Внезапно против осуществления эсэсовской поселенческой политики и уполномоченного руководителя Земельного управления выступил Дарре. Он как имперский министр продовольствия был возмущен, что к работе новой структуры не были привлечены его сотрудники. То, что на первый взгляд казалось банальной "борьбой компетенций" (именно так в исторической литературе называются дрязги нацистских бонз), на самом деле было следствием принципиальных разногласий по вопросу немецкой аграрной политики, которую предполагалось осуществлять в Богемии и Моравии. Представители СС (шеф СД Гейдрих, новый шеф РуСХА Хоффман, руководство Земельного управления, а также Карл Герман Франк) поначалу вели речь об "этнополитической реорганизации" Богемии и Моравии, которая должна была выражаться в "возвращении похищенной немецкой земли". Они отрицали необходимость сугубо политического вмешательства в вопросы продовольственной политики. Напротив, аграрные эксперты, сплотившиеся вокруг Дарре, в деле сельскохозяйственной политики делали акцент на политическое давление. Они хотели сразу же начать формирование "новых крестьянских дворов". Даже в этом начинании можно было заметить серьезные различия во взглядах этих нацистских деятелей, Дарре считал необходимым создавать мелкие крестьянские хозяйства, которые больше напоминали наделы первых колонизаторов Америки. Во всех идеях имперского руководителя крестьян сквозил нескрываемый "аграрный романтизм", который был страшно далек от реалий жизни. Шеф РуСХА, наоборот, вынашивал планы по созданию средних и крупных крестьянских дворов, на базе которых должны были со временем возникнуть так называемые эсэсовские поселения "боевого крестьянства". В данном случае можно было бы говорить о более реальной и практичной затее, которая указывала на особую "цивилизаторскую миссию СС". Панке намеревался всячески поощрять связи "новых поселенцев" со "старой империей". Это выражалось не только на культурном, но и на экономическом уровне: создание общей инфраструктуры, где важным звеном были рынки сбыта сельхозпродукции. Эти противоречия имели давние корни, с тех времен, когда Дарре еще возглавлял РуСХА. Но неуступчивый Дарре не собирался отказываться от своей затеи. Ради ее реализации он пошел на конфликт с руководством СС. Его не устраивало, что аграрная политика находилась исключительно в компетенции СС. Дело дошло до того, что 22 мая 1939 года группенфюрep Панке сообщил рейхсфюреру СС о невозможности какого-либо продуктивного сотрудничества с представителями министерства продовольствия, так как Дарре не намеревался делать даже минимальные уступки.
Основы эсэсовской поселенческой политики в протекторатах Богемия и Моравия, по сути, закладывались в первые месяцы существования Земельного управления его первым руководителем, обер-фюрером СС Куртом фон Готгбергом. Во время своего краткого пребывания на этом посту (май — декабрь 1939 года) он самым скрупулезным образом проводил экспроприации земельных участков. Конфискованные земли, оказавшиеся в распоряжении СС, впоследствии передавались поселенческим обществам, которые распределяли их между немецкими поселенцами и "фольксдойче". Так была заложена основа для земельного грабежа в Чехии. В декабре 1939 года пост начальника Земельного управления занял Теодор Гросс, который был официально утвержден на этот пост лишь во второй половине 1940 года.