Однако отдельные порывы не переломили общей ситуации. В связи с резким ухудшением обстановки на фронте штаб Отдельной Оренбургской армии забил тревогу. 19 января Дутов издает новый оперативный приказ о прикрытии подступов к Орской железной дороге и Оренбургу и удержании участка Ташкентской железной дороги между Оренбургом и Актюбинском для недопущения соединения большевистского центра с Туркестаном. Для решения этих задач командующий армией приказывал упорно обороняться на Северном и Бузулукском участках1454.
В этот же день в 22 часа 30 минут полковник А.С. Бакич получил по телеграфу приказ Дутова держаться во что бы то ни стало. В 23 часа командир IV Оренбургского армейского корпуса получил срочную телеграмму начальника штаба Отдельной Оренбургской армии Генерального штаба генерал-майора А.Н. Вагина: «…Командарм приказал… все силы использовать для занятия указанного… положения, не останавливаясь ни перед какими препятствиями, ибо Оренбург должен обороняться в целях обеспечения его эвакуации…»1455 Армейское командование до последнего верило в возможность удержания казачьей столицы, так и не сумев заблаговременно завершить эвакуацию города. Командир IV корпуса Генерального штаба генерал-майор В.Н. Шишкин телеграфировал в штаб армии, что в связи с изменой Рогожкина и успехами красных казаки волнуются и «положение становится крайне серьезным. На Северном фронте по сводке все отступают, суживая выход на Орское направление, отход вверенного мне отряда при данной обстановке считаю единственным выходом»1456. На следующий день в очередной директиве штаб армии рекомендовал «начальникам боевых участков и боевых корпусов самыми решительными и беспощадными мерами поддерживать дисциплину в войсках»1457. Тем не менее факты массового дезертирства казаков (почти исключительно из состава 24-го и 25-го Оренбургских казачьих полков), а также военнопленных и обозных имели место и в дальнейшем1458. Особенно негативно на настроениях казаков сказалась сдача войсковой столицы – Оренбурга.
21 января город был оставлен Отдельной Оренбургской армией, к вечеру того же дня он был охвачен полукольцом красных, а уже на следующий день около 11 часов утра занят наступавшими с запада частями 2-й бригады 24-й Симбирской Железной стрелковой дивизии и прорвавшейся с юга конницей Туркестанской армии (28-й Уральский полк1459), причем есть сведения, правда не находящие подтверждения в других документах, что прорыв группы красных из Туркестана был осуществлен на несколько часов раньше1460. Кроме того, есть данные о том, что в Оренбурге по соединении двух групп красных командующий 1-й армией Г.Д. Гай арестовал командующего войсками Туркестанской республики Г.В. Зиновьева1461. Впрочем, эти сведения из воспоминаний нуждаются в перепроверке.
В ходе Оренбургской операции с 8 по 22 января 1919 г. войска 1-й армии красных захватили 662 пленных, 201 перебежчика, 134 лошади, 4 пулемета, 4 орудия, 806 снарядов, 28 ящиков с патронами, 25 телефонных аппаратов и другие трофеи1462. Количество захваченного имущества не впечатляет. По всей видимости, в данной статистике не учтены трофеи, взятые в самом Оренбурге. В самом городе красным досталось по крайней мере 18 исправных паровозов и около 2000 вагонов. По занятии Оренбурга в городе по распоряжению члена РВС Восточного фронта П.А. Кобозева, уже имевшего большой опыт борьбы с Дутовым, была осуществлена регистрация всех офицеров и казаков1463.
С потерей Оренбурга, по мнению атамана Дутова, «армия потеряла сердце»1464. Тем не менее удалось сохранить артиллерию, обозы, имущество и большинство частей. Белые отходили с упорными боями. Вскоре после оставления Оренбурга Войсковое правительство и атаман перебрались сначала в Орск, а затем в Троицк. Основной задачей армии Дутова было не позволить красным наладить регулярную железнодорожную связь с Туркестаном, поэтому войска должны были бороться буквально за каждый клочок железнодорожного полотна на все еще остававшемся под контролем казаков участке между Илецкой Защитой и Актюбинском (от станции Ак-Булак до последней перед Актюбинском станции Курайли1465). Стоит подчеркнуть, что недопущение соединения Туркестана с Советской Россией было одной из главнейших стратегических задач армии Дутова и к чести Юго-Западной, Отдельной Оренбургской и Южной армий, которых отдельные современные исследователи считают чуть ли не никчемными объединениями, эта задача успешно решалась вплоть до окончания боевых действий на Южном Урале осенью 1919 г.