Вскоре после этих событий для спецгрупп «Альфа» и «Вымпел» настали смутные времена. С должности командира «Альфы» был снят Герой Советского Союза Виктор Карпухин (в июле 1992 года командиром группы будет назначен Герой Советского Союза генерал-майор Геннадий Зайцев, который руководил подразделением в 1977–1988 годах). Долгое время неясным оставался и правовой статус «Альфы», поскольку группа вошла в состав управления президентской охраны, сначала президента СССР Михаила Горбачева, а несколько позже — президента России Бориса Ельцина. В свою очередь «Вымпел» из состава ПГУ был передан в Межреспубликанскую службу безопасности (была такая структура на месте бывшего всесоюзного КГБ). Новый начальник ПГУ Евгений Примаков, назначенный вместо Леонида Шебарши на, объяснил подобную передачу изменившимися целями, задачами и методами разведки. Вообще, Евгений Максимович, будучи во главе столь серьезного ведомства, весьма приветствовал все новшества и изменения в его структуре. Уходу «Вымпела», например, Примаков радовался, словно ребенок. Вскоре «Вымпел» вновь обрел очередного «хозяина» — Агентство федеральной безопасности Российской Федерации (АФБ РФ). И только 24 января 1992 года, после создания Министерства безопасности РФ, «Вымпел» вошел в состав нового ведомства на правах самостоятельного управления. С этого момента группа была полностью переориентирована на антитеррористическую деятельность.
Во время известных событий октября 1993 года, когда противостояние между президентом Борисом Ельциным и Верховным Советом вылилось в вооруженное столкновение, группы «Альфа» и «Вымпел» получили приказ взять Белый дом. Однако офицеры спецподразделений отказались штурмовать здание Верховного Совета. «Офицеры спецназа снова не захотели втягиваться в политическую борьбу, дошедшую до кровавого витка», — позже отметит газета «Известия».
Тем не менее утром 4-го октября начальнику главного управления охраны президента Михаилу Барсукову удалось убедить «Альфу» и «Вымпел» выдвинуться к Белому дому. Сначала бойцы групп помогли эвакуировать раненых. Затем вдруг «прошел слух, что руководству Белого дома выйти живыми не позволят. И тогда “Вымпел” и “Альфа” решили идти в Белый дом и под своим прикрытием вывести людей. Всех — и случайных защитников, и их неуступчивых лидеров»[125].
Свидетельствует очевидец.
Вероника Куцылло, парламентский обозреватель газеты «Коммерсантъ-Daily»: