Пожары полыхали на «Илластриесе», когда он в 22.15 пришвартовался в Гранд-Харборе. Самолеты Х авиакорпуса нанесли ему тяжелейшие повреждения, но не сумели потопить. По крайней мере – пока. Единственным кораблем соединения Каннингхэма, кроме «Илластриеса», который также пострадал во время атаки 10 января, был линкор «Вэлиант». Он получил небольшие повреждения от осколков бомб. На следующий день немецкие самолеты снова атаковали конвой, следующий в Александрию. Бомба попала в легкий крейсер «Глостер», пробила 5 палуб, но не взорвалась. Зато бомба, попавшая в легкий крейсер «Саутгемптон», причинила такие тяжелые повреждения, что крейсер пришлось затопить.
На верфях Мальты шла круглосуточная работа, чтобы подготовить «Илластриес» к выходу в море и поскорее убрать его из-под ударов немецкой авиации, базирующейся в соседней Сицилии. Большой плавучий док был потоплен, и ни один из оставшихся на Мальте малых доков не мог принять авианосец. Корабль разгрузили, чтобы уменьшить осадку, и водолазы отремонтировали повреждения подводной части, нанесенные близкими разрывами.
Теперь на Мальту обрушились тяжелые удары Х авиакорпуса, которому было приказано потопить «Илластриес» и торговые суда, прибывшие на остров. К счастью, Х авиакорпус был еще не готов проводить массированные атаки. Первый большой налет немцев состоялся 16 января. 60 пикирующих бомбардировщиков, появившихся в небе Мальты, обрушили свой смертоносный груз на верфи и драгоценный авианосец. Верфи сильно пострадали, а в корабль попала еще одна бомба, вызвав дополнительные повреждения. 18 января немецкие пикирующие бомбардировщики обратили свое внимание на аэродромы Мальты. «Илластриес» уже был отремонтирован в достаточной степени, чтобы на следующий день выйти в море. Однако немецкие самолеты появились снова, и корабль получил новые повреждения от близких разрывов. Немногие уцелевшие истребители и зенитные орудия делали все, что могли, но отбить все атаки были просто не в состоянии. (В течение января 1941 года Мальта подверглась 58 воздушным налетам.)
Только вечером 23 января «Илластриес» вышел с верфи и выскользнул в море. К рассвету он уже шел со скоростью 20 узлов, направляясь в Александрию. Этого от корабля не ждали ни враги, ни друзья. Авианосец разминулся с крейсерским соединением, высланным ему навстречу из Александрии. Но точно так же немецкие и итальянские самолеты, высланные, чтобы добить «Илластриес», не нашли авианосец, зато они атаковали крейсера.
Из Александрии авианосец прошел через Суэцкий канал и Красное море, обогнул Африку, пересек Атлантику и прибыл на капитальный ремонт в Соединенные Штаты. Потребовалось 10 месяцев работ на Норфолкской верфи ВМФ, чтобы исправить полученные кораблем повреждения.
После ухода «Илластриеса» «Арк Ройял» остался единственным английским авианосцем на Средиземном море, так как старый «Игл» еще раньше был отправлен в Южную Атлантику. 31 января «Арк Ройял» вышел из Гибралтара, чтобы атаковать важный итальянский порт и промышленный центр Геную. Во время перехода с авианосца взлетели 8 «Суордфишей», чтобы торпедировать дамбу, сдерживающую воды озера Тирсо на Сардинии. Эту дамбу использовала электростанция, снабжающая электричеством треть острова.
Один из «Суордфишей» сразу был вынужден вернуться на авианосец, а те самолеты, которые достигли цели, были встречены плотным зенитным огнем. Один «Суордфиш» был сбит, другой потерял торпеду. Но 4 торпедоносца все-таки сбросили свои «рыбки», однако, похоже, они зарылись в ил, так как взрывов не последовало. Когда уцелевшие «Суордфиши» вернулись на «Арк Ройял», погода ухудшилась, вынудив отменить продолжение операции.
6 февраля «Арк Ройял» и Соединение Н вышли в море и взяли курс к берегам северной Италии, чтобы повторить попытку атаки Генуи. На этот раз английские корабли были замечены итальянскими самолетами и самолетами Виши. Чтобы обмануть итальянцев, соединение временно взяло курс на Сардинию, а 2 эсминца отделились от главных сил и начали интенсивные радиопереговоры, чтобы еще больше запутать итальянцев. Крупное итальянское соединение, в составе которого имелись 3 линкора, вышло в море, чтобы перехватить англичан, но не сумело установить контакт. Итальянская эскадра и Соединение Н разошлись всего в 30 милях друг от друга, никого не заметив. Единственным кораблем Соединения Н, имевшим радарную установку, был легкий крейсер «Шеффилд», но итальянцы прошли за пределами досягаемости его радара. (Кроме «Шеффилда», в составе Соединения Н имелись линкор, линейный крейсер и 10 эсминцев.)