В июне 1997 г. в Омске на совещании с участием представителей 18 промышленных предприятий стран СНГ было принято решение о начале серийного переоборудования самолетов Ан-2 в транспортные Ан-3. Затем Правительства России и Украины подписали соглашение, согласно которому этими работами предстояло заниматься ПО «Полет» и Винницкому ремзаводу ГА, который специализировался на ремонте Ан-2. Выпуск ТВД-20 поручался ОМП им. П.И. Баранова. Для реализации этого решения Омская областная администрация предложила инвестиционный проект, куда были привлечены средства различных предприятий ВПК региона. Проведенные расчеты показали, что трудоемкость превращения Ан-2 в Ан-3 составит порядка 1/3 от трудоемкости постройки новой «Аннушки», а стоить такие работы будут 250-400 тыс. USD.
Для успеха всей программы требовалось провести сертификацию Ан-3 и развернуть рекламную кампанию. Однако единственным летным экземпляром машины оставался опытный самолет, который не поднимался в воздух с 1989 г. и хранился на открытой стоянке, где быстро превращался в груду хлама. Благодаря усилиям зам. Генерального конструктора АНТК Г.Г. Онгирского, самолет реанимировали и уже в августе 1997 г. продемонстрировали на Международном авиакосмическом салоне «МАКС-97» в Жуковском. В сентябре ПО «Полет» и ОМП организовали презентацию Ан-3 в Омске. В сентябре 2000 г. Ан-3 был среди участников новорожденной международной авиакосмической выставки «ABiacBiT-XXI» в Киеве. В середине ноября самолет представили на авиасалоне в китайском Чжухае. В Поднебесной до сих пор продолжают выпускать Ан-2, и китайцы заинтересовались технологией превращения «двойки» в «тройку», но пока о реализации такой программы речь не идет.
Осенью 1997 г. омичи получили из эксплуатации для переоборудования «Аннушку» (СССР-9801, сер. №1G175-46). К началу 1998 г. первый Ан-ЗТ (сер.№ 00-01), зарегистрированный как RA-62523, выкатили из цеха. 17 февраля этот самолет впервые поднялся в воздух под управлением экипажа АНТК в составе: С.М. Цивак (командир), С.М. Тарасюк (помощник командира) и В.И. Дзюба (ведущий инженер по испытаниям). Полет состоялся, несмотря на достаточно сильный боковой ветер и мороз -25°С. Через несколько дней погода улучшилась, и на самолете выполнили несколько полетов по программе заводских испытаний.
С весны 1999 г. начались интенсивные сертификационные полеты на опытном Ан-3 (UR-BWD). Была выполнена программа по исследованию взлетно-посадочных характеристик при разных состояниях искусственной ВПП, включая свежевыпавший снег и обледенение. Затем прошли испытания на грунтовом аэродроме с прочностью грунта до 3 кгс/кв.см. В тот год в Украине случился температурный экстремум, что позволило провести испытания в жарком климате (до +36° С) и «пощупать» газодинамическую устойчивость ТВД-20 в этих условиях. К концу года антоновцы подали заявку в Авиационный регистр Международного авиакомитета (АР МАК) на соответствие Ан-3 нормам АП-23.
В 2000 г. к сертификационной программе подключили Ан-ЗТ RA-62523, на котором с 29 января по 15 февраля в Эвенкии провели испытания в условиях низких температур. С аэродрома Тура самолет выполнил 15 полетов общей продолжительностью 20 ч, подтвердив способность работать при температуре ниже -50°С (в один из дней столбик термометра опустился до -56°С). По возвращении в Омск были проведены взлеты и посадки на заснеженный аэродром с толщиной покрова до 35 см. В отдельных случаях самолет на колесах рулил по снегу полуметровой толщины. Ан-ЗТ пилотировали летчики-испытатели АНТК С.М. Тарасюк и ПО «Полет» А.П. Сарычев, Д.Э. Кузнецов.