В Оренбурге красные организовали военно-революционный комитет, а противники Дутова, которого они называли «неумелым и недальновидным капитаном»623, из казаков (А. Бочкарев, Т.И. Седельников, М.П. Копытин, А.И. Завалишин, А.С. Беленинов, И.Ф. Ильиных, Н.Ф. Турчанинов, Панов и другие – в основном сотрудники «Оренбургского казачьего вестника») образовали уже 19 января Временный совет Оренбургского казачьего войска. Седельников первоначально выступал с антибольшевистскими лозунгами, призывал защищать идею войскового самоуправления. С горечью писал он на страницах «Оренбургского казачьего вестника», не сразу прикрытого большевиками, о поражении по причине несознательности казаков и несамостоятельности их в общественно-политических вопросах при старом режиме624.
Тем временем в городе начались обыски, грабежи, изъятия церковных и иных ценностей, аресты и расстрелы. Три дня красные грабили станицу Оренбургскую. В монастырской церкви Оренбурга 7 красногвардейцев сбрасывали иконы, но были схвачены и арестованы возмущенными местными жителями625. Новой властью был арестован оренбургский городской голова В.Ф. Барановский, начальник Оренбургской школы прапорщиков Игнатьев, задержан епископ Мефодий (М.Л. Герасимов), которого красные подозревали в сочувствии Дутову. Епископа отвели на вокзал и допрашивали в вагоне, обвиняя в отпевании дутовцев. Мефодий заявил, что отпевал жертв Гражданской войны вообще и выступает против братоубийства. Доводы подействовали, и он оказался на свободе626.
Первое время важную роль в Оренбурге играл мусульманский военный комитет, однако в ближайшие дни красные взяли управление городом под свой контроль в полном объеме, разоружив 26 января мусульманскую дружину627. Много арестов было произведено по доносам, тюрьма оказалась переполненной. Имели место и бессудные расправы. Уже 24 января 1918 г. матросы расстреляли юнкера А. Бабичева, который укрывался в монастыре у станции Платовка и, по их мнению, выпустил сигнальную ракету628. В тот же день на разъезде № 18 был расстрелян возвращавшийся с фронта к семье бывший командир 2-го Оренбургского казачьего полка генерал-майор П.В. Хлебников, ранее задержанный на станции Платовка и доставленный для краткого допроса в Оренбург629. В своей квартире был убит 67-летний генерал-лейтенант Шейх-Иль-Ислам Абдул Вагапович Кочуров и с ним бывший командир 12-го Оренбургского казачьего полка полковник М.Ф. Доможиров. С бывшего атамана 2-го военного отдела Оренбургского казачьего войска генерал-лейтенанта Н.А. Наследова на улице сорвали погоны и избили. Лишь чудом 63-летнему генералу удалось добраться домой живым. На глазах собственных малолетних детей был убит есаул Г.М. Нагаев630. Расстреляны есаулы С.С. Полозов и А. Кручинин.
Новая волна насилия против офицеров и казаков последовала после набега белых на Оренбург 4 апреля 1918 г. 7 апреля 1918 г. были расстреляны шесть штаб-офицеров 2-й Оренбургской гимназии военного ведомства, в том числе ее директор генерал-майор А.К. Ахматов631. Расстреляны отставной генерал-майор Ф.С. Воробьев, старик войсковой старшина Никитин632, полковник в отставке А.Н. Полозов (позднее сообщено, что расстрелян «по недоразумению»)633, разжалованный еще в период первой русской революции сотник Н.В. Стрелковский.
Разумеется, это лишь отдельные сведения. Неподалеку от Оренбурга в станице Сакмарской в мае 1918 г. было арестовано и расстреляно 14 человек, в том числе несколько казачьих офицеров634. Всего, по данным оренбургских эсеров, на городском кладбище Оренбурга за несколько недель владычества большевиков было захоронено около 400 трупов635. Около 100 офицеров в Оренбурге при большевиках находилось в заложниках, причем населению было объявлено, что за каждого убитого советского работника или красногвардейца будет расстреляно 10 заложников636.
Ленин, очевидно, считал контрреволюцию на Южном Урале ликвидированной окончательно, однако Дутов схвачен не был, что имело для большевиков весьма печальные последствия – борьбу с ним пришлось начинать сначала. Заявить об окончательном разгроме Дутова большевики поспешили и в своей печатной пропаганде637. Тем не менее до настоящей победы над восставшим атаманом было еще далеко.