ России опровергли сообщения, что этими работами занимаются корабли флота и в его интересах: «Никакие дноуглубительные работы ни в Тартусе, ни в других местах мы и раньше не проводили, и теперь проводить не будем. Имеющиеся там глубины достаточны для захода кораблей и судов с малой осадкой. Крупные корабли типа крейсера могут стоять и на рейде того или иного порта. Конечно, придется отремонтировать, модернизировать или построить заново причалы, но главное — создать развитую береговую инфраструктуру с необходимыми объектами, обеспечивающими ремонт, пополнение запасов продовольствия, воды, топлива, боеприпасов, отдых экипажей. Этим нам и предстоит заниматься в ближайшие годы»[82].
В августе 2008 г. на пресс-конференции в Дамаске заместитель посла РФ в Сирии Игорь Беляев заявил: «Россия намерена значительно увеличить свое военное присутствие в Средиземном море, а российские военные корабли станут частыми гостями в портах Сирии и других дружественных стран Средиземноморского бассейна».
И вскоре моряки пункта это почувствовали. Так, в январе 2009 г. в Тартус для пополнения запасов воды и продовольствия зашел отряд кораблей Северного флота. Тяжелый авианесущий крейсер «Адмирал Кузнецов» встал на рейде Тартуса, а БПК «Адмирал Левченко» и судно обеспечения «Николай Чикер» ошвартовались у причалов порта. Через пару месяцев ракетный крейсер «Москва» в ходе боевой службы в Средиземном море на рейде сирийского порта Тартус пополнял запасы от танкера «Иман». Во время стоянки экипаж корабля получил возможность отработать действия по организации охраны и обороны корабля на незащищенном рейде.
В связи с большой востребованностью базы работы в Тартусе ускорили. Вспомогательное судно Черноморского флота «КИЛ-158» с помощью водолазов подняли несколько многотонных якорей, удерживающих плавпричал, заменили оборванные цепи на новые и вновь закрепили причалы. Были также восстановлены бетонные покрытия, проведены сварочные и покрасочные работы. Экипаж «КИЛ-158» также оказал помощь сотрудникам морской инженерной службы порта в прокладке подводного трубопровода для подачи пресной воды. Вместо пришедшего в негодность и затопленного в 1998 г. плавпричала в 2009 г. были доставлены с Черного моря две новые секции. В июле 2009 г. спасательный буксир «Шахтер» отбуксировал железобетонную секцию плавпричала в Тартус, также в июле другую секцию причала довел до Тартуса «СБ-5».