Религия все же продолжала играть определенную роль и в среде рядового казачества. В частности, казаки 9-го Оренбургского казачьего полка спасли от красных крест и Евангелие полковой церкви1681. А штаб Оренбургского военного округа был вынужден издать в сентябре 1918 г. даже специальное распоряжение об обстреле при необходимости любых укрепленных узлов, не исключая и колоколен1682. По всей видимости, казаки-артиллеристы считали стрельбу по церковным зданиям богохульством и не решались стрелять. Осенью 1918 г. многие станицы выступили в защиту православной церкви и за сохранение преподавания Закона Божия в школах1683. При этом Гражданская война и экономический кризис вносили свои коррективы и в дела церкви. В Юго-Западной армии не было полковых священников (такая же ситуация была в оренбургских казачьих полках в годы Первой мировой войны), поскольку их установление потребовало бы расхода в 2 миллиона руб., на что у Дутова не было денег1684.
В отношении церкви, как и в других вопросах, Дутов отстаивал как можно более широкие полномочия Оренбурга. В частности, Оренбург в 1918 г. выступил против выделения Челябинского и Кустанайского викариатств в отдельную от Оренбургской епархию1685. Во главе последней с 1914 г. находился епископ (с 12 апреля 1918 г. – архиепископ) Мефодий (М.Л. Герасимов), всецело поддерживавший Дутова.
В августе 1918 г. был опубликован приказ управляющего военным ведомством Комуча о воспрещении печати сообщений, содержащих «возбуждение или призыв к активным действиям на почве национальной розни»1686. Оренбургский атаман и сам понимал это и пытался не допустить разжигания национальной розни и притеснения представителей каких бы то ни было национальностей на подведомственной ему территории. Более того, он активно привлекал к участию в антибольшевистском движении мусульманское население [киргизов (казахов), башкир, татар], выпускал обращения к мусульманам с призывом поддержать белых. «Киргизы и башкиры, – отмечал он в апреле 1919 г., – это элемент, безусловно, государственно настроенный»1687. Как уже говорилось, оренбургский атаман содействовал формированию и вооружению башкирских и киргизских частей, снабжал башкир оружием и деньгами1688. Кстати, личный состав 1-го Башкирского полка в качестве отличительного знака имел на левом рукаве мусульманскую эмблему – синий щиток с белым полумесяцем1689.
Впрочем, офицеры этих частей были в основном русскими (более жестко придерживаться этого принципа Дутов стал, по всей видимости, после измены Валидова). Боевые качества национальных частей оценивались современниками достаточно высоко. Показателем доверия Дутова было наличие у него личного киргизского конвоя, носившего особую форму – черкески, красные бешметы и меховые шапки с красным верхом1690. Специальным приказом оренбургский атаман, угрожая военно-полевым судом, требовал от казаков прекращения реквизиций скота и инвентаря у киргизов и гражданского населения вообще1691. Понимая важность религии в жизни населения, Дутов в своих приказах не забывал поздравить как православных, так и мусульман с их религиозными праздниками. Во время мусульманских праздников предписывалось освобождать солдат и казаков-мусульман от служебных обязанностей и улучшать им пищу1692.
Дутов не препятствовал работе на подконтрольной ему территории башкирского и киргизского правительств1693, был открыт для сотрудничества во имя победы над большевизмом с любыми силами безотносительно национальности и вероисповедания. В 1917–1918 гг. он поддерживал автономию Башкурдистана. 15 ноября 1917 г. атаман сообщил башкирским лидерам А.-З. Валидову и Ш. Манатову: «Мы, казачие, так же будем управлять сами собой; конечно, и вы имеете полное право на такое управление»1694. В тот же день Центральным Башкирским шуро (советом) была провозглашена автономия Башкурдистана. В начале декабря 1917 г. в Оренбурге прошел Общекиргизский съезд. Тургайский уполномоченный С.К. Кадирбаев телеграфировал в адрес Войскового Круга в сентябре 1918 г.: «Шлю горячий привет дорогим соседям-казакам, от души желаю успеха во всех делах. Смею уверить, что киргизское население, помогавшее до сих пор материально, в скором времени активно выступит заодно с казачеством против бандитов-большевиков и их повелителей – немцев»1695. Таким образом, руководители башкир и киргизов долгое время работали рука об руку с Дутовым.