29 мая Дутов выехал в Екатеринбург и далее в Пермь, чтобы выяснить обстановку накануне визита в город самого Колчака для урегулирования серьезного конфликта с командующим Сибирской армией генерал-лейтенантом Р. Гайдой2006. Накануне своего визита в Пермь Колчак рассматривал самые разные варианты решения этого конфликта, вплоть до силового, для чего взял в поездку свой конвой и приказал привести в состояние повышенной боеготовности находившийся в Екатеринбурге батальон охраны Ставки. Судя по всему, для мирного решения вопроса и сохранения престижа верховной власти Колчаку и потребовалось содействие Дутова в переговорах с Гайдой. Колчак посетил Пермь в ночь на 1 июня, видимо, на следующий день после приезда Дутова. Оренбургский атаман принял участие в переговорах с Гайдой, даже просил Колчака за мятежного генерала, чем способствовал компромиссному выходу из сложившейся ситуации2007. По неясным пока причинам Дутов поддерживал Гайду во многих вопросах и позднее2008.
2 июня Колчак, Дутов, Гайда и В.Н. Пепеляев выехали из Перми в Екатеринбург, где к ним присоединился Генерального штаба генерал-лейтенант М.К. Дитерихс, а уже 4 июня Колчак, Гайда, Дитерихс и Дутов вернулись в Омск2009. Тогда же в Омск прибыл и бывший командующий войсками Приамурского военного округа генерал-майор П.П. Иванов-Ринов. 6 июня Дутов на казачьем совещании доложил о положении на фронте2010.
Об их приезде помощник начальника штаба Верховного главнокомандующего Генерального штаба генерал-лейтенант барон А.П. Будберг писал: «…надо весьма опасаться, что эта политиканствующая троица (т. е. Гайда, Иванов-Ринов и Дутов. –
Не исключено, что Колчак внял советам и по этой причине отправил Дутова в командировку на Дальний Восток, о которой пойдет речь ниже. С 8 июня 1919 г. секретарем Дутова стал барон Андрей Андреевич Будберг2014. В июне в Омске при участии Дутова проходил Чрезвычайный съезд представителей казачьих войск. Оренбургское казачье войско на съезде представляли также генерал-майор Н.С. Анисимов и полковник М.П. Шмотин2015. 26 июня Верховный Правитель адмирал А.В. Колчак выразил желание сформировать Сводно-казачий полк и иметь его в своем личном подчинении, а кроме того, позволил Дутову также сформировать при себе казачий полк (1-я и 2-я сотни – оренбургские, 3-я – уральская, 4-я – сибирская, 5-я – забайкальская, 6-я – сводная (семиреки, астраханцы, амурцы, уссурийцы, енисейцы и иркутяне)2016.