Утром 28 сентября центральную площадь Лиона заполнили тысячи рабочих и горожан с красными знаменами. Одновременно началась агитация в казармах национальной гвардии, многие солдаты и офицеры стали склоняться на сторону народа. На площади толпа, возбужденная энергичными призывами, оттеснила стражу и ворвалась в ратушу. Начался митинг. Часть ораторов выступала с балкона, другая переместилась в заполненный народом зал заседаний муниципалитета. Во время выступления Бакунина в ратуше в сопровождении вооруженной охраны появился мэр Лиона и приказал немедленно арестовать русского эмигранта и его французских соратников. Сопротивление казалось бесполезным, но в это время рабочие ринулись на защиту своих вождей, разоружили национальных гвардейцев и освободили арестованных. Правда, за время краткосрочного ареста гвардейцы успели обобрать Бакунина, лишив его бумажника со всеми деньгами и записной книжки с важными адресами и заметками.
На какое-то время хозяином положения стал Центральный комитет спасения Франция. Бакунин убеждал товарищей арестовать разбежавшихся представителей власти и разоружить национальную гвардию, отказавшуюся принять сторону восставшего народа. Вместо этого они, как это обычно бывает в подобных случаях, занялись дележом «портфелей». Буржуазные республиканцы между тем не дремали. Подавляющее большинство вооруженных национальных гвардейцев оставалось на их стороне. Вскоре они плотным кольцом окружили заполненную народом площадь и вытеснили оттуда митингующих. Бакунин и его друзья оказались в ловушке. Через десять дней он так описывал в одном из писем произошедшее:
«Вы читали в газете… более или менее правдивый рассказ о нашей первой (и не последней) попытке в Лионе 28 сентября. Факт тот, что начало было великолепно. Мы были господами положения. Несмотря на сопротивление буржуазной национальной гвардии, мы овладели ратушей, нам помогал народ, сначала безоружный, а потом сбежавшийся с оружием в руках. Почему мы не остались там? — спросите Вы. Виною этому отсутствие революционного опыта у нескольких наших друзей, которые развлекались революционными фразами в то время, когда надо было действовать и не слушать обещаний реакционеров, которые, видя себя побежденными, обещали все, а потом не выполнили ничего. А в особенности это вина генерала Клюзере, чтобы не сказать — его трусость и измена. Он принял от победоносного Комитета командование над ратушей и республиканскими гвардейцами, которые окружили ее массою и были за нас. Желая одновременно угодить и буржуям и народу, он позволил первым тайком пробраться в ратушу, тогда как республиканские гвардейцы, считая победу окончательной, начали расходиться. Таким образом, Комитет неожиданно увидел себя окруженным врагами. Я был там с друзьями и говорил им беспрестанно: “Не теряйте времени в пустых спорах, действуйте, арестуйте всех реакционеров. Разите реакцию в голову”. Посреди этих речей я оказался окруженным буржуазными национальными гвардейцами под предводительством одного из самых ярых реакционеров Лиона, самого мэра, г-на Генона. Я отбивался, но меня потащили и заперли в какой-то дыре, порядочно потрепав меня. Час спустя батальон вольных стрелков, обратив в бегство буржуазных гвардейцев, освободил меня. Я вышел с моими освободителями из ратуши, где не было больше ни одного члена Комитета…»
Но вскоре разошлись и рабочие. Дело в том, что «отцы города» вовремя осознали свой просчет и отменили дискриминационное решение о снижении оплаты труда в национальных мастерских, о чем во всеуслышание объявили на площади. Страсти улеглись, и митингующие постепенно успокоились. Прокурор приказал арестовать Бакунина как иностранного смутьяна и одного из главных зачинщиков беспорядков. Тому пришлось срочно перейти на нелегальное положение, а на другой день тайно уехать в Марсель. В прощальном письме к Пал иксу он писал: «Дорогой друг, я покидаю Лион с глубокой грустью и с мрачными предчувствиями. Я начинаю думать теперь, что Франция погибла. Она сделается вассальным княжеством Германии, и ее голос, некогда столь мощный, этот голос, возвещавший свободу всему миру, не будет пользоваться никаким влиянием в советах Европы. Место ее живого и реального социализма займет доктринерский социализм немцев, которые будут говорить только то, что позволят им сказать прусские штыки, вернувшиеся домой после победы. Бюрократический и военный разум Пруссии в союзе с кнутом петербургского царя водворят спокойствие и общественный порядок на всем континенте Европы, по крайней мере, на 50 лет. Прощай свобода, прощай социализм, справедливость для народа и торжество человечности! Все это могло бы выйти из современного разгрома Франции, и все это вышло бы из него, если бы французский народ, если бы лионский народ этого захотел. Но не будем больше об этом говорить. Совесть моя подсказывает мне, что я исполнил свой долг до конца. Мои лионские друзья также знают это, а до остального мне дела нет…»