В тот день могильщик Хамиль заметил, что плита с именем усопшего грубо поднята с травы, но под землей ничего подозрительного не обнаружили. Согласно указаниям Генри Хилтона, поверенного миссис Стюарт и управляющего имуществом, на ворота церковного кладбища были поставлены новые замки, а плита с именем передвинута на 10 футов южнее могилы, где она утонула в траве, чтобы ввести в заблуждение кладбищенских воров. Место, где плита лежала раньше, аккуратно обложили дерном, а в качестве еще одной меры предосторожности был нанят сторож, который должен был посещать церковное кладбище каждый час в течение всей ночи и предостерегать прохожих, чтобы они не заходили на огороженное место. Но ничего не происходило, и 3 ноября 1878 года сторожа освободили от работы, так как Хилтон решил, что опасность миновала.
Через четыре дня, рано утром 7 ноября, помощник могильщика Фрэнк Паркер зашел на церковное кладбище и был потрясен, увидев холм перевернутой земли у входа в склеп Стюарта. Не обследовав места, он побежал к Хамилю, живущему на Десятой улице, и тот немедленно пришел в церковь. Зайдя в склеп, Хамиль обнаружил, что тело торговца украдено. Он поспешил в магазин Стюарта, но, узнав, что Хилтон еще не приехал, нанял экипаж и поехал в дом юриста на Тридцать четвертую улицу, по соседству с особняком, в котором проживала миссис Стюарт. Хилтон немедленно уведомил полицию, и суперинтендент полиции Джордж В. Уоллинг взял расследование под личный контроль.
Склеп Стюарта был кирпичным, 10 на 15 футов, 12 футов в глубину и на 3 фута покрыт землей. Располагался он почти в середине кладбища, восточнее церкви, а по бокам от него находились могилы Бенджамина Уинтропа и Томаса Биксби, членов старинных семей Нью-Йорка. Кладбищенские воры проигнорировали плиту с именем, которая должна была сбить их с толку, и направились прямо к могиле, в которую спустились, сняв защитный слой земли. Они отвинтили крышку большого кедрового ящика, вскрыли внутренний свинцовый гроб и вынули тело. Также преступники унесли с собой дорогие рукоятки и пластинку с именем, которая была на могиле, и кусок внутренней обивки из бархата, вырезав ее в форме неправильного треугольника. На месте преступления они оставили новую лопату для угля и фонарь. Тело торговца весило около 100 фунтов, и оно не было забальзамировано. По-видимому, его увезли в телеге, следы которой были обнаружены у восточных ворот.
8 ноября в утренних газетах Хилтон объявил, что обещает награду в 25 тысяч долларов за возврат тела, а также за поимку воров. Преступление так ошеломило весь Восток, что в течение долгих месяцев сыщики-любители настойчиво обыскивали амбары и сараи и всматривались в подозрительно выглядевшие телеги и повозки. Были вскрыты десятки свежих могил в надежде, что они могут содержать исчезнувшее тело, а газеты пестрели комментариями и догадками. У могилы Вандербилта, которая находилась на Стейтен-Айленде, была выставлена двойная охрана, а вооруженные люди патрулировали кладбища по всему городу. Вскоре полицейские узнали, где были куплены лопата и фонарь, но на этом их успехи закончились.
Ничего нового по этому делу не обнаруживалось до января следующего года, когда генерал Патрик X. Джонс, юрист, бывший раньше начальником почтового отделения на улице Нассау, 150, явился к Уоллингу и показал ему серебряные рукоятки от гроба Стюарта, бархатную ленту и треугольный кусок бумаги, сказав, что получил все это через почтовую службу Канады. Предъявил он и несколько писем, подписанных Генри Г. Ромэйном, где тот предлагал Джонсу выступить в качестве посредника и обещал организовать возврат трупа торговца за 250 тысяч наличными. Генерала Джонса в дальнейшем попросили вести переговоры через раздел частных объявлений в «Нью-Йорк геральд».
В одном из объявлений Ромэйн писал: