Все пассажиры «Туркмена» были профильтрованы сразу же, в порту, у всех проверили документы и обыскали личные вещи. Оружие изъяли. Членов Бакинского совнаркома арестовали, вместе с их семьями и сопровождающими. Всего было арестовано 35 или 36 человек, в том числе жена Шаумяна Екатерина, оба его сына (Левон и Сурен), а также жёны комиссаров Варвара Джапаридзе, Ольга Фиолетова, Мария Амирова, Сатеник Матикян и Марго Туманян. Как утверждает сам Микоян, арест производился по указаниям стукачей-провокаторов из числа пассажиров и команды парохода. Те же провокаторы сообщили, что комиссары везут с собой огромную сумму золотом, изъятую в бакинских банках. Но никакого золота в имуществе комиссаров не нашли.
Микояна, как и прочих, также обыскали и отобрали револьвер, а затем предложили отправиться восвояси. Однако он увидел, что Шаумяна, его жену и сыновей отвели в сторону и поместили под охрану, и добровольно к ним присоединился.
Задержанных поместили в так называемый арестный дом, мужчин в одну камеру, женщин в другую. Там они просидели двое суток, с вечера 17 сентября до вечера 19 сентября. 19 сентября в камеру к мужчинам зашли охранники и вызвали по списку 26 человек.
По официальной советской версии, написанный от руки на бумажке список из 26 фамилий был изъят при обыске у комиссара Корганова. По этому списку Корганов, ещё находясь в Баку, в Баиловской тюрьме, и выбранный старостой, распределял среди арестованных продовольствие, передаваемое с воли.
В мужской камере красноводского арестного дома находилось 30 человек. Вывели 26, остались четверо: Анастас Микоян, Левон Шаумян, Степан Шаумян и большевик Самсон Канделаки. Только этих четверых можно назвать полноценными очевидцами и свидетелями произошедшего. Из этих четверых трое оставили свидетельства: Анастас Микоян — в двух своих мемуарных книгах; Лев Шаумян — в лекции под названием «Расстрел 26 бакинских комиссаров английскими интервентами»; Сурен Шаумян — в книге «Бакинская коммуна» и в официальных свидетельских показаниях на суде в Баку в 1926 году.
Элементарные соображения здравого смысла предлагают всякому заинтересованному читателю опираться прежде всего на свидетельства этих троих фигурантов, как непосредственных участников событий. Иными словами, если трое говорят, что было вот так — значит, оно было так.
Сам список не сохранился. Но помимо членов Бакинского совнаркома, из камеры в ту ночь забрали и рядовых большевиков: Ивана Николайшвили, Ираклия Метаксу, Исая Мишне.
Жёны комиссаров находились в другой камере и в событиях никакого участия не принимали.
Куда выводят вызванных по списку — разумеется, охрана умалчивала.
В ту же ночь 26 большевиков отвели к железной дороге и поместили в отдельный вагон поезда, идущего в Ашхабад. В ночь с 19 на 20 сентября поезд остановился на 207 версте дороги, между телеграфными столбами 118 и 119. Бакинских комиссаров вывели из поезда, отвели в сторону и казнили. Согласно официальным документам, комиссаров изрубили на куски, секли шашками, били лопатами, головы разбивали прикладами винтовок. В каждого вдобавок выпустили пули из винтовок и револьверов. Головы отделили от тел и бросили рядом. Некоторые отсечённые головы вдобавок размозжили.
Растерзать 26 здоровых крепких мужчин, способных оказать сопротивление, пусть даже и безоружных, — дело довольно хлопотное. Можно предположить, что в преступлении участвовал большой отряд, не менее 50 человек, рядовых исполнителей и их командиров. То есть это была масштабная бойня, заранее спланированная, просчитанная и организованная. Зачем нужно было отрубать головы и обезображивать тела — остаётся неясным. Зверский, бесчеловечный характер ликвидации остаётся на совести организаторов. Тела убитых присыпали песком. Покончив с делом, отряд палачей вернулся в вагоны, и поезд проследовал далее в Ашхабад.
В 1920 году, после установления советской власти и в Баку, и в Туркестане, было открыто следствие по факту убийства, место казни разыскали, тела эксгумировали и обследовали. Была образована специальная комиссия ВЦИК РСФСР, её возглавил эсер юрист Вадим Чайкин.
Согласно официальной версии, приказ о казни отдали первые лица Закаспийского Временного правительства, эсеры Фёдор Фунтиков и Кун.
Согласно той же версии, казнь осуществилась при одобрении командующего Британским экспедиционным корпусом генерала Уилфрида Маллесона и британского политического представителя, резидента британской разведки Реджинальда Тиг-Джонса.