Далее Бакинский совнарком приступил к решительным действиям: передаче земли крестьянам, национализации банков и нефтедобывающей промышленности. Был создан Бакинский совет народного хозяйства, под председательством большевика, комиссара Ивана Фиолетова, ранее возглавлявшего Союз нефтепромышленных рабочих. Добыча нефти не прекращалась ни на один день, но теперь вся она направлялась в Советскую Россию, главным образом морем в Астрахань. Там власть Советов была установлена в январе 1918 года после кровопролитных боёв. Морской транспортный маршрут Баку — Астрахань станет для Бакинской коммуны важнейшим, а в некоторые периоды и единственным.
Микоян, по его собственным словам, принимал участие в национализации местного отделения Русского для внешней торговли банка, но (опять же по его признанию) абсолютно ничего не понимая в банковской деятельности, ограничился тем, что наклеил бумажные пломбы на все банковские сейфы, а печать банка изъял и отнёс в помещение Баксовета.
Далее события стали развиваться по наихудшему сценарию. Российская Кавказская армия, три года назад вошедшая в Трапезунд и занявшая обширные территории Турции, прекратила существование и сдала без боя все отвоёванные рубежи. Командование турецких вооружённых сил обнаружило, что противник исчез. Путь на Баку был открыт.
Уже 25 мая 1918 года турецкие войска заняли Елисаветполь (Гянджу) и стали готовиться к наступлению на Баку. По тем временам — это примерно две недели марша, через Шемаху и Геокчай.
Бакинские армяне — а их было до ста тысяч — оказались заложниками ситуации. Турецкий марш к берегам Каспия обещал новую резню, реки крови. Интересы армянских националистов и большевиков снова полностью совпали, но договориться не удалось. Дашнаки создали свои отряды, большевики — свои, Красную армию. Бежать бакинским армянам было некуда — за спиной море, край земли. Законы стратегии велели выдвигаться навстречу неприятелю, навязывая ему бои на дальних подступах. Так в конце весны 1918 года армянские боевые дружины выступили из Баку в сторону Елисаветполя, чтобы сойтись с врагом на горной дороге в районе городка Геокчай.
Микоян настоял на том, чтобы его направили в действующие части, и был назначен комиссаром 3-й бригады (добровольческой дружины) под командованием дашнака Амазаспа Срванцтяна. В другие бригады были направлены большевики Иван Габишев и Авраам Гулоян.
Амазасп, как следует из признаний самого Микояна, не проявил к нему большого уважения. Между большевиками и дашнаками был возможен лишь временный и шаткий союз, и только на платформе совместного противодействия азербайджанским националистам и турецким войскам. Формально отряд Амазаспа, весьма мощный (более 3 тысяч штыков), входил в состав Красной армии, на деле же действовал самостоятельно.
Амазасп, по всей видимости, просто попытался проигнорировать молодого комиссара.
Бригада заняла город Геокчай, где сходились дороги на Елисаветполь (Гянджу), Мингечевир и Кюрдамир, здесь столкнулась с передовыми частями наступающих турецких войск и заняла оборону. Все важные решения Амазасп принимал самостоятельно, либо в узком кругу старших командиров. Комиссар Микоян не был допущен в этот круг, и по собственной инициативе занялся тыловым обеспечением, подвозом хлеба на передовые позиции. В тех условиях — самое разумное решение.
Однако до масштабного боевого столкновения дело не дошло. Турецкие войска многократно превосходили отряд в численности и стали обходить город с флангов. Под угрозой окружения Амазасп решил отступать в Шемаху.
Микоян описал геокчайский эпизод своей военной биографии достаточно подробно. Это была его вторая война, боевой опыт пригодился. Но, к сожалению, комиссар Микоян не имел опыта штабных интриг. О запланированном отступлении ему никто не сообщил. Когда Микоян в очередной раз приехал в расположение отряда, он увидел колонны солдат, уходящие в тыл, на восток. Комиссар Микоян попытался остановить колонну с оружием в руках. Солдаты вернулись, но на следующий день отступление продолжилось. Попытка поговорить с Амазаспом ни к чему не привела — тот отмахнулся от упрёков молодого комиссара. Обдумав происходящее, Микоян решил, что имеет дело с предательством, верхом добрался до ближайшего телеграфа и отправил сообщение Шаумяну, потребовал привлечь Амазаспа к суду.
Далее произошёл неприятный инцидент, дорого обошедшийся Микояну. Его телеграмма попала в руки секретаря Шаумяна Ольги Шатуновской, молодой девушки, и она, по неопытности, передала текст в редакцию газеты «Бакинский рабочий». 22 июля телеграмма была опубликована. Амазаспу доложили, что комиссар Микоян публично обвинил его в измене. Это было тяжкое оскорбление. Охрана Амазаспа попыталась избить Микояна, чудом дело не дошло до стрельбы. Микоян уехал из отряда и больше туда не возвращался. 25 июля он вернулся в Баку.