На следующий день Ожеро был назначен комендантом Парижа. 27 августа состоялось торжественное вручение трофейных знамён Директории. С речью выступил Бернадот, произнесший дежурные фразы о преданности итальянской армии идеалам революции и выразивший надежду на то, что противоречия в стране улягутся сами собой. Генерал тщательно избегал выражений, которые свидетельствовали бы о вмешательстве военных в политику. И тут слово взял новый президент Директории Ляревелльер. Он так грубо напал на правых, что все слова Бернадота о примирении были тут же забыты, и в воздухе запахло настоящей войной. Бернадот, хотел он того или нет, предстал на этом сборище единомышленником Ляревелльера, тем более что сразу после церемонии со знамёнами директора Баррас и Рёбелль пригласили его к себе отпраздновать событие.
Бернадот неизбежно начал дрейфовать в сторону воинственных сторонников власти. 29 августа он выступил в газете Le Gron- deur со статьёй, в которой снова подчеркнул свою лояльность к Директории и в резких тонах заклеймил её врагов. Во втором письме Наполеону его агрессивный тон по отношению к роялистам сохраняется. В то же время он категорически отказывается стать рядом с Ожеро — идея государственного переворота его по-прежнему не вдохновляет. В письме к Наполеону он выражает желание как можно быстрее покинуть Париж и вернуться в Италию. Отпуск оказался совсем не таким, каким он себе его представлял тремя неделями раньше.
4 сентября 1797 года Директория дала наконец Ожеро отмашку, и «предводитель бандитов» немедленно приступил к выполнению давно подготовленного предприятия. Его солдаты легко окружили нужные здания — в основном правительственные, в которых сидели заговорщики, и всех их, как покорных кроликов, арестовали. Л. Карно успели предупредить, и ему удалось бежать. 17 руководителей заговора отправили «на сухую гильотину» — в ссылку во Французскую Гвиану33, «вредные » партии запретили, а выборы в 48 департаментах отменили. Первый военный переворот прошёл быстро и бескровно. Благодаря поддержке Наполеона Директория усидела у власти.
Бернадот во всех этих событиях никакого участия не принял. На три дня он предусмотрительно удалился из столицы и в неизвестном месте пережидал события. Лишь в письме Наполеону он подтвердил достоверность отчёта, направленного по этому поводу в Италию адъютантом Лавалеттом: «Если бы делу республики угрожала опасность, — писал он, — я конечно бы принял участие, но поскольку не было и намёка на такую катастрофу, я не думал, что мой долг махать ещё одним мечом в этом скоротечном деле, и так слишком военном по своему характеру ». В этих словах чувствуется ирония и некоторая доля обиды. На кого? На Наполеона, который сделал ставку на Ожеро, а его использовал как простого курьера? На Директорию, не предложившую ему никакой роли в перевороте 18 фрюктидора? Или на себя и свою нерешительность?
Между тем члены Директории по отношению к «предводителю бандитов» большого восторга не испытывали и искали ему замену. Вероятно, разобравшись в характере и поведении Бернадота, они стали обращать свои взоры в его сторону. Сам Баррас нанёс генералу несколько визитов и перед его выездом из Парижа вручил подарок от Директории — 4 (у Хёйера — 6) коней, 2 инкрустированных пистолета, изготовленных на Версальсом заводе, и саблю. К генералу явилась также делегация ветеранов и многозначительно попросила остаться. Директория начала перетасовку своих генералов, и Бернадоту это было небезралично. Вместо связанного с Пишегрю Моро главнокомандующим Рейнской армией был назначен Ожеро. Наполеон, очевидно не желая возвращения Бернадота в Италию, предложил Директории сделать его командующим корпуса в Марселе. Бернадот отказывался, говорил, что на этом посту потребуются глубокие знания человеческой натуры и твёрдый примиренческий характер, в то время как он — простой солдат и привык воевать. В Марселе, сообщает Хёйер, ему бы пришлось заниматься чисткой скомпрометировавших себя сторонников Пишегрю, а это было мало приятным занятием. Уж лучше он вернётся на своё старое место. Директория настаивала, и тогда он обставил своё назначение целым рядом требований: гарантия выплаты солдатам и офицерам жалованья, ограничение полномочий комиссаров Директории, выделение секретных сумм денег, необходимых ему для ведения гражданской войны в округе, и др. Требования показались Директории неприемлемыми, и вопрос с новым назначением отпал.