Боевой опыт быстро выявил ущербность дистанционно-управляемой нижней турели Бендикс. Стрелку приходилось прицеливаться из крайне неудобного положения, сидя на коленях. Неудачным оказался и перископический прицел. Начиная со 113- го серийного В-17Е, турели Бендикс уступили место убираемым шаровидным турелям-башням фирмы Сперри. В нормальном, не в боевом положении, башня втягивалась внутрь фюзеляжа гидроприводами. Доступ в башню обеспечивался только изнутри самолета при развороте башни строго по продольной оси и установки пулеметов в горизонтальное положение. Бывало, что механизмы башни отказывали, когда стрелок находился внутри. В таких случаях убрать башню не получалось. Самолет садился с выпущенной башней, в которой стрелок ощущал себя словно сидючи внутри баскетбольного мяча на финальной игре NBA. Зазор между полосой и выпущенной башней при движении самолета по аэродрому составлял всего несколько дюймов. Из сбитых «Фортеций» стрелки нижних башен спасались редко.
Бомбардировщики В-17Е быстро появились в строевых частях ВВС армии США (авиационный корпус армии США был развернут в ВВС армии США 20 июня 1941 г.), уже в конце 1941 г. В-17Е принимали участие в боевых действиях с момента вступления США во Вторую мировою войну. Несколько новеньких В-17Е уничтожили японцы в Перл-Харборе. В 1942 г. бомбардировщики В-17Е составили основную ударную силу американских ВВС на Тихом океане. Они принимали участие в сражениях в Коралловом море и на Мидуэе. Разработанный для высотного бомбометания с горизонтального полета самолет оказался не эффективным для действий против малоразмерных и маневренных морских целей. ВВС начали использовать «Крепости» в качестве высотного стратегического бомбардировщика, предназначенного для поражения стационарных наземных объектов. В этой роли В- 17 был чудо, как хорош. 17 августа 1942 г. двенадцать В-17Е из 97-й бомбардировочной группы взлетели с базы в Англии и сбросили первые американские бомбы на оккупированную гитлеровцами Европу. Объектом удара стала железнодорожная сортировочная станция Руэн – Сотевилль. Все самолеты благополучно вернулись на базу. То было удачным и многообещающем началом дневной бомбардировочной кампании американцев. За успешным началом последовали тяжелые, а то и трагические будни.