Конфликт политических ссыльных с генерал-губернатором зрел постепенно и исподволь, но как раз к моменту переезда Бакунина в Иркутск достиг своего апогея. Поводом вообще-то послужила случайная дуэль между двумя заезжими офицерами, в результате которой один из них был убит. И хотя губернатор в то время отсутствовал в Иркутске, тем не менее возмущение политических ссыльных и их окружения выплеснулось прежде всего в его адрес. Иркутская общественность разделилась на две партии — губернаторскую и антигубернаторскую. Моментально вспомнились все забытые обиды, против «сибирского сатрапа» были пущены в ход дозволенные и недозволенные приемы и средства. Принципиальное противостояние быстро превратилось в обыкновенную «кухонную склоку». В центре ее и оказался Бакунин, принадлежавший, естественно, к «губернаторской партии».
Погасить пламя пожара Бакунин, к сожалению, не смог, понимая, что политссыльные петрашевцы не правы от начала до конца, а личная вина губернатора не просматривалась ни с какой стороны. Муравьев же, зная, откуда дует ветер, попытался разрешить конфликт репрессивными методами: Львова уволили со службы, Петрашевского вообще выслали из Иркутска, библиотеку, где проходили встречи демократической (точнее — антигубернаторской) общественности, закрыли. Пострадавшие закусили удила и сумели передать свой гневный и желчный протест в Лондон для опубликования в герценовском «Колоколе». Всю грязь, какую они копили на протяжении многих лет, петрашевцы выплеснули на главного виновника всех, по их мнению, бед — генерал-губернатора Восточной Сибири, введя в заблуждение и главного редактора нелегального журнала Искандера-Герцена.
Вот тогда-то и потребовалось прямое вмешательство Бакунина. Он написал Герцену предлинное письмо, приложив к нему статью под названием «Ответ “Колоколу” от 1 декабря 1860 года». Главная цель — защитить Муравьева-Амурского от наветов и клеветы. Это ему удалось блестяще: «В продолжение 13 лет один из лучших русских людей, проникнутый истинно-демократичным и либеральным духом, трудился в поте лица своего, для того чтобы очеловечить, очистить, облегчить и поднять по возможности вверенный ему край. Он совершил чудеса, в особенности чудеса для соннолюбивой России, привыкшей заменять дело фразами да мечтами; ничтожными средствами, без всякой помощи и поддержки, почти наперекор Петербургу он присоединил к русскому царству огромный благодатный край, придвинувший Сибирь к Тихому океану, и тем впервые осмыслил Сибирь; он не жалел ни трудов, ни здоровья, он весь отдался великому и благородному делу, сам везде присущий и сам всегда работая как чернорабочий. В продолжение 13 лет он давал нам пример полнейшего самоотвержения; все его стремления, замыслы, предприятия, отличавшиеся истинно гениальной меткостью и простотою, проникнуты были высоким духом справедливости и желанием общего блага. 13 лет боролся он, и боролся небезуспешно, за права сибирского народа, стараясь освободить его, опять-таки сколько было возможно при известных вам политических условиях, от притеснений чиновно-административного, купеческого, горнозаводского, золотопромышленного, равно как и от зловонно-православного притеснения. Он успел очеловечить вверенный ему край, смягчить и облагородить все отношения, так что можно смело оказать, что ни в одной провинции России нет такой свободы движения и жизни вообще, как в Восточной Сибири, и ни в одном провинциальном городе не живется так привольно, легко и гуманно, как в Иркутске. Все это — дело Муравьева Сибирского…»
О себе писал кратко: «Восьмилетнее заключение в разных крепостях лишило меня зубов, но не ослабило, напротив, укрепило мои убеждения. В крепости на размышление времени много; инстинкты мои, двигатели всей моей молодости, сосредоточились, пояснились, как будто стали умнее и, мне кажется, способнее к практическому проявлению. Выпущенный из Шлиссельбургской крепости почти 4 года тому назад, я окреп и здоровьем, женат, счастлив в семействе и, несмотря на это, готов по-прежнему, да, с прежнею страстью, удариться в старые грехи (имеется в виду революционная деятельность. —