Тарковский снимал новый фильм, изменив акценты в образе центрального героя и усилив внимание к грани «возможного — невозможного в кадре». Воссоздание неощутимой опасности Зоны было близко к мистическому, паранормальному эксперименту на съемочной площадке.
Став художником фильма, он отказался от всех элементов фантастики — лимонного неба, мутантов, а лишившись помощника, сам выкладывал «мозаику» на дне ручья, «гримировал» деревья, старил стены в обиталище Сталкера. Каждая мелочь в кадре, как всегда, не могла уйти от внимания Тарковского. К счастью, нашелся замечательный человек из Казани — истинный, бескорыстный фанат Тарковского. Андрей звал его Рашид, Рашидик. Его и определил на должность помощника главного художника. Непьющий, постоянно что-то мастеривший для фильма Рашид оказался тем незаменимым умельцем, который выполнял всю работу с фактурами в кадре. Теперь, освободив режиссера, он усердно царапал или грязнил стены, изображая трещины, плесень, сажал или истреблял по воле Тарковского всякую растительность, могущую попасть в кадр. Работал он тихо, без суеты, не заикаясь о гонораре. С такими энтузиастами Тарковский и мечтал делать авторское кино.
Зона задышала своей потаенной дьявольской плотью. Мертвые пески вдруг сменялись водяными потоками, тускло извивались оборванные рельсы, о неком страшном событии молчал битый кирпич, полуразрушенные здания, искореженная арматура, развалины строений с зиявшими «глазницами» выбитых окон.
Зона пугает однообразием мертвенности, страшное испытание — «мясорубка» (всего лишь длинная металлическая труба, пройти сквозь которую можно только при огромном душевном усилии), заставляет верить в ее кровожадную сущность. Зона, как и загадочный Солярис, — субстанция мыслящая. Она безошибочно «тестирует» попавших сюда. Потому и «мясорубка», «просканировав» человека, мгновенно выносит приговор — казнить или миловать. Потому и ловушки Зоны, изученные Сталкером, до сих пор милостивы к нему, постоянному гостю неведомого.
Зона завораживает, держа в постоянном напряжении трех пришедших на ее территорию людей и зрителей фильма. Тарковский угадал механизм страха: это не кровавые бойни со штабелями натуралистически растерзанных трупов, а ожидание неведомого, когда и небольшой сдвиг в область необъяснимого пугает и настораживает. В мертвенной пустоте элемент обыденного — звонок старого телефона в давно заброшенных развалинах — казался более пугающим, чем комбинированные съемки каких-то невиданных ужасов. А появление веселого черного пса, приставшего к Сталкеру в пустынной Зоне, рождает тревожные мысли: почему черный, откуда попал сюда, да и кто или что он такое есть?
Притягивает тайной каждая мелочь на дне ручья — мусор, оставшийся после неведомой катастрофы. Но мусор ли? Или «мозаика», выложенная с загадочным умыслом? Хищно скользят черные водоросли, под ними, под слоем воды — разбитый кафель, пружины, мотки проволоки, шприцы. С бумажной иконки смотрит сквозь воду с играющими рыбками лик Спасителя. Тарковский сам выкладывал это «полотно» и почему-то небрежно сунул в хлам листок старого календаря. На нем стоит число — 29 января — последний день его жизни…
В фильме нет ни отступлений, ни ретроспекций, ни побочных сюжетных линий. Его время сжато напряженным ожиданием. Рискованная игра со смертью становится духовным странствием — путем трех людей к познанию себя, своей главной правды. Здесь много крупных планов — Солоницына (Писателя), Гринько (Ученого), Кайдановского (Сталкера), находящихся в напряженной связи с Зоной, друг с другом и каждого — с самим собой. Главные изменения в этом втором варианте фильма произошли со Сталкером — из авантюриста и циника он превратился в служителя идеи.
В лице и фигуре Сталкера запечатлелось крушение надежд и тщетность прежних попыток. Его мучит непонимание какого-то важного смысла, который он напряженно старается постичь, как и загадку Зоны. Сталкер одержим стремлением довести своих спутников до чудодейственной комнаты и предоставить им возможность исполнения желаний. Быть может, наконец-то он не ошибся и желания этих людей смогут изменить мир к лучшему? Но путь к Зоне раскрывает сущность Ученого и Писателя — мелкую, суетную. Надежда Сталкера медленно умирает. Он уже сомневается в самой идее улучшения мироздания волей человека, в возможности отыскать в самом лучшем из людей величие помыслов, соразмерное с замыслом Создателя.
Наконец они доходят до развалин и заветной Комнаты, похожей на развороченную взрывом и затопленную лабораторию. Настал момент загадывать сокровенное. Но Ученый начинает торопливо собирать бомбу, которую с риском для жизни, тайно пронес через Зону. Его цель — уничтожить Комнату, чтобы чье-то безумное желание не могло исполниться. Ради этого он стремился попасть сюда. Но, уничтожая возможную опасность, он уничтожит и надежду. Сталкер яростно защищает Комнату: «Я хочу, чтобы таким же, как я, несчастным людям оставался еще в жизни этот кусочек счастья — эта Комната…»