Когда генерал Сарразэн в воскресную после переворота ночь возвращался домой в Шато-Фрагьер, находившееся в Вилльнёв- Сен-Жорж, он увидел около своего дома знакомую фигуру Бер- надота, а рядом с ним — какого-то мальчика. При ближайшем рассмотрении мальчиком оказалась Дезире. Супруги попросили Сарразэна спрятать их на время (сына Оскара они, вероятно, оставили на тётку Жюли), и Сарразэн отвёл их в свой дом. Когда он на следующий день пошёл в Люксембургский дворец, там его встретил Наполеон и сказал, что если он увидит Бернадота, то должен передать, что он всегда рад считать его своим другом. Ж. Фуше уже 11 ноября доложил патрону о местонахождении Бернадотов, а тот через Жозефа дал знать беглецу, что по-прежнему считает его своим другом. Тем не менее Бернадот ещё двое суток, пока не получил письмо от Жозефа Бонапарта, не выходил из дома Сарразэна. К чести Бонапарта следует заметить, что он не стал подвергать кого-либо из своих противников преследованиям — пока. Ему нужно было объединить вокруг себя всех способных и энергичных людей, и если они захотят служить ему, то он найдёт им место во власти. Корсиканское чувство клановости ускорило примирение со строптивым свояком. И Бернадот, «поломавшись» для вида три дня, позволил Жозефу и Дезире уговорить себя вернуться в Париж. 20 января 1800 года он появился в доме у свояка в Мортефонтэне, где праздновали свадьбу Каролины Бонапарт с Иоакимом Мюратом.
Примирение с Наполеоном было, вероятно, полным, потому что оно позволило Бернадоту рьяно добиваться освобождения арестованных депутатов Законодательного собрания и защиты своих друзей. В частности, ему удалось вычеркнуть из списков предназначенных к депортации якобинцев имя Журдана. Аббат Сиейес по поручению Наполеона приступил к разработке новой конституции — конституции т.н. консульства. 24 декабря 1799 года она вступила в силу, Директория упразднялась, и страной стал править триумвират консулов, из которых главным стал, естественно, Наполеон Бонапарт. Вместе с двумя другими консулами и Государственным советом (правительством) он мог назначать всех должностных лиц страны.
Среди военных — единственной прослойки общества, которая искренно поддержала Наполеона во время переворота, — началось брожение и недовольство: как так получилось, что один человек, такой же, как и они сами, узурпировал власть в стране и правил как диктатор? Люсьен Бонапарт и Бернадот на первых порах полагали, что Наполеон станет французским Джорджем Вашингтоном, но просчитались: тот сделался французским Оливером Кромвелем. Первый консул отлично знал об этих настроениях и стал немедленно избавляться от бывших своих сторонников: Сен-Сир с дивизией отправился в Португалию, Аанн уехал послом в Лиссабон, Брюн — в Константинополь, МакДональд — в Копенгаген. Но мстить никому Наполеон не стал. Он делал ставку на достижение в стране консолидации независимо от принадлежности к партиям людей, которые захотят поддержать Консульство.
Бернадот, хоть и не сразу, а только через месяц после событий ставший не без помощи Жозефа Бонапарта членом Государственного совета — центрального органа новой власти, какое-то время работал в военной его секции, занимаясь разработкой нового закона о рекрутах, но скоро получил предложение выехать в армию под Дижон, непосредственно подчинявшуюся Наполеону. Бернадот от этого назначения отказался, и тогда диктатор отправил его в Западную армию. Уже цитировавшийся выше Бурьен писал, что первый консул всеми способами хотел удалить не поддержавшего переворот 18 брюмера и строптивого генерала подальше от Парижа. Т. Хёйер считает такое предположение маловероятным, ибо Бернадот сам искал себе занятия и фактически сам предложил себя на пост командующего Западной армией.
Ещё в 1798 году шла речь о высадке в Англии, и вот теперь первый консул назначил Бернадота командиром экспедиционного корпуса в надежде, что генерал наделает ошибок, и тогда его можно было бы привлечь к ответственности. Вскоре, однако, всем стало очевидно, что бросок через Ла-Манш французам был не по зубам и не по карману, и идею десанта окончательно похерили. А Бернадота послали усмирять мятежную Вандею и сторожить побережье Франции от высадки английского десанта — авось и там он сломит себе голову!
Война с местными крестьянами главным образом развернулась по левому берегу Луары, в Анжу, и по берегам Пуату. Революция, кроме бед и оскорблений обычаев, ничего не дала этому дикому краю, в котором издавна господствовали патриархальнофеодальные порядки. Священник и помещик в глазах безграмотных крестьян были наместниками Бога и Короля на Земле, и другого начальства никто из них знать не хотел. Вандея жила изолированно от всей Франции, и её нисколько не трогало, что там происходит в Париже. Вандейцы лишь знали, что их любимого короля убили, и теперь они воевали против тех, кто это сделал. Война приняла затяжной характер, потому что мятежников поддерживало всё население.