В тихую погоду на дне Таманского залива, на берегах которого расположены руины Фанагории, в мутной воде видны очертания каких-то сооружений. В 1858 году археолог Ф. Жиль посчитал их остатками нижней части морского мола. С этим мнением согласился известный археолог прошлого столетия профессор К. К. Герц. Однако при раскопках на суше в 1939–1940 годах стало ясно, что часть Фанагории находится под водой: в море уходил фундамент крупного здания, построенного в IV веке до н. э., сооружения под водой оказались не морским молом или причальным пирсом, а остатками крепостной оборонительной стены. В 1958 году подводно-археологическая экспедиция под руководством профессора В. Д. Блаватского решила установить границы затопленной части Фанагории.
«Исследование морского дна представляло известный интерес еще и потому, что море, затопив часть древнего города, отчасти спасло его от разрушения местными жителями, которые, не имея поблизости строительного камня, разбирали остатки древних построек. В результате от обширных развалин Фанагории, упоминавшихся еще путешественниками XVIII в., сейчас ничего не осталось, – пишут В. Д. Блаватский и Г. А. Кошеленко в книге „Открытие затонувшего мира“. – Даже море не всегда препятствовало жителям в их разрушительной деятельности. Так, уходивший в море остаток восточной оборонительной стены Фанагории в 150 сажен длиной и 3 сажени шириной был в прошлом веке разобран для постройки церкви. Поэтому мы надеялись обнаружить неразрушенные древние памятники на больших глубинах, недоступных жителям.»
В 220–230 метрах от берега была обнаружена каменная гряда шириной 6—14 и длиной 60 метров, обращенная более плотной частью к морю. В восточной части городища находились остатки такой же каменной гряды, тянущейся с юго-востока на северо-запад. А в северо-западной части городища, примерно в четверти километра от берега, шла мощная каменная гряда длиной 50–60 метров, идущая почти параллельно берегу, а затем поворачивающая под тупым углом к нему. «Исследование этих каменных гряд, мест их расположения, рельефа дна и характера грунта позволили предположить, что гряды определяют границы Фанагории и являются остатками забутовки городских оборонительных стен, – пишут Блаватский и Кошеленко. – Действительно, в сторону моря от этих гряд не было найдено ни камней, ни керамики, в то время как с внутренней стороны гряд камней и керамики довольно много. Видимо, территория, на которой ничего не было найдено, находилась за пределами города.» Сохранившаяся территория Фанагории на суше занимает площадь в 35 гектаров. И не менее 17 гектаров «столицы Азиатского Боспора» находится под водой.
Таманский архипелаг
Очертания Таманского полуострова, его лиманов и кос, русел рек и берегов, меняются на наших глазах. В 20-х годах нашего века стала островом коса Тузла. Еще в прошлом веке река Кубань впадала не в Азовское, а в Черное море. А несколько тысяч лет назад сам Таманский полуостров представлял собой архипелаг островов. Островами были части Таманского полуострова и в ту пору, когда на берегах Боспора Киммерийского появились первые переселены – эллины.
На одном из островов находилась Фанагория (ныне это часть Таманского полуострова, ограниченная с запада Таманским заливом, с юга высохшими руслами реки Кубань, а с востока – Ахтанизовским лиманом). Помимо «столицы Азиатского Боспора» на этом острове был еще один город, носивший название Кепы. И, подобно Фанагории, часть его ныне находится под водой. До нас дошли лишь руины в «верхней» части города, расположенной на холме. При раскопках этой части города была найдена мраморная статуэтка эпохи эллинизма – знаменитая Афродита Таманская.