Новый истребитель выкатили из ворот сборочного цеха завода № 115 точно в срок, и 28 февраля летчик П.Я. Федрови начал его испытания, а вскоре к полетам были допущены и летчики НИИ ВВС. Хотя М-106 пришлось заменить на серийный М-105ПФ, 14 марта куратор авиапромышленности в ГКО Маленков и нарком авиапрома Шахурин получили доклад: «В НИИ ВВС прошел государственные испытания модифицированный самолет Як-1 под названием «Як-Ш», с серийным мотором М-105ПФ. Самолет имеет максимальную скорость у земли – 545 км/час и на высоте 4450 м – 632 км/час. Время набора высоты 5000 м – 4,1 мин. Техника пилотирования самолетом в сравнении с самолетом Як-1 не усложнилась. Выявленные в процессе испытаний дефекты могут быть устранены при запуске в серию. По своим летно-такти- ческим данным. Як-Ш превосходит серийный самолет Як-1 и стоит на уровне лучших современных истребительных самолетов, находящихся на вооружении ВВС иностранных государств. Просим вас рассмотреть вопрос о скорейшем внедрении самолета Як-Ш в массовое серийное производство взамен самолета Як-1». Однако формально Госиспытания даже не начинались, а Шахурин пытался это скрыть, за что позже понес наказание. 22 марта отказал М-105ПФ, «Москит» благополучно сел в Чкаловской, и его пришлось ремонтировать. Из-за этого заводские испытания завершили только 7 июня, и в тот же день летчик НИИ ВВС Прошаков начал Государственные.
Военным самолет очень понравился. «…Во время боев с немецкими самолетами ФВ-190 ДБ-801 (так в тексте – Авт.) и Me 109 с трехточечным вооружением (облегченный) самолет Як-1 "Москито" имел преимущество в вертикальном и горизонтальном маневре а также и по скоростям до высоты 5000 метров. Считал бы целесообразным на заводе № 292 организовать выпуск самолетов Як-1 "Москито", – писал маршал авиации Новиков Шахурину 7 июля 1943 г.
Тем временем саратовский авиазавод построил 47 серийных Як-1 с М-106 но военные не приняли ни одного. 20 февраля главный инженер ВВС Репин жаловался Шахурину: «…дефекты мотора М-106. – Авт.) не дают возможности нормальной эксплуатации и требовал дополнительных испытаний двигателя. Специалисты ЛИИ. ЦАГИ и ЦИАМ пытались возражать: дело в системе охлаждения, но повторные стендовые испытания выявили дефекты и самого М-106. В мае его выпуск остановили, а 300 серийных двигателей списали.
В апреле 1943 г. завод № 115 построил еще один опытный Як-1М. От первого он отличался только мотором М-107. хотя и строился по отдельному заказу Испытания показали, что и М-107 не готов к работе на самолете. И хотя 19 ноября 1943 г. Федрови развил на этом истребителе (вооружение в том полете было снято) рекордную для СССР скорость 717 км/ч в том же месяце испытания были прекращены, а из-за постоянных перерывов на ремонты и замены мотора не удалось даже полностью снять летные характеристики.
Итак, к середине 1943 г. в руках Яковлева не было ни «журавля» (с двигателем М-107), ни даже «синицы» (с М-106), но двигателисты все же нашли выход. В начале войны действия пикировщиков Ju 87 заставляли советские ВВС работать на малых высотах В 1943 г. уже авиация РККА, в которой важнейшую роль стали играть штурмовики, вынуждала врага вести бои в диапазоне высот до 4 км, но чаще – ниже 2500 м, что определялось типовым эшелоном полета Ил-2 и радиусами восходящих маневров истребителей. Воспользовавшись этим обстоятельством, Климов перерегулировал нагнетатель двигателя М-105ПА, повысив мощность модификации М-105ПФ именно на тех высотах, где чаще всего шли бои. По персональной просьбе Яковлева он снова увеличил наддув, в результате номинальная мощность на 1-й скорости нагнетателя возросла с 1260 до 1310 л.с. на высоте 200 м, а на 2-й -с 1180 до 1240л.е., но I граница высотности была понижена с 2700 до 700 м. Это не обеспечивало оптимального соотношения скоростей и высот полета и снижало надежность и ресурс мотора, и в серии Климов разрешил повысить наддув только для 1-й скорости. В итоге за счет снижения II границы высотности с 2400 до 2000 м взлетную мощность повысили с 1210 до 1290 л е., а боевую – с 1150 до 1290 л.с.
Такой мотор поставили на первый «Москит» в июле, но теперь радиаторы не справлялись с его охлаждением. Их переделали, и самолет поставили на продувку в натурной аэродинамической трубе ЦАГИ, эксплуатация которой возобновилась, когда исчезла опасность налетов немецкой авиации. В августе рекомендации ЦАГИ были реализованы на первом Як-1М: на все цилиндры поставили индивидуальные выхлопные патрубки, воздухозаборник нагнетателя перенесли под капот, полотняную обшивку хвостовой части заменили фанерной, улучшили герметизацию и подгонку панелей, люков и створок шасси. Летные испытания доработанного самолета показали, что скорость у земли достигла 573, а на высоте 4500 м – 653 км/ч.