Расширенная линия японской обороны должна была проходить через острова Кыска, Мидуэй, Уэйк, Маршалловы и Гилбертовы острова, западнее Порт-Морсби и завершиться в Ост-Индии. Захват Мидуэя обещал покончить со страхом, порожденным рейдом Дулитла. Он не только расширял имперскую систему оповещения, но и лишал американцев передовой базы. Вдобавок японцы получали исходный пункт для наступления на Оаху в конце 1942 года. Адмирал Ямамото, правильно оценивая возможности усиления американского флота, считал, что японцы обязаны в 1942 году уничтожить Тихоокеанский флот, или они проиграют войну. Он правильно решил, что вторжение на Мидуэй вынудит адмирала Нимица бросить в бой се имеющиеся силы, чтобы отстоять остров, чрезвычайно важный для защиты Пирл-Харбора.
Сначала Морской Генеральный Штаб возражал против захвата Мидуэя. Штаб предлагал большую часть флота бросить на юг, чтобы перерезать коммуникации союзников, ведущие в Австралию. Однако адмирал Ямамото, командующий Объединенным Флотом, упорно настаивал на захвате Мидуэя, так как эта операция могла привести к генеральному сражению с американским флотом, которого он жаждал.
Главные силы флота начали возвращаться в Японию после успешного рейда в Индийский океан в начале апреля 1942 года. Были проведены большие наборы, чтобы восполнить потери в личном составе: погибших (в основном от несчастных случаев), раненых и больных. Обучение новобранцев и отдых, совершенно необходимый ветеранам после 5 месяцев боев, требовали времени. Боеспособность Объединенного Флота, особенно авианосных эскадрилий, снизилась. Требовались по крайней мере 3 или 4 месяца тренировок и отдыха, чтобы вернуть флоту боеспособность, которую он имел в начале войны. Эти тренировки могли начаться только 22 – 23 апреля, когда авианосцы собрались в отечественных водах, но завершить их пришлось 27 мая, когда Объединенный Флот вышел в море из Хасирадзимы. То есть, они оказались слишком недолгими. Авианосные эскадрильи были разосланы по разным аэродромам и не имели возможности готовиться вместе. Требовалось подготовить много новых пилотов, и это помешало отработке совместных действий. Авианосцам был необходим заход в доки для текущего ремонта, и лишь один – «Кага» – мог выйти в море, чтобы учить молодых пилотов взлетам и посадкам на корабль. Полеты проводились с раннего утра до позднего вечера, но все равно один авианосец не смог обеспечить подготовку требуемого числа летчиков. Вот цитата из японского «Отчета об операции у Мидуэя»:
«Хотя обучение летного состава проходило без особых происшествий, в качестве подготовки летчиков произошли серьезные изменения, слишком большое число летчиков получило лишь самую основную подготовку. Неопытные пилоты с трудом могли совершить дневную посадку на авианосец. Было замечено, что даже опытные пилоты потеряли часть своего умения. Не имелось никакой возможности проводить совместные тренировки, что сделало невозможным отработку взаимодействия между различными эскадрильями: разведчиков, ударными, осветительными. Поэтому вероятность добиться сколь-нибудь удовлетворительных результатов в ходе ночных атак практически равнялась нулю».
Кроме вопросов подготовки личного состава, японцы столкнулись и с вопросами материальной подготовки операции у Мидуэя. Прежде всего, это была серьезная нехватка самолетов для пополнения потрепанных авиагрупп. Штатным расписанием предусматривалось, что каждая эскадрилья должна иметь самолетный резерв, равный 1/3 своей численности. Но резервов не было, и многие эскадрильи вообще имели неполный состав.
Еще одной серьезной проблемой при подготовке операции стало расстояние от острова до японских баз. Американский флот располагал аэродромом на Мидуэе, на который можно было перебрасывать подкрепления с Оаху, тогда как японские базы на Маршалловых островах и Уэйке находились слишком далеко. Поэтому, даже если бы японцы и захватили Мидуэй, он стал бы мишенью американских воздушных налетов, так как поблизости не имелось островов, которые могли бы его защитить.