По решению собора мирянам запрещалось играть на музыкальных инструментах, брить бороды, играть в шахматы, читать книги недостаточно благочестивого содержания, устраивать и смотреть представления скоморохов. Запрещалось общаться с иностранцами, которые считались еретиками и безбожниками.
Московская патриархия была основана после Ивана Грозного, который не торопился создавать конкуренцию своей собственной власти. Патриархию создал царь Федор, царица Ирина и ее брат Борис Годунов. Вопрос решался без участия духовенства.
В 1613 году на царский престол был избран земским собором Михаил Романов. Его отец Филарет был патриархом. Филарет правил за сына, и это создало прецедент для последующих патриархов. Царь Алексей Михайлович вынужден был поставить все на свои места — светская власть возобладала. Алексею Михайловичу пришлось бороться с патриархом Никоном.
Никон представлял собой образец того высшего духовного лица, который за счет веры на короткое время нажил себе беспредельное состояние. Это был богатейший в стране после царя человек. Борьба царя с Никоном была продолжительной, но, в конце концов, он решением собора с участием православных патриархов или их представителей был лишен патриаршего сана и приговорен к ссылке в отдаленную пустынь.
При Никоне произошел раскол в русской православной церкви. Никон в первые годы своего патриаршества, когда его еще поддерживал царь, начал исправление богослужебных книг. Задача перед церковью стояла правильная — унифицировать религиозную жизнь по всей стране. Это предполагало одинаковый текст молитв, одни и те же формы магических обрядов, один и тот же чин богослужения.
Стоглавый собор ранее постановил совершать двуперстное крестное знамение, а не троеперстное. Установилось направление крестного хода посолонь (по ходу Солнца), а не противу Солнца. Кроме того, предписывалось совершать двоекратную аллилуйю, а не трехкратную. Никон же отменил эти решения и предписывал «два» заменить на «три». Но церковники отказывались исполнять указания Никона. Их стали называть старообрядцами. Никон их преследовал за непокорность. Сами изменения не стоили тех преследований, которым подвергались старообрядцы. В частной беседе с Иваном Нероновым Никон говорил о старых и новоисправленных богослужебных книгах: «И те, и другие добры; все равно, по коим хочешь, по тем и служишь». Но на деле огнем и мечом преследовал старообрядцев. Тех из них, что раскаивались, вновь воссоединяли с церковью и разрешали совершать обряды по-старому. Главное — показать власть, продемонстрировать, что ослушиваться духовных авторитетов нельзя.
Масштабы преследований были огромны. Против нововведений выступили не только многие представители городского духовенства, но и князья. Наиболее известен из них Аввакум. Старообрядцев ссылали по отдельным монастырям, урезывали языки и избивали кнутами. Это делали с верующими людьми, которые желали, как это и было предписано собором ранее, креститься двумя, а не тремя пальцами. Кровь и страдания лились по всей Руси. За что? За что по всей стране ловили людей, пытали, били, снимали головы, сжигали? Сам Аввакум, вместе с другими защитниками старой веры, был расстрижен и отправлен в Пустозерский острог. Здесь, в сырой яме, в холоде и голоде, он должен был находиться до смерти. У многих из сосланных вырвали языки. Аввакум вопрошал: «Огнем, да кнутом, да виселецею хотят веру утвердить! Какие апостолы научили так? Не знаю. Мой Христос не приказал нашим апостолам так учить». В 1682 году Аввакум был сожжен живьем в Пустозерске. Опорой старообрядцев стал Соловецкий монастырь, где отказались руководствоваться новыми богослужебными книгами. Для подавления бунта были посланы войска, которые держали монастырь в осаде в продолжение восьми лет.
Затем последовал шквал самосожжений старообрядцев, начавшийся в 1675 году. Добровольно в огне погибло не менее двадцати тысяч человек. Эти самосожжения продолжались в течение всего XVIII столетия. Прекратились они только при Екатерине II.
Петр I относился к духовенству очень реалистически, без трепета и коленопреклонения. Но на веру он руку поднимать не разрешал. Известен такой факт. Когда В.И. Татищев иронически отзывался о некоторых книгах Библии, Петр вызвал его к себе и задал ему трепку своей знаменитой дубинкой. При этом Петр приговаривал: «Как же ты осмеливаешься ослаблять такую струну, которая составляет гармонию всего тона?.. Я тебя научу, как должно почитать священное и не разрывать цепи, все в устройстве содержащей…. не на тот конец старался я тебя выучить, чтобы ты был врагом общества и церкви».