Всего до конца войны в Германии было сформировано 33 флотилии подводных лодок. Все они подчинялись командующему подводными силами, который, в свою очередь, подчинялся главнокомандующему ВМФ. В непосредственном подчинении у командующего подводными силами были оперативный штаб, заместитель командующих зональными и отдельными труппами подводных лодок. В целом было организовано 7 таких групп.
На заместителя командующего по подготовке замыкались командир группы переподготовки лодок и начальник учебного отряда. Надо сказать, что организация управления подводными силами осуществлялась по традиционной схеме с момента возрождения ВМФ, которые с момента спуска на воду первой подводной лодки (29 июня 1943 г.) «U-1» стали называться вместо «Рейхсмарине» «Боевым флотом» — «Кригсмарине», и особых изменений в ходе войны не претерпела.
Наращивалось количество подводных лодок, увеличивалось в связи с этим количество флотилий, несколько увеличивался штабной аппарат. Следует подчеркнуть, что организация подводных сил была весьма продумана, четкая и устойчивая. Количество высоких воинских званий, таких, например, как контр-адмирал, было минимально. Немного было званий и капитан Zur See (капитан 1-го ранга).
Штаб ВМФ назывался Oberkommando die Kriegsmarine (OKM). Вначале OKM находился под Берлином, а с 1943 г. был переведен в пригород Парижа, Шарлоттенберг. Разумеется, штаб имел в своем распоряжении мощный радиоцентр для связи с подводными лодками в океане. Начальником штаба был контр-адмирал Э. Годт, который после назначения Деница главкомом вместо Редера станет командующим подводными силами.
Правой рукой Деница был капитан-лейтенант Альберт Шнее, кавалер Рыцарского креста. В конце войны именно Альберт Шнее выводит новую подводную лодку «XXI» серии «U-2511» из Берна на боевое патрулирование. Это будет 30 апреля 1945 Г. 1 мая 1945 г. выведет на боевое патрулирование новую ПЛ этой серии «U-2512» кавалер Рыцарского креста Эрих Топп, тоже до этого служивший в штабе Деница.
К чести руководства «Крйгсмарине», никого из штабных работников к званию кавалеров Рыцарского креста оно не представило. Награды эти выдавались только «за мужество и отвагу» и т. д. в соответствии со статусом, и подводники получали их только за боевые действия в море.
По техническим вопросам помощником у Деница был профессионал высшего класса Тадсен. Именно он решил проблему увеличения дальности действия подводных лодок «VII» серии почти в 2 раза, увеличив запас топлива (с 67 до 108 тонн). Для этой цели он сконструировал систему палубных цистерн, увеличивающих запас.
Много ценных предложений в усовершенствование подводных сил внес тот же А. Шнее. Например, он был автором оригинальной идеи по размещению торпедных аппаратов не в первом отсеке параллельно диаметральной плоскости ПЛ, как это традиционно было во всех подводных флотах мира, а посередине корпуса, развернутыми в нос и корму под углом к ДП.
Идея эта была реализована на ПЛ «XXVI» серии, но широкого распространения не получила. Надо отметить, что Шнее на 30 с лишним лет опередил американцев, которые реализовали эту идею на подводных лодках 3-го поколения в 70-х годах прошлого века. На их лодках торпедные аппараты располагаются под углом 45° к диаметральной плоскости и находятся во втором отсеке. У нас эта идея реализована на подводной лодке «IV» поколения типа «Северодвинск». Шнее пришел к этой идее, когда на вооружении их лодок появились самонаводящиеся торпеды.
Американских и наших конструкторов вынудила устанавливать торпеды таким образом необходимость заполнения носовой части лодки громадной сферической антенной гидроакустического комплекса.
Подбирая в свой штаб людей, Дениц обращал внимание, прежде прочего, на умение работника мыслить творчески, проявлять инициативу. В первую очередь он отдавал предпочтение офицерам с недюжинным умом и увлеченностью каким-нибудь направлением развития «Кригсмарине». Разумеется, верность идеям фюрера играла не второстепенную роль (однако не главную). По мнению многих командиров лодок, самым «рьяным» нацистом был прославленный В. Лют. Однако Дениц решил, что Лют больше подходит на роль руководителя Центра подготовки подводников, и в свой штаб его не пригласил. В то же время О. Кречмеру, не являющемуся членом нацистской партии, он неоднократно предлагал службу в штабе.
Надо сказать, что особых трудностей у Деница с подбором немногочисленных работников штаба не было, т. к. он хорошо знал командиров лодок: со многими из них он ходил в море (особенно в период формирования первых флотилий), обучая их оперативно-тактическому мастерству.