На море тоже шли жестокие бои. На первой стадии операции корабли Королевского Флота не пропустили на остров ни одного вражеского солдата, хотя немцы и пытались провести несколько конвоев, состоящих из мелких суденышек. Адмирал Каннингхэм не мог использовать для защиты Крита свой единственный авианосец «Формидебл», так как после 4 месяцев боев его истребительная эскадрилья сократилась до 4 «Фулмаров». Однако английские линкоры, крейсера и эсминцы мужественно сражались под небом, полностью контролируемым немецкой авиацией. Они помешали немецким войскам попасть на остров морем и эвакуировали 16500 английских, австралийских и новозеландских солдат. В ходе битвы за Крит погибли 2000 английских солдат и 1828 моряков. 12000 английских и более 2000 греческих солдат попали в плен. Королевский флот потерял 3 крейсера и 6 эсминцев потопленными. 2 линкора, 6 крейсеров, 7 эсминцев и авианосец «Формидебл» были повреждены.
«Формидебл» вступил в бой 25 мая, имея на борту 12 «Фулмаров». В этот день авианосец вышел из Александрии вместе с 2 линкорами и 9 эсминцами. На следующий день с «Формидебла» взлетели 4 «Альбакора» и 4 «Фулмара», чтобы атаковать главную немецкую авиабазу на острове Карпатос (Скарпанто). Разумеется, 8 самолетов было совершенно недостаточно, чтобы вывести из строя крупный аэродром. А вскоре после этого английские корабли попали под ответную воздушную атаку. «Фулмары» встретили атакующих, однако 20 пикирующих бомбардировщиков прорвались к кораблям. «Формидебл» получил 2 попадания 1000-фн бомбами. Бронированная полетная палуба спасла авианосец от гибели, однако он был серьезно поврежден и вечером ушел обратно в Александрию, оставив флот без истребительного прикрытия. Потери экипажа были совершенно незначительными – 11 убитых и 7 раненых. Пикирующие бомбардировщики, атаковавшие «Формидебл», входили в состав Stukageschwader 1 майора Вальтера Эннекеруса. Именно эти самолеты ранее повредили «Илластриес».
На следующий день было принято решение эвакуировать Крит.
После 10 дней упорных боев немецкие воздушные силы захватили остров и вывели из строя второй английский авианосец. Немцы потеряли 4000 человек убитыми и 2600 ранеными. Погибли 170 транспортных самолетов и большая часть планеров. Более 3000 убитых и 2000 раненых пришлись на долю парашютно-десантной дивизии и частей поддержки XI авиакорпуса. Эти потери обученного личного состава были так велики, что немцы больше никогда не высаживали воздушных десантов с подобным размахом.
Крит стал победой немцев и одновременно победой воздушной мощи над морской. Ранее все острова захватывались не иначе, как десантом с моря. Теперь Люфтваффе одолели Королевский Флот и одержали дорогостоящую, но несомненную победу. Однако больше никогда и никто не пытался высадить воздушный десант на остров, прикрываемый большими силами флота противника.
Падение Крита поставило Александрию в пределы досягаемости немецкой авиации, однако немцы так и не воспользовались этой возможностью. Для них обладание Критом не стало первым шагом наступления на Суэц и далее в Среднюю Азию. Скорее, это был заключительный аккорд кампании на Балканах. Именно балканская кампания и вторжение на Крит вынудили Гитлера перенести начало вторжения в Россию с середины мая на конец июня. Но эта задержка сломала намеченный график наступления, и немцам пришлось столкнуться с ужасной русской зимой.
Еще до окончания боев на Крите немцы начали перебрасывать авиацию с греческих аэродромов на север, готовясь к русской кампании. Х авиакорпус, ранее направивший свои самолеты в Северную Африку для поддержки войск Роммеля, теперь покинул Сицилию, чтобы участвовать в боях в Эгейском море и на востоке Средиземного моря. Мальта получила передышку от непрерывных немецких воздушных атак. Английские эсминцы, подводные лодки и морская авиация снова начали использовать остров в качестве базы, что поставило под угрозу морские коммуникации Оси, идущие из Италии в Северную Африку. С июля 1941 года с Мальты начали действовать бомбардировщики Королевских ВВС, которые проводили дневные атаки итальянских конвоев. С этого момента и до самого конца войны ни один конвой не сумел пройти, не попав под удар англичан.
Обсуждение результатов боев за Крит и ситуации в Восточном Средиземноморье заставило поднять вопрос о реорганизации системы командования. Во время операции все немецкие силы на суше, на море и в воздухе были объединены под командованием генерала Люфтваффе. Его штаб находился в Афинах, в непосредственной близости от района боевых действий.