После раскрытия заговора генерала Пишегрю Наполеон хотел непременно разделаться со всей старой генеральской гвардией, включая и «гражданина Бернадота », и только вмешательство Жозефа Наполеона смогло отвести от него беду. Д. Сьюард пишет по этому поводу: «Не оставляет никакого сомнения тот факт, что Бернадот был причастен к заговору, но получил помилование исключительно ради Дезире »76. Хорошо осведомлённый Жозеф снова оказался верным другом и искренним родственником! Что сталось бы с Бернадотом, не будь над его головой охраняющей длани свояка?
Согласно Венкер-Вильдбергу, разочарованный нерешительностью коллег-заговорщиков, Бернадот якобы успел вовремя отойти в сторону, но зато его супруга Дезире якобы проговорилась о заговоре первому консулу. Впрочем, замечает историк, Наполеон благодаря Фуше и без неё находился в курсе событий. Кадудаля казнили, Пишегрю покончил с собой в тюрьме, а Моро отправили в ссылку в Америку. Бернадот благодаря семейным связям снова остался целым и невредимым, но без работы. В это же время за несогласие с первым консулом был отправлен в почётную ссылку в Италию его брат Люсьен (позже брат эмигрирует в США). Первый консул в каждом из своих бывших коллег видел теперь соперника или заговорщика и дал полную волю полицейским ищейкам всех трёх служб: Фуше, Савари и Даву.
Опять для Бернадота наступил период безделья, и опять в дело вмешался сердобольный свояк Жозеф. Как вспоминал потом сам Бернадот уже в качестве шведского короля Карла XIV Юхана, «Бонапарт не был склонен к мести, и когда он, для усиления собственной власти, высказал пожелание крепить семейные узы, мир снова восстановился. Когда же Бернадот появился в Тюильри, то встретил там, как человек с талантами к великим делам, дружеское расположение, хотя и постоянно мучился от неудовлетворённого честолюбия... Между тем Бонапарт сказал своему брату, что к причудам Бернадота следовало относиться более снисходительно ». Вряд ли так благодушно рассуждал наш герой в описываемое им самим время! Но какие бы строки в свои мемуары ни вписывал король Швеции, нужно наконец признаться, что Наполеон и в самом деле проявил по отношению к нему максимум великодушия, терпения, семейного снисхождения и благожелательства.
В январе 1804 года адъютант Бернадота полковник Жерар повёл шефа к знаменитой парижской гадалке мадам Ленорман, постоянными клиентами которой были многие сановники Франции. Жерар представил Бернадота купцом, но гадалка сразу обнаружила (по картам, разумеется!), что клиент — генерал, что генерал — родственник Наполеона и что генерал однажды станет королём далёкого королевства. Бернадот, сообщает Венкер- Вильдберг, посмеялся над предсказанием, но ушёл от гадалки в хорошем расположении духа.
Был ли он спокоен и безмятежен? Вряд ли. Совесть его была неспокойна. В цитировавшемся выше письме Бернадота к Люсьену Бонапарту от 1804 года говорится: «Теперь нет иной чести, кроме как быть рядом с ним (Наполеоном. — Б.Г.), с ним вместе, выражать себя посредством него и, к несчастью, жить только для него, потому что в обычаях суверенного народа появилось желание без всякого сомнения и без всяких условий лишать себя всего ради императора... Вперёд, солдаты, марш! И вместо “да здравствует республика!” — “ да здравствует император!” Ведь так намного красивей». Тем не менее, когда благодарная «общественность» Франции — генералы, офицеры, сановники — 6 мая 1804 года преподнесли первому консулу адрес, в котором Наполеону предлагалось стать императором Франции, то третьей по счёту, после подписи Мюрата и Массены, на нём значилась подпись «любимого» свояка Жана Батиста Бернадота. Не блистал Бернадот и отсутствием на церемонии коронации Наполеона и торжественно нёс подушку с орденами императора.
Генералы и оппозиционеры типа Моро, Карно и Лафайета удалились от активной деятельности и ждали, когда ненавистный им диктаторский режим изживёт себя и падёт сам собой. Ждать им пришлось долго. Другие генералы, типа Бернадота, Массены и Ожеро, остались во Франции и стали служить Наполеону верой и правдой, потому что, как объясняет Хёйер, другого выхода для того, чтобы служить родине и одновременно пытаться подрывать режим изнутри, у них не было.