Не всё, конечно, в течение двадцатилетнего периода шло гладко и спокойно. Посещали семью болезни. Болел не только сам Болотов, но и особенно часто его жена и дети. Не обходила стороной дом Андрея Тимофеевича и «гостья с косой». Еще в Дворянинове выхватила она у него двух сыновей: двухлетнего Дмитрия в 1768 г. и пятилетнего Степана в 1773 г. В Богородицке дважды -проливала семья слезы по безвременно ушедшим из жизни детям - Александре в 1778 г. и Варваре в 1782 г. Обе жили только по году.
Случались и другие несчастья, например пожары. Однажды дотла сгорел дом управителя со всем его имуществом. Особенно горевал тогда Андрей Тимофеевич об утраченной библиотеке, а также о сгоревших дневниках и журналах.
Однако было и много хорошего. В Богородицк приехал Андрей Тимофеевич уже с четырьмя детьми. В Дворянинове родились Елизавета (1767 г.), Павел (1771 г.) и Анастасия (1773 г.). В Киясовке к ним прибавилась Ольга (1775 г.), а в Богородицке - Екатерина (1778 г.). Болотов любил детей, они были ему в радость.
А сколько приятных минут доставляли ему удачные эксперименты, когда его любимцы - растения в полях, в лесах и садах по-своему отвечали на поставленные им вопросы.
Ответов с каждым годом становилось все больше, Андрея Тимофеевича уже не удовлетворяла публикация статей в «Трудах» Вольного экономического общества, он мог написать значительно больше.
Болотов задумал издавать собственный журнал. Поиски возможных путей привели его в типографию Московского университета, которую в семидесятых годах XVIII века арендовал книготорговец Ридигер. С этим предприимчивым немцем и договорился Андрей Тимофеевич об издании журнала, которому было дано название «Сельский житель». Правда, совместная работа с Ридигером продолжалась недолго, всего две книги журнала вышло в 1778-1779 гг. Но зато какие это были книги. Только в первой книге были напечатаны статьи, каждая из которых содержала сведения об уникальных открытиях в биологической науке. Таковы, например: «Об улучшении лугов», «О неспособности сладких яблонь принимать прививку», «О посеве яблочных почек».
В дальнейшем судьба свела Болотова с другим замечательным деятелем России XVIII века - Николаем Ивановичем Новиковым. Содружеству этих великих людей человечество обязано тем, что и в наше время, более двухсот лет спустя, можно пользоваться сорока томами болотовского «Экономического магазина» - этого кладезя сельскохозяйственной мудрости.
«Экономический магазин» печатался в течение 10 лет (1780-1789 гг.) и, по всей вероятности, издавался бы и далее, но журнальная полемика Новикова с Екатериной II после пугачевского восстания обернулась для того заточением в Петропавловскую крепость, а другого подобного издателя Болотову найти уже не удалось.
Через всю свою жизнь пронес Андрей Тимофеевич любовь к садам - и плодовым, и декоративным. Где бы он ни жил, всюду он оставлял после себя сады. В Дворянинове у него было несколько садов, приносивших большие доходы и отличавшихся необыкновенной красотой. Особенно великолепный парк создал Андрей Тимофеевич в Богородицке при дворце Екатерины II, построенном по проекту замечательного русского архитектора И. Е. Старова, для побочного сына императрицы - А. Г. Бобринского. Это был первый пейзажный парк в России, созданный русским человеком по собственному проекту, и в свое время его называли чудом садово-паркового искусства.
Основную планировку города Богородицка тоже закладывал Болотов. Когда было принято решение об отделении города от волости и застройке его, наместник Н. М. Кречетников поручил Андрею Тимофеевичу подготовить проект. Тот предложил план, согласно которому и был построен город.
В 1796 г. скончалась Екатерина И, Взошедший на престол Павел I сразу же объявил А.Г. Бобринского своим братом и наряду с другими почестями пожаловал ему Богородицкую волость с дворцом и парком. Болотов отказался от должности управителя и вернулся в Дворяниново.
Первые годы после возвращения в имение ученый посвятил главным образом приведению его в надлежащий порядок. Нельзя, конечно, сказать, что хозяйство в усадьбе было запущено. Живя в Богородицке, не забывал Андрей Тимофеевич наведываться в родные места, тем более, что имение находилось по пути из Богородицка в Москву, а управителю частенько приходилось ездить по служебным делам. Однако это все были кратковременные наезды, во время которых хозяин не только не успевал что-то сделать, но и не всегда замечал упущения. Теперь предстояло все исправить.
Правда, задача облегчалась тем, что сын Болотова Павел стал уже взрослым. Он рос все время под надзором Андрея Тимофеевича, который воспитал его трудолюбивым, скромным, тяготеющим к науке и искусству. В умении рисовать Павел, пожалуй, не только не уступал отцу, но и превосходил его. Недаром, иллюстрируя свои автобиографические записки, Болотов прибегал к помощи сына.