В апреле заканчивался британский мандат, и Бен-Гурион столкнулся с жесточайшим военным и политическим кризисом, который мог скомпрометировать столь ожидаемое создание Израиля. Его критические выступления, направленные против архаичных структур «Хаганы», ни для кого не являлись секретом, и доказательств тому было немало. То, что впоследствии получило название «генеральского мятежа», разразилось внезапно, когда Бен-Гурион решил упразднить должность руководителя «национального командования», которая стояла между главным штабом и министром обороны. Намеченная реорганизация «Хаганы» в регулярную армию делала этот промежуточный пост излишним. Кризис усугублялся тем, что занимающий эту должность и подлежащий увольнению Исраэль Галили был одним из руководителей Объединенной рабочей партии, соперничающей с Рабочей партией «Мапай».
С начала второй мировой войны «фракция В», которая в 1944 году должна была стать отдельной структурой и назваться «Единство труда», оказывала нарастающее влияние на высшее командование «Хаганы». В 1948 году она слилась с другой левой партией, «Гапоэль Гацаир», для создания Объединенной рабочей партии — партии просоветской ориентации, которая имела расхождения с Рабочей партией «Мапай» по ряду основных принципов. В нее входили большинство высших офицеров «Хаганы», и упразднение должности, занимаемой Галили, представляло собой бомбу замедленного действия.
Тридцатидевятилетний Галили быстро достиг высших эшелонов власти. Во время болезни главнокомандующего генерала Яакова Дори высшие офицеры «Хаганы» обращались за советом к Галили и считались с его авторитетом в военных вопросах. Известный своей сообразительностью и хитростью, он пользовался большой популярностью среди своих подчиненных. Упраздняя его должность, Бен-Гурион, несомненно, не подозревал, какую бурю вызовет принятое им решение.
26 апреля 1948 года Галили узнает о своей отставке, на что резко возражает. Ряд проведенных бесед не выявляет никаких противоречий. Кризис разразился 3 мая, когда Старик, надеясь положить конец бесплодным дискуссиям, направил в адрес главного штаба сухое по тону письмо:
«Настоящим пост главы национального командования упразднен, в связи с чем Исраэль Галили освобождается от своих обязанностей. Главный штаб будет подчиняться исключительно приказам начальника Сил безопасности [то есть самого Бен-Гуриона] или его представителя».
Галили и высший офицерский состав возмущены. Послание Бен-Гуриона зачитывается на собрании штаба, раздаются возгласы протеста, многие «руководители служб и отделов», как называют лидеров «Хаганы», грозят немедленной коллективной отставкой. Через некоторое время они формируют делегацию, которая является в кабинет Бен-Гуриона с просьбой пересмотреть свое решение. Бен-Гурион просит Игаэля Ядина заменить Дори до выздоровления последнего, но Ядин отказывается. Наконец после долгих переговоров предлагается компромиссное решение: не вступая официально в должность, заместитель главнокомандующего Цви-Эялон соглашается на несколько дней заменить своего начальника. В тот же вечер на совещании Совета тринадцати представители Объединенной рабочей партии подвергают Бен-Гуриона резким нападкам. Издаваемая ими газета «Ал-Хамишмар» предсказывает, что подобные акты приведут к «личной диктатуре».
5 мая, за десять дней до окончания британского мандата, штаб возобновляет свои попытки. Делегация от «бунтовщиков» является к Бен-Гуриону и пытается «дожать» его в пользу Галили. Ядин настаивает на том, чтобы в течение недели Галили выполнял обязанности главнокомандующего, на что Бен-Гурион соглашается «при условии, что он будет временно исполняющим обязанности главнокомандующего, а не главой национального командования, пусть даже на короткое время». Вызванный к Бен-Гуриону Галили вновь отказывается идти на компромисс и требует возвращения должности. Но Старик непреклонен.
6 мая кризис становится еще острее, поскольку Галили передает в Исполнительный комитет длинное письмо с подробным описанием условий упразднения должности и деталей своей отставки. В полдень того же дня руководители «Хаганы» адресуют Бен-Гуриону письменное обращение:
«Руководители отделов и служб считают необходимым возвращение на должность [Исраэля Галили] до принятия окончательных решений. Если в течение ближайших 12 часов вопрос не будет урегулирован, главы отделов и служб будут считать себя свободными от участия в ведении войны».