Во время битвы под Ульмом Бернадот со своим корпусом находился в Мюнхене. Здесь он нанёс поражение австрийскому генералу Кинмайеру и продолжил движение на восток, обеспечивая безопасность правого фланга французской армии. 29 октября он вошёл в Зальцбург, а в начале ноября повернул на северо-восток, чтобы принять участие в окружении армии М.И. Кутузова — следующей фазе наполеоновской стратегии. Теперь Наполеон обратил всё своё внимание на 40-тысячную русскую армию, которой 9 ноября удалось ловко уйти от Мюрата и к которой теперь из Венгрии, в надежде соединиться с армией Макка, шёл эрцгерцог Карл, а из Моравии — ещё один русский корпус. Этого было довольно, чтобы армия Кутузова спокойно перешла Дунай у
Маутерна, вышла из готовящейся ей западни и попутно нанесла французам (Мортье) чувствительный удар при Дюрнштайне. Наполеон, находившийся в Линце и утративший живой контакт с вырвавшимися вперёд корпусами, стал искать виновных. Ими оказались Мюрат и Бернадот. Последний оправдывался и клялся в будущем исправиться.
11 ноября Наполеон приказал 1-му корпусу спешно форсировать Дунай, чтобы ещё раз попытаться отрезать Кутузову пути к отступлению. 15 ноября Бернадот с корпусом с большим трудом форсировал в районе Кремса Дунай и вышел к границам Богемии, собираясь парировать продвижение оттуда корпуса эрцгерцога Фердинанда. Форсирование Дуная без понтонных средств было не простым делом, и Бернадот выполнил приказ императора с опозданием на два дня. Выступить наперерез русской армии он не смог, поскольку в его наличии на левом берегу Дуная оказалось всего 6 пехотных полков, несколько эскадронов кавалерии и немного артиллерии. А Кутузов своим маневром под Холабрунном снова поставил в тупик Мюрата и ушёл от него, перечеркнув, таким образом, план Наполеона. Т. Хёйер утверждает, что критика императором Бернадота была несправедливой и что при тех средствах и дефиците времени, которыми располагал маршал, выполнить приказ Наполеона не представлялось возможным. К тому же начштаба Бертье постоянно менял свои указания и довольно поздно ставил Бернадота в известность об их постоянных изменениях. Привычка сваливать свою вину на других станет у Наполеона теперь постоянной.
Новый приказ Наполеона предусматривал преследование остатков австрийских войск, уходивших из-под Ульма под командованием молодого эрцгерцога Фердинанда. Для русско- австрийской коалиции далеко не всё было потеряно: положение занявшего Вену маршала Мюрата скоро стало довольно щекотливым, а то, что Наполеон сделал с Макком под Ульмом, могла теперь австро-русская армия сделать с ним самим. И если бы не везение, которое спасло Наполеона в своё время под Маренго, то гениальный стратег и полководец оказался бы в плачевном состоянии. Союзникам нужно было, считают А. Блумберг и Т. Хёйер, всего-навсего выждать, подождать подхода из Италии армии эрцгерцога Карла, заручиться присоединением к коалиции Пруссии и вообще не торопиться проявлять инициативу. Спас Наполеона русский царь. Молодой, горячий и тщеславный Александр I жаждал славы и рвался в бой. К тому же его адъютант князь Долгорукий, посланный к Наполеону, получил «достоверные» сведения от адъютанта Наполеона Савари, согласно которым французская армия была плохо подготовлена к сражению. В результате австрийский генерал Ф. Вейротер составил самый неудачный план предстоящего сражения.
На подходе к богемско-моравской границе в Иглау Бернадот 25 ноября встретил министра иностранных дел Пруссии Хаугвит- ца, который вёз Наполеону ультиматум своего короля. Наполеон знал, о чём будет идти речь — Пруссия решила выступить посредником для прекращения военных действий между воюющими сторонами, — и дал указание Бернадоту задержать Хаугвитца в Иглау на целый день, что маршал с успехом выполнил, уговаривая пруссака подождать прибытия в Иглау самого императора. Убедившись, что его обманули, Хаугвитц на следующий день продолжил свой путь.
Вечером 28 ноября Бернадот получил приказ отходить к Брно и, совершив 36-часовой марш-бросок, соединился с главными французскими силами в Моравии, чтобы 2 декабря 1805 года успеть принять участие в знаменитом Аустерлицком сражении. Немецкий биограф Бернадота А.-Э. Имхоф считает роль 1-го корпуса при Аустерлице (Славкове) не достаточно ясной. С ним соглашаются многие другие историки, включая шведских, которые пишут, что его вклад в успех французской армии оказался недостаточным.
Бернадот участвовал в битве с не более, чем 10 500 чел., кавалерийскую дивизию Келлермана у него отобрали, и 1-й корпус располагал под Аустерлицем лишь пехотой. Бернадот стоял в центре французских позиций, Ланн и Мюрат были справа, а Сульт и Даву — слева от него. В бой 1-й корпус вступил после корпуса Мюрата и то лишь в половинном составе, и о его роли косвенно могут свидетельствовать его потери: всего 86 человек убитыми и 360 — ранеными, в то время как потери в корпусе Ланна измерялись соответственно 583 и 3854, а у Даву, участвовавшего в сражении лишь одной своей дивизией, — 325 и 1165 человеками.