Глава разведслужбы ВМС Уильям Пьюлестоун тоже в средине 30-х приказал своим сотрудникам «методами физического наблюдения и прочими методами» следить за активистами левых, пацифистских и коммунистических организаций. В девятом округе ВМС пошли еще дальше. Там решили заслать на все заводы, выполнявшие заказы для флота, агентов для слежки за профсоюзным активистами и «саботажниками».
С 1938 года ФБР, разведслужбы ВМС и армии на регулярной основе (не подкрепленной никакими законодательными актами) обменивались информацией о подозрительных гражданах США и иностранцах. После начала Второй мировой войны Гувер решил, что пора закрепить его роль как «первого среди равных».
29 мая 1940 года он направил главам обеих военных разведок меморандум с предложением четко разграничить сферы деятельности. Гувер требовал в мирное время закрепить за ФБР все вопросы шпионажа, саботажа и «связанные с этим вопросы» (директор ФБР был мастер на такие туманные формулировки, дававшие ему возможность обходить закон). Гувер хотел взять на себя и «наблюдение» за оборонными заводами. За военными разведслужбами должна была остаться лишь контрразведка среди собственно военнослужащих вооруженных сил США. В обмен на кардинальный рост своих полномочий директор ФБР обещал делиться с военными полученной его агентами информацией, касавшейся армии и флота.
Вместе с разведками армии и флота ФБР должно было подготовить «план действий» на случай внутренних беспорядков в США. Военное министерство должно было выделить войска для подавления акций протеста, если с ними не справится полиция. Все эти предложения Гувера выглядели странными в 1940 году, когда американское общество перед лицом внешней опасности со стороны Германии и Японии было сплоченным как никогда.
В военное время, витийствовал в своем меморандуме Гувер, «насколько это возможно и практично, военное и морское ведомства должны воздерживаться от следственных действий в отношении гражданских лиц». Военные должны были осуществлять цензуру, но все полученные таким образом сведения передавались бы, в том числе, и ФБР.
На основе меморандума Гувера ФБР, военная и военно-морская разведки подписали 5 июня 1940 года соответствующее межведомственное соглашение. «Коллеги» побаивались директора ФБР, который с помощью подкупленных или шантажируемых им СМИ и конгрессменов сумел создать себе липовую репутацию самого умелого и профессионального полицейского и контрразведчика в Америке.
Но тут в игру опять вступил давний конкурент Гувера за лавры главного борца против «красных» конгрессмен Дайс. Он предложил Рузвельту создать единый координирующий орган всех спецслужб (Совет по обороне отечества, Home Defense Council) и подчинить ему ФБР и разведслужбы армии и ВМС. Собственно, именно это и было сделано в 1947 году, когда на свет появилось ЦРУ. Но во время войны Гувер встал на дыбы, не желая никому подчиняться. Мол, ФБР и так работает «прекрасно» и никаких координаторов ему не нужно. Этот ведомственный «патриотизм» Гувера надолго пережил его отца-основателя. Именно стойкое нежелание ФБР и ЦРУ сотрудничать друг с другом (особенно делиться информацией) во многом и обусловило успех террористов 11 сентября 2001 года.
На всем протяжении войны Гувер через свою агентуру в конгрессе отсекал любые попытки конкурентов расширить их полномочия. Он выступил против законопроекта ВМС (январь 1941 года) по предоставлению военно-морской разведке права «содействовать гражданским властям в соблюдении закона». Этот хитрый выпад «партнеров» Гувер отмел с помощью аргументов о недопустимости «дублирования» функций правоохранительных органов.
Контрудар Гувера состоял в предложении дать ему председательские функции в созданном еще в 1939 году координационном Межведомственном комитете по разведке. Гувер в своем обосновании сетовал на то, что в прошлом шеф военной разведки собирал своих коллег на совещания, и это вело к «осложнениям». Новое соглашение Гувера с военной и военно-морской разведками от 9 февраля 1942 года окончательно закрепило монополию ФБР на контрразведку на территории США.
Рузвельт в целом поддерживал Гувера, так как (как уже упоминалось) пользовался его услугами в личных интересах. Например, президент попросил Гувера тайно выяснить, какого рода корреспонденцией обменивались бывший президент США Гувер (однофамилец директора ФБР, предшественник Рузвельта, республиканец) и бывший премьер-министр Франции Лаваль (активный сторонник нацизма, коллаборационист). Рузвельт боялся, что Лаваль подкинет Гуверу (экс-президенту) материалы, которые республиканцы смогут использовать против Рузвельта в президентской гонке 1940 года[179]. Гувер «осторожно» провел следствие и выяснил, что никакой переписки не было.