Через несколько дней арестант был доставлен в Петербург и заключен в Петропавловскую крепость, в сырую одиночную камеру Алексеевского равелина. Он ждал каждодневных изнурительных допросов, но они почему-то не начинались. Впрочем, все необходимые формальности были соблюдены. А спустя два месяца к Бакунину прибыл шеф жандармов граф А. Ф. Орлов и объявил, что государь пожелал выслушать чистосердечные признания узника, и тот должен изложить их письменно как можно подробнее. Бакунин заколебался. С одной стороны, он понимал, что царь и Третье (жандармское) отделение собственной его величества канцелярии желали бы получить от своего пленника как можно больше сведений о революционных настроениях в России и в Европе. С другой стороны, затеянная царем и его окружением игра предоставляла возможность не только добиться какого-то послабления, но и в определенной степени ввести в заблуждение дознавателей.
В конечном счете Бакунин согласился дать письменные показания — при условии, что писать станет только о себе, не ставя под удар других. Заключенному выдали пачку бумаги, перо и чернильницу, и он принялся писать самое длинное письмо в своей жизни, получившее название «Исповеди». Достоянием широкой общественности она стала только после Октябрьской революции, когда ученые получили доступ к архивам жандармского ведомства. До публикации же в открытой печати его успели прочесть чуть больше десяти человек, включая самого царя и наследника престола.
Об «Исповеди» написаны горы книг и статей. В чем только не обвиняли Бакунина — в предательстве революционных идеалов, лжи, трусости, верноподданнических чувствах и прочих смертных грехах. Особенно злорадствовали политические противники анархистов: «Поглядите, какой у них идейный вдохновитель — унизился перед самим царем». Однако никакого унижения и тем более предательства не было! Просто жестокие обстоятельства продиктовали такую тактику поведения. Бакунин, который всегда слыл «великим конспиратором», не был бы Бакуниным, если бы не попытался переиграть своих мучителей. А для этого любые средства хороши.
Уже на склоне лет он учил революционную молодежь: «<…> Революционер может и часто должен жить в обществе, притворяясь совсем не тем, что он есть. Революционер должен проникнуть всюду, во все низшие и средние сословия, в купеческую лавку, в церковь, в мир бюрократический, военный, в литературу, в III отделение и даже в Зимний дворец». Что же тогда говорить о поведении революционера, который оказался в логове своих врагов? Да у него просто нет иного выхода, как попытаться ввести их в заблуждение! Никакой тайны из своего поступка Бакунин тоже не делал. В письме от 8 декабря 1860 года, нелегально отправленном Герцену из Сибири, Бакунин откровенно рассказывает о своем «грехопадении»:
«В 1851 году в мае я был перевезен в Россию, прямо в Петропавловскую крепость, в Алексеевский равелин, где я просидел 3 года. Месяца два по моему прибытию, явился ко мне граф Орлов от имени государя: “Государь прислал меня к вам и приказал вам сказать: скажи ему, чтоб он написал мне, как духовный сын пишет к духовному ощу. Хотите вы писать?” Я подумал немного и размыслил, что перед juri [жюри, суд присяжных], при открытом судопроизводстве я должен бы был выдержать роль до конца, но что в четырех стенах, во власти медведя, я мог без стыда смягчить формы, и потому потребовал месяц времени, согласился и написал в самом деле род исповеди, нечто вроде Dichtung und Wahrheit [поэзия и вымысел]; действия мои были, впрочем, так открыты, что мне скрывать было нечего. Поблагодарив государя в приличных выражениях за снисходительное внимание, я прибавил: “Государь, вы хотите, чтоб я вам написал свою исповедь: хорошо, я напишу ее; но вам известно, что на духу никто не должен каяться в чужих грехах. После моего кораблекрушения у меня осталось только одно сокровище: честь и сознание, что я не изменил никому из доверившихся мне, — и потому я никого называть не стану”. После этого, a quelques exceptions pres [за немногими изъятиями], я рассказал Николаю всю свою жизнь за границею, со всеми замыслами, впечатлениями и чувствами, причем не обошлось для него без многих поучительных замечаний насчет его внутренней и внешней политики. Письмо мое, рассчитанное, во-первых, на ясность моего, по-видимому безвыходного, положения, с другой же — на энергический нрав Николая, было написано очень твердо и смело и именно потому ему очень понравилось. За что я ему действительно благодарен, это [за то], что он по получении его ни о чем более меня не допрашивал».