Едва начав учиться в академии, он в ноябре 1904 г. возвращается в свой саперный батальон и в декабре едет в командировку в город Умань за лошадьми по конской повинности. Во время командировки он получает назначение на должность начальника кабельного отделения, в каковой находится до 11 сентября 1905 г. Единственным объяснением этих событий в жизни Дутова является то, что велась подготовка к отправке батальона на Дальний Восток, где уже почти год шла неудачная для России война с Японией. По имеющимся сведениям, будущий казачий вождь пошел на войну добровольцем. Его саперный батальон в составе 2-й Маньчжурской армии принял участие в Русско-японской войне на ее заключительном этапе. Поручик Дутов находился в Маньчжурии с 11 марта по 1 октября 1905 г., причем за «отлично-усердную службу и особые труды» во время боевых действий в январе 1906 г. приказом по армии был награжден орденом Св. Станислава 3-й степени, награждение было утверждено императором лишь через год, в январе 1907 г.195 Необходимо отметить, что пожалованный Дутову орден не имел мечей, то есть награждение состоялось не за отличие на поле боя. Скорее всего, Дутов отличился при строительстве укреплений или по хозяйственной части. К тому же его пребывание на театре военных действий пришлось на период после мукденских боев, когда крупномасштабные боевые действия на сухопутном театре уже практически не велись. Кроме того, он получил темно-бронзовую медаль в память Русско-японской войны. Такие медали выдавались лицам, не принимавшим участия в боях, но состоявшим на службе в действовавших армиях196. Портрет Дутова в 1909 г. был напечатан в фотоальбоме «Участники русско-японской войны»197, куда, разумеется, попадали фотографии далеко не всех офицеров и нижних чинов. После войны Дутов возобновил учебу в академии. В период обучения Дутова во главе академии стояли Н.П. Михневич (1904–1907) и Д.Г. Щербачев (1907–1913).
Корпус офицеров Генерального штаба как особая замкнутая корпорация внутри русского офицерского корпуса окончательно оформился в 90-х гг. XIX в.198 К началу ХХ в. престиж офицера Генерального штаба значительно возрос. Офицеры Генштаба, представляя элиту русской армии, были кандидатами на высшие командные и штабные должности. Поэтому строевые офицеры к генштабистам относились плохо и, завидуя их быстрому карьерному росту, придумали для них презрительную кличку – «момент»199. Генштабисты платили строевикам той же монетой и сами свысока смотрели на тех, кто не учился в Николаевской академии Генерального штаба, считая их неудачниками и людьми, несведущими в военной науке.
Взаимоотношения между самими офицерами Генштаба – сюжет для отдельного исследования. Здесь были свои противоречия, обусловленные различиями в происхождении офицеров, их принадлежностью к гвардейским или армейским частям. Вместе с тем в академические годы однокурсники образовывали своеобразные землячества и группировались по военным округам200. Многие офицеры после окончания академии поддерживали дружеские взаимоотношения и следили за продвижением своих бывших однокашников по службе. Более того, бывшим слушателям академии по характеру своей работы в военных округах приходилось находиться в постоянном контакте друг с другом, вращаться как бы в своем закрытом для посторонних сообществе. Порой именно конфликты внутри этого сообщества или же служебные неудачи становились основной причиной перехода генштабистов на службу советской власти после 1917 г. Примерно в одно время с Дутовым в академии учились и, весьма вероятно, уже в академические годы были знакомы его будущие соратники по борьбе в годы Гражданской войны М.Г. Серов, И.М. Зайцев, Н.Т. Сукин и С.А. Щепихин.
Годы учебы были серьезным испытанием для слушателей академии, учебный курс которой был достаточно труден, а программа, по мнению многих выпускников, перегружена201. В чем-то такой подход являлся оправданным, ведь от полученных слушателями навыков зависели жизни людей и исход боевых действий. Основной курс обучения в академии был разделен на два годичных класса (младший и старший) и состоял как из теоретических, так и из практических занятий. Главными предметами являлись тактика, стратегия, военная администрация, военная история, военная статистика, геодезия, вспомогательными – русский язык, сведения по части артиллерийской и инженерной, политическая история, международное право, иностранные языки. Что касается иностранных языков, то изучение как минимум одного из них являлось обязательным, два других языка можно было изучать по желанию. Между слушателями академии существовала острая конкуренция, связанная с рейтинговой системой оценок при выпуске.