16 марта Верховный Круг принял решение изъять казачьи войска из подчинения Деникину в оперативном отношении, 17-го красная конница, пополненная сдавшимися кубанцами, ворвалась в Екатеринодар, и Верховный Круг бежал за Кубань. Пока вопрос «завис», кубанские генералы Науменко, Топорков, Писарев, Бабиев заявили, что будут подчиняться только Деникину, после чего оставили укрепленную линию Кубани. «Самостийники» в ответ усилили агитацию. Они открыто говорили, что война проиграна, что надо мириться с большевиками.
19 марта решением Верховного Круга атаманы и правительства казачьих областей освобождались от всех обязательств относительно Вооруженных Сил Юга России, войска выводились из подчинения Деникину, предполагалось немедленно приступить к организации обороны края без «добровольцев» и к созданию новой «союзной» власти. Но кубанские и донские генералы продолжали подчиняться Деникину и увлекали за собой сохранившие строй войска.
Грузинское правительство отказалось пропустить в Грузию прижатые к Кавказским горам белые войска, и те оказались в безвыходном положении. Оставалось выводить их в бедный ресурсами Крым.
В порты Черноморского побережья Кавказа вышли 9 тысяч «добровольцев», 20 тысяч кубанцев и 50 тысяч донцов. Вошедшие в Новороссийск первыми «добровольцы» растеряли дисциплину, устраивали митинги. Панику и тягостную для войск атмосферу создавали тысячи лиц, «присосавшихся» к движению, наживших миллионы и теперь стремившихся поскорее очутиться в безопасном месте. «Добровольцы» заказали суда из расчета на 17 тысяч человек и погрузили все, что возможно («параллельные брусья и сломанные столы»). Кубанцам предоставили 500 мест, донцам — 4 тысячи.
Переполненный войсками Новороссийск мог обороняться, а пароходы вернуться за казаками еще раз, но этого не произошло. Значительная часть казаков была оставлена на побережье сознательно, чтобы они волей-неволей перешли к партизанской борьбе. Донской генерал Т. М. Стариков сетовал впоследствии, что Деникин бросил в Новороссийске всю донскую конницу. Но партизанской войны казаки не начали. Кубанцы открыто переходили к большевикам, 1-я Кубанская дивизия почти в полном составе перешла на сторону красных и первой ворвалась в Новороссийск, где большевикам сдались 22 тысячи человек, преимущественно донцов.
В самом городе разыгралась не одна трагедия. Генерал Сидорин готов был стрелять в Деникина, и ситуацию разрядил лишь подход еще нескольких судов, на которые посадили несколько тысяч донских казаков.
«...Сердцу бесконечно больно: брошены громадные запасы, вся артиллерия, весь конский состав. Армия обескровлена...» — писал Деникин жене из Крыма.
К апрелю 1920 года основные силы «добровольцев», 1/4 Донской армии, добровольческое командование, донское командование и атаманы казачьих войск были в Крыму, а Кубанская армия, часть Донской, кубанское командование и кубанское правительство оставались на Черноморском побережье Кавказа.
Вместе с уходом в Крым встал вопрос о пребывании во главе движения самого Деникина. Часть «общественности» — епископ Вениамин, группа сенаторов во главе с Глинкой — вела переговоры с оборонявшим Крым генералом Слащевым. Указывалось, что «Деникин дискредитирован, что он морально разбит, а его место должен занять Врангель». Как вспоминали очевидцы, Деникин «совершенно пал духом и ни к чему не годился; имя его произносилось с проклятиями».
29 марта в Феодосии на совещании узкого круга генералов (Покровского, Сидорина, Боровского и Юзефовича) Боровский от имени Слащева высказал мнение, что Деникин должен уйти. Все согласились.
1 апреля Деникин узнал от командира Добровольческого корпуса Кутепова, что Добровольческий корпус не верит ему, Деникину, так, как верил до сих пор. 2 апреля Деникин подготовил приказ о том, чтобы все военачальники собрались на Военный совет в Севастополь 4 апреля «для избрания преемника главнокомандующему Вооруженными Силами Юга России». Особой телеграммой был вызван на совет отчисленный недавно из армии генерал Врангель.
«Мое решение бесповоротно. Я все взвесил и обдумал. Я болен физически и разбит морально; армия потеряла веру в вождя, я — в армию», — сказал Деникин своему новому начальнику штаба генералу Махрову, передавая приказ для рассылки.
Председателю Военного совета генералу Драгомирову Деникин направил письмо: «Три года российской смуты я вел борьбу, отдавая ей все свои силы и неся власть как тяжелый крест, ниспосланный судьбою.
Бог не благословил успехом войск, мною предвидимых. И хотя вера в жизнеспособность армии и в ее Историческое призвание мною не потеряна, но внутренняя связь между вождем и армией порвана, и я не в силах более вести ее.
Перелагаю Военному совету избрать достойного, которому я передам преемственно власть и командование».