Суд так и не смог выяснить, куда исчез экипаж. По этому поводу возникали самые невероятные версии, которые обрастали все новыми и новыми подробностями. Капитана Морхауза и его людей обвиняли в том, что они пираты и что они захватили «Мэри Селест», уничтожив весь экипаж, в надежде получить премию за якобы спасенное судно. Ходили слухи, что еще в Нью-Йорке Морхаузу удалось каким-то образом устроить на «Мэри Селест» своих матросов; те быстро завладели судном, убили людей, выбросили их за борт и в условленном заранее месте стали ждать, когда подойдет «Деи Гратиа».
По другой версии, команда «Мэри Селест» учинила набег на бочки со спиртным, хранившиеся в трюме. Уильям А. Ричард, который был в то время министром финансов Соединенных Штатов, написал открытое письмо, которое появилось на первой странице «Нью-Йорк таймс» 23 марта 1873 года:
«Обстоятельства дела вызывают весьма мрачные опасения, что капитан судна, его жена, ребенок и, возможно, старший помощник были убиты озверевшими от выпивки матросами, которые, по-видимому, получили доступ к бочкам со спиртными напитками, составлявшим значительную часть груза.
Судя по всему, судно было покинуто экипажем в период между 25 ноября и 5 декабря; экипаж либо погиб в море, либо, что более вероятно, был подобран судном, направлявшимся в один из портов Северной или Южной Америки либо Вест-Индии».
Наиболее простое объяснение случившемуся видели в том, что судно попало в шторм и, когда членам экипажа показалось, будто оно тонет, они погрузились в шлюпку и, очевидно, все до одного погибли.
Важную роль в этой трагедии отводят носовому люку, который, как выяснилось, был открыт; крышку же люка, согласно одной из версий, сорвали пары спирта. Клубами, по виду напоминавшими дым, пары поднимались из трюма, и капитан Бриггс решил, что на судне пожар и оно вот-вот взорвется. Экипаж перебрался в спасательную шлюпку, закрепив фалинь на корме судна, но он почему-то развязался, и «Мэри Селест» ушла без шлюпки и экипажа.
Писатели широко использовали этот случай в качестве сюжета для своих произведений, и одним из первых был молодой и тогда еще мало кому известный Артур Конан Дойль, который опубликовал в январском номере журнала «Корнхилл мэгезип» за 1884 год рассказ в виде статьи анонимного автора, называвшийся «Сообщение Дж. Хебекука Джефсона». Рассказу Конан Дойля, появившемуся через одиннадцать лет после истории с «Мэри Селест», поверили сразу и безоговорочно, потому что многое в нем было очень близко к истине или выводилось из соответствующих истине фактов и заявлений. Свое воображаемое судно он назвал «Мария Селеста» [ «Святая Мария», или «Святая дева». —
Со времен Конан Дойля предлагаемые решения этой загадки стали еще более изощренными. Была высказана мысль, что испорченная пища вызвала у экипажа галлюцинации и люди стали кидаться в море, чтобы спастись от ужасных видений. По другой версии, всех отравил кок, который выбросил тела умерших за борт и сам прыгнул вслед за ними.
В качестве еще одной догадки фигурировало предположение о баратрии, то есть умышленном совершении действий, рассчитанных на обман судовладельцев. Возможно, Морхауз по заранее достигнутой договоренности высадил матросов с «Мэри Селест» в каком-нибудь укромном уголке Атлантики, привел «Мэри Селест» в порт как судно, покинутое экипажем, получил за это деньги и разделил их между членами обоих экипажей.
Ходили слухи, что владелец «Мэри Селест» подговорил матросов убить капитана Бриггса вместе с семьей и затопить судно, чтобы получить страховую премию, но матросы допустили какую-то оплошность и погибли. Возможно, план предусматривал, что они прыгнут в море и вплавь доберутся до берега, когда судно подойдет к скалам возле Азорских островов, но внезапный порыв ветра отогнал «Мэри Селест» в безопасное место, и она продолжала плавание, а матросы утонули или погибли.
Некоторые высказывали предположение, что экипаж оставил судно из-за мощного смерча, который в море не менее опасен, чем торнадо на суше. По другой версии, подводное землетрясение или еще что-то в этом роде вызвало на «Мэри Селест» панику, и команда покинула корабль. Еще одна версия гласит, что где-то неподалеку от Азорских островов «Мэри Селест» наткнулась на «блуждающий остров», то есть движущуюся песчаную отмель, которая постоянно меняет свое местоположение. Сев на мель, экипаж решил, что спасения им ждать неоткуда; они погрузились в шлюпку и, очевидно, погибли в океане. Корабль же после очередной подвижки «острова» вновь оказался на плаву.