Ещё в 1145 году митрополит-грек Михаил навсегда покинул Киев и уехал в Константинополь, отказавшись возвращаться на Русь. По свидетельству поздней Никоновской летописи, причиной его отъезда стало «некое волнение», то есть княжеские распри, а уже пребывая в Константинополе, митрополит узнал о захвате киевского стола князем Изяславом Мстиславичем и пленении, а затем и насильственном пострижении князя Игоря Ольговича, «и того ради не приложи возвратитися на свой стол»{71}. Между тем перед отъездом Михаил оставил некое «рукописание», согласно которому без митрополита «не достоить» вести богослужение в кафедральном киевском Софийском соборе. Такое положение дел конечно же никак не могло устроить нового киевского князя Изяслава Мстиславича. Не рассчитывая на возвращение Михаила (который, возможно, в том же 1147 году и умер[29]) и не желая оставаться вовсе без богослужения в главном храме своего государства, киевский князь решил поставить на митрополичью кафедру русского иерарха и притом обойтись без всякого участия Константинопольского патриархата. Во многом этому способствовала неразбериха в самом Константинополе, где в течение почти всего 1147 года патриарший престол оставался пустым. Выбор князя пал на известного своей учёностью инока и схимника Зарубского монастыря Климента Смолятича, «книжника» и «философа», «якоже в Руской земли не бяшеть», как характеризует его киевский летописец. 27 июля 1147 года собор русских епископов поставил Климента в митрополиты. В отсутствие патриаршего благословения и вопреки «рукописанию» прежнего киевского митрополита поставление было совершено «главою святаго Климента» — то есть с использованием хранящейся в Киеве части мощей римского папы, принявшего мученическую смерть в Херсонесе, в Крыму, на рубеже I и II веков (его мощи были привезены в Киев ещё Крестителем Руси князем Владимиром Святославичем и стали главной святыней раннего русского христианства). Обращение к чудотворным мощам, по мысли участников собора, должно было компенсировать очевидное отступление от канонических правил и заменить патриаршию хиротонию — мысль, несомненно, смелая, но весьма спорная, особенно в глазах людей образованных и более или менее сведущих в догматических вопросах. Соответственно, решение собора поддержали далеко не все иерархи Русской церкви. Споры начались уже на самом соборе. Епископы Нифонт Новгородский и Мануил Смоленский (родом грек) решительно высказались против самой возможности избрания митрополита, а впоследствии посчитали это избрание незаконным и отказывались совершать с Климентом совместные богослужения и поминать его имя на литургии. В конце концов Нифонт был арестован и заточён в Киевском Печерском монастыре, а Мануилу приходилось «бегать перед Климом». Естественно, не признали Климента и в Константинополе. Патриарх Николай IV Музалон, вступивший на кафедру в декабре 1147 года, решительно поддержал епископа Нифонта в его противостоянии «злому аспиду» Клименту. С самого начала юрисдикция новоизбранного митрополита распространялась только на те области Руси, в которых признавалась власть киевского князя Изяслава Мстиславича. Юрий Долгорукий, наиболее решительный противник Изяслава, а также его союзники Владимирко Володаревич в Галиче и Святослав Ольгович в подвластных ему Северских землях считали Климента самозваным, а не законным иерархом, похитителем митрополичьего престола. Показательно, что ростовский епископ Нестор, ставленник Юрия, даже не счёл для себя возможным присутствовать в Киеве на соборе 1147 года. Всё это означало раскол Русской церкви.
В ходе последующих войн между Юрием и Изяславом Клименту дважды приходилось покидать Киев, опасаясь расправы со стороны Юрия. Оба раза он находил приют на Волыни у своего покровителя Изяслава Мстиславича. После же смерти Изяслава в ноябре 1154 года Климент вновь вынужден был спасаться бегством. Его приютил сын Изяслава Мстислав, единственный из русских князей (во всяком случае, из тех, кто мог влиять на ход общерусских дел), кто безоговорочно признавал его канонические права на митрополичью кафедру. Впоследствии Климент Смолятич ещё дважды попытается занять киевскую кафедру — но обе эти попытки закончатся неудачей.