За контроль над башкирскими формированиями на востоке России развернулась негласная борьба. Формально башкиры подчинялись Народной армии Комуча, однако подчинить их себе стремилось еще и Временное Сибирское правительство (по всей видимости, это была инициатива управляющего Военным министерством Временного Сибирского правительства генерал-майора А.Н. Гришина-Алмазова)925. Последнее летом 1918 г. отказало башкирам в финансовой поддержке, тем самым вынудив их распустить часть добровольцев по домам926. Дутов, судя по всему, также претендовал на управление башкирскими войсками, хотя бы в рамках Оренбургского военного округа, на территории которого в основном формировались и дислоцировались эти части. Не случайно он инспектировал эти формирования, стремился создать видимость активного участия в башкирском военном строительстве. 10 августа в Оренбург из Челябинска переехал Башкирский военный совет927, оттуда же в Оренбург были передислоцированы 1-й и 5-й Башкирские пехотные полки. 11 августа Дутов посетил батальон 1-го Башкирского полка, расположенный в лагере 2-го Оренбургского кадетского корпуса на Маячной горе928. При этом сами башкирские лидеры стремились к полной самостоятельности в отношении собственных вооруженных формирований929, причем в результате их активности создавалась значительная путаница в деле мобилизации у правительств, власть которых распространялась на заселенную башкирами территорию930. На практике башкирские войска подчинялись всем трем правительствам (самарскому, омскому и оренбургскому), а также и своему собственному руководству, что не могло не вызывать противоречий. Осенью 1918 г. были случаи неподчинения в 1-м и 2-м Башкирских стрелковых полках даже собственному башкирскому командованию, причем после беспорядков в 1-м полку во дворе Караван-сарая в Оренбурге зачинщики были расстреляны931.
В середине октября 1918 г., вскоре после образования Временного Всероссийского правительства, башкирские части были подчинены в военном отношении Дутову, а дальнейшая мобилизация башкир и формирование 2-й Башкирской стрелковой дивизии в связи с финансовыми затруднениями прекращены932. По заявлению Валидова, Дутов «великодушно объявил, что «он выхлопотал Башкирскую дивизию, но с полным подчинением ему»933. Башкирская стрелковая дивизия получила 9-й номер (37, 38, 39, 40-й Башкирские стрелковые полки, 4-я Башкирская батарея) и вошла наряду с другими неказачьими соединениями в состав Оренбургского армейского корпуса934. Общая численность дивизии на 28 декабря 1918 г. составляла 2278 штыков и сабель, 47 пулеметов, 2 трехдюймовых орудия935. Впрочем, в январе 1919 г. башкиры, очевидно, в пику белому командованию приступили к восстановлению Башкирского корпуса936 и, по всей видимости, восстановили прежнюю нумерацию, поскольку в документах встречается и та и другая937.
Башкирские части принимали активное участие в операциях на Южном Урале, в частности во взятии Орска. Практически полное отсутствие у казаков пехоты обусловливало особую ценность башкирских частей, которые являлись в основном пехотными.
Один из современников, Н. Стариков, описал то впечатление, которое произвели на него башкиры во время пребывания в Оренбурге во второй половине октября 1918 г.: