Группа находилась в подчинении воздушного командования специальных операций во главе с Вольфрамом фон Рихтгофеном. Bf. 109D-1 из этой группы должны были прикрывать Ju 87B из I и II/St.G.77 и Hs 123A из II(Shl.)/LG 2, но, так как противодействие со стороны польских истребителей было слабым, истребители использовались для штурмовок наземных целей. С завершением польской компании Bf.109D-1 были сменены на Bf 110. При этом было восстановлено название группы I/ZG 2. ZG 26 «Хорст Вессель» (бывшая 142-я эскадра тяжелых истребителей) с тремя группами в Дортмунде, Верле и Липпштадте почти полностью была вооружена Bf.109. Истребители Bf.109D-1 были в одной из эскадрилий 1-ой группы (остальные были вооружены Bf.109B и Bf.109C, как и вся 3-я группа) и во всех трех эскадрильях 2-й группы. Но в польской компании эта эскадра практически не участвовала, а до конца года была перевооружена на Bf 11 °C-1.
В течение первых недель боев была срочно сформирована 2-я группа 52-й истребительной эскадры, получившая Bf.109D-1 из I/ZG 1 вскоре после перевооружения на Bf.109E. Несмотря на снятие истребителей серии D с вооружения истребительных эскадр и эскадр «охотников», боевая карьера самолета на этом не закончилась.
Летом 1939 была сформирована эскадрилья ночных истребителей 10.(Nacht)/JG 26, предназначенная для выработки тактики ночного перехвата. Первоначально это подразделение было вооружено Аг 68 и Bf.109B, а позже получило Bf.109C. К концу августа 1939 г была сформирована вторая такая эскадрилья 10.(Nacht)/JG 2, получившая Bf.109C. В ноябре 1939 г 10.(Nacht)/JG 26 была перебазирована в Йегер, в Восточном Фризланде. Там она вошла в состав истребительной авиации области Гелиголанд Бигхт под командованием Карла Шумахера. В состав этих сил входили Bf.109E из II/JG 77, Вf.109С из II/ JG 186 (которая действовала в составе 77-й эскадры в качестве третей группы), Вf.109В и Вf.109Е из II/ZG 1, Bf.11 °C из I/ZG 76 — все это, так называемая, эскадра «Шумахер». До конца года 10.(Nacht)/ JG 2 была дополнена II.(Nacht)/JG 2 с Bf. 109D-1. Эти две эскадрильи были сведены в IV/JG 2 и в феврале 1940 г были переведены в область Гелиголанд Бигхт. Там группа получила третью эскадрилью — 10.(Nacht)/JG 26 (к тому времени перевооруженную на Bf.109D-1). Bf.109D-1 использовались в ПВО северной Германии до середины 1940 г, после чего они окончательно были сняты с вооружения.