В ответ 30 января 1803 г. в официозной французской газете «Le Moniteur» был опубликован отчет полковника Себастиани, вернувшегося из дипломатической миссии на Ближний Восток. Свой рапорт Себастиани представил Первому консулу за несколько дней до этого. Бравый офицер, в будущем знаменитый кавалерийский генерал, известный своей бесшабашной отвагой, в вольном стиле описал политическую ситуацию на Ближнем Востоке и особенно в Египте. Там, по его мнению, все только и ждут появления французов. И делая вывод, Себастиани по-кавалерийски лихо отрубил: «6000 французов сегодня достаточно, чтобы овладеть Египтом». Распорядившись опубликовать этот весьма недипломатично составленный документ, Первый консул хотел припугнуть англичан. Он надеялся, что британское правительство задумается над опасностью разрыва Амьенского мира и воспримет рапорт Себастиани как предупреждение. Но Бонапарт плохо знал Англию. Публикация в «Монитере» вызвала не только резкую реакцию английского правительства, но и взрыв негодования среди широких слоев английского населения. Теперь конфронтация стала как никогда более заметной.
Именно в эти дни накалятся споры вокруг Мальты, сыгравшие огромную роль в европейской политике. Поэтому мальтийский вопрос, вокруг которого разгорелись споры между Англией, Францией и Россией, заслуживает подробного изложения.
Несмотря на условия Амьенского договора, англичане не спешили эвакуировать Мальту, и чем более ядовитыми были рапорты Уитворта, чем более поднималась антифранцузская кампания в прессе, тем меньше английские министры торопились оставить остров, ставший камнем преткновения. Интересно, что еще в сентябре 1801 г. накануне подписания мирного соглашения англичане предложили России принять на себя протекторат над Мальтой и ввести на остров русские войска. В это время дело шло к миру, и британское правительство могло предполагать, что французы будут настаивать на эвакуации Мальты. Потому, выбирая из двух зол, они предпочитали ввести на остров русские войска, чем оставить знаменитую крепость ордену Иоаннитов и тем самым подвергаться риску рано или поздно снова увидеть там французов. Этот вопрос обсуждался на заседании Государственного совета 30 сентября (12 октября) 1801 г. Интересно, что Россия отклонила это предложение по настоянию Кочубея, который, как уже упоминалось, отстаивал независимую внешнюю политику России. В этот момент еще продолжалась война между Францией и Англией, и Кочубей считал, что, если русское правительство примет на себя обязательства в отношении Мальты, оно тем самым может вовлечь Россию в ненужный ей военный конфликт.
В начале ноября 1801 г. англичане снова обратились с предложением ввести русские войска на остров, а России стать гарантом будущего англо-французского соглашения о Мальте. На этот раз русское правительство, опасаясь, что оно будет отстранено от мирных переговоров, которые шли в Амьене, принципиально согласилось принять на себя гарантию. Однако, к большому удивлению русских, в десятой статье Амьенского договора, где говорилось об эвакуации острова в течение трех месяцев после ратификации договора, русскую гарантию отодвинули на более чем скромное место. В договоре указывалось, что после вывода английских войск с острова на него будет временно введен неаполитанский гарнизон в количестве двух тысяч человек (до того момента, пока рыцари ордена Иоаннитов не смогут обеспечить крепости надежную защиту), а гарантом данного соглашения будут выступать Франция, Англия, Австрия, Испания, Россия и Пруссия. Подобная выходка со стороны англичан, сначала искавших русской гарантии, а потом от нее открестившихся, вызвала раздражение среди русских политиков. На заседаниях Совета в июле 1802 г. сторонники нейтралитета России так же, как и те, кто придерживался профранцузской ориентации, выступили против принятия Россией гарантии в подобных условиях. Оскорбительным показалось упоминание России на предпоследнем месте после Испании и Австрии. К тому же, считал Н.П. Румянцев, Мальта не нужна России, а ее гарантия может лишь послужить вовлечением ее в войну.
Изменение ориентации в политике России в конце 1802 г. вызвало желание дать все- таки гарантию Амьенского договора для того, чтобы ни под каким видом не допустить на остров французов. В ноябре 1802 г. русское правительство согласилось дать Англии и Франции гарантию неприкосновенности Мальты, но при условии, что будет аннулирована десятая статья Амьенского договора, и будут признаны требования России о возвращении Мальты ордену и ее нейтралитете. Англичане формально заявили, что соглашаются с русскими предложениями, но на самом деле отвергли ряд статей русского проекта. В общем можно сказать, что вопрос о статусе острова и отношении России к нему оставался в это время весьма неопределенным. Единственным подписанным юридически принятым Англией и Францией документом был Амьенский договор.