Аббат Сиейес, склонявшийся к аристократическому правлению, избавившись от Бернадота, мечтал о генерале, который навёл бы порядок на фронтах. Его выбор пал, наконец, на генерала Жубера, которого послали командовать армией в Италии, но, к несчастью, генерал скоро погиб в бою под Нови. Генерал Моро занимать его пост отказывался — он опасался за свою жизнь. Наполеон ненавидел Сиейеса, потому что видел в нём соперника, и первое время стал склоняться к партии якобинцев, но когда узнал, что члены Директории Гохье и Мулэн собирались отправить его командовать какой-нибудь армией на фронт, корсиканец смекнул, что дружба с якобинцами ему ничего не сулит, и предоставил себя в распоряжение расстриги-аббата. Два паука оказались в одной банке и пока с недоверием смотрели друг на друга.
На пышный приём по случаю прибытия Наполеона Бернадот не пошёл. «Я не желаю сидеть за одним столом с заразным человеком», — сказал он. Когда он узнал о высадке Наполеона во Фреюсе, он связался с генералом Дебелем, бывшим военным министром, и просил передать Директории, чтобы она, не теряя времени, отдала приказ об аресте генерала-дезертира и учреждении над ним трибунала. Дебель, поддержанный артиллерийским полковником Сен-Мартэном, отправился к Баррасу. Тот выслушал Дебеля и сказал:
Мы недостаточно сильны для этого.
Бернадот продолжал настаивать на аресте Наполеона, но Баррас, верный своей выжидательной тактике, ответил:
Давайте подождём.
Комментируя поведение Бернадота, А. Блумберг справедливо пишет, что оно было мотивировано не только его приверженностью к конституции и верностью присяге, но и тем, что в Наполеоне он видел соперника и хотел его нейтрализовать. Бернадот, как и Наполеон, тоже мечтал о том, чтобы сыграть свою роль в наведении порядка в стране, например, в составе триумвирата, наделённого правами диктатуры и переизбиравшегося каждые три года. Т. Хёйер подвергает демарш Бернадота в отношении Наполеона сомнению — ведь совсем недавно он испытывал к корсиканскому свояку самые тёплые чувства и даже предлагал организовать ему в Египте помощь. Действительно, о характере отношений между обоими генералами и поведении Бернадота с сентября по ноябрь 1799 года известно мало, а те источники, что приводят многие историки (сам Бернадот, Баррас, Бурьен и Сарразэн), по мнению Хёйера, также мало надёжны — особенно ссылки на подробные диалоги соперников и их «исторические» высказывания.