После этого всего лишь один раз Дворжак взял в руки дирижерскую палочку. То был торжественный концерт 29 мая 1900 года в честь семидесятилетнего юбилея Йозефа Траги, сумевшего в свое время уговорить Дворжака принять профессуру в Пражской консерватории и добившийся наконец слияния ее с Органной школой. К этому дню Дворжак сочинил на слова Врхлицкого кантату «Праздничная песнь», и разучив ее с хором и оркестром консерватории, исполнил в малом зале Рудольфинума. Это и было его самое последнее появление за дирижерским пультом.
Затем снова начался период напряженной композиторской деятельности Дворжака. Как из рога изобилия сыпятся на лист бумаги ноты, страница за страницей заполняется карандашными набросками.
Живя в Высокой, Дворжак иной раз даже отказывался принять участие в игре в кегли, которой обычно отводилось послеобеденное время по воскресеньям и четвергам, и шел в лесную чащу к озеру, чтобы сосредоточиться. В его мозгу созревала новая опера. Это тоже была сказка. Но уже не веселая как «Черт и Кача», а грустная.
Ярослав Квапил, сочинивший либретто, рассказывал, что, поселившись летом у моря, он читал много сказок и легенд о жителях подводного царства, о русалках, которые влюблялись в людей и потом гибли сами или губили своих возлюбленных.
Под шум волн образы баллад Эрбена, этих самых прекрасных чешских баллад, и герои сказок Вожены Немцовой причудливо сплетались в его воображении с персонажами андерсеновских сказок, полюбившихся еще с детства. В результате родилось либретто, получившее название «Русалка».
Светлая ночь. Озеро, окруженное лесом. На старой иве, низко склонившей свои ветви к воде, в глубокой печали сидит Русалка. Она полюбила молодого Принца, который часто приходит сюда купаться. Когда появляется Водяной, которого выманивают из воды танцующие при лунном свете подруги Русалки и эльфы, Русалка рассказывает ему о своих чувствах и просит помочь ей стать простой женщиной, чтобы она могла всегда быть со своим милым, могла любить и быть любимой. Водяной направляет ее к Бабе-Яге. Ветхая колдунья согласна превратить ее в земную девушку, но ставит условие: она лишится дара речи на все время, пока будет среди людей. Если же возлюбленный ей изменит, то сам он погибнет, а она вновь станет русалкой. Водяной и подруги отговаривают Русалку от задуманного шага, но она согласна стать немой, лишь бы быть возле любимого. Баба-Яга уводит Русалку в свою хижину и превращает ее в красавицу девушку. Из леса доносятся звуки охотничьих рогов. Появляется Принц. Он спрашивает девушку: кто она? откуда? Но Русалка лишь молча подает ему руку. Очарованный юноша уводит с собой лесную красавицу.
Так в мир сказочный, подернутый дымкой грусти и причудливой фантастики, вторгается реальный мир.
Второе действие происходит в замке Принца, который празднует свою свадьбу с загадочной немой девушкой. Слуги весьма прозаически комментируют странное увлечение своего хозяина, видя, как он заглядывается на богатую молодую княжну, приехавшую на свадьбу. Русалка сбегает по лестнице в парк к дворцовому пруду, где временно поселился Водяной, чтобы поведать ему о своем горе. Оттуда они оба наблюдают любовную сцену между Принцем и княжной. Разгневанный Водяной предстает перед Принцем, пророчит ему гибель и, схватив в свои крепкие руки Русалку, исчезает с нею в воде.
Сбывается заклятие Бабы-Яги. Русалка снова принимает свой облик, но Золотые волосы ее потускнели, глаза потухли. Измученная и обессиленная, сидит она на ветке старой ивы. Баба-Яга советует ей убить своего неверного возлюбленного и кровью обидчика смыть нанесенное ей оскорбление. Тогда вернутся к ней краса и силы. Русалка с ужасом отвергает это предложение. Она по-прежнему любит Принца и ради его счастья готова все снести. На берегу появляются дворцовые слуги. Они просят помощи у Бабы-Яги, так как Принц, по-видимому, околдован. Водяной сердито прогоняет их. Сумерки спускаются над озером. Опечаленный исчезновением молчаливой красавицы, Принц приходит туда, где встретил ее в первый раз. Русалка спускается с ветвей радуясь встрече с любимым, но ее объятия дышат смертельным холодом. От прикосновения ее рук Принц погибает, а Русалка погружается в водяную пучину.
Совершая прогулки к лесному озеру, всматриваясь в его темные воды и думая при этом, конечно, над своей «Русалкой», Дворжак, бывало, до ужаса ясно представлял себе картины, которые должны были развернуться на сцене. Кругом шумел лес, порхали птицы, и совсем немного нужно было фантазии, чтобы где-то за деревом увидеть пляшущих эльфов, косматую голову Водяного, или скрюченную фигурку Бабы-Яги. В тысячах различных форм текла вокруг Дворжака удивительная, загадочная жизнь природы, и Дворжак чувствовал свою неразрывную связь с ней. Как в дни сочинения увертюр из цикла «Природа, Жизнь и Любовь» им владели восторг и упоение. Понятным становилось стремление далеких предков обожествлять природу, поклоняться ее загадочной мощи, воспевать ее.